GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 91 à 120 sur 1378 au total
Self-compassion and savouring buffer the impact of the first year of the COVID-19 on PhD students' mental health
Stress and Health .
DOI: 10.1002/smi.3142
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voir la publicationDosage compensation evolution in plants: theories, controversies and mechanisms
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 ) : 20210222
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voir la publicationMacSyFinder v2: An improved search engine to model and identify molecular systems in genomes
JOBIM .
Poster
voir la publicationICEscreen: a valuable tool for automatic detection of ICEs and IMEs in Firmicutes
Réunion du GDR3546 Eléments transposables .
Acte de congrès
voir la publicationICEscreen: a tool to detect Firmicute ICEs and IMEs, isolated or enclosed in composite structures
NAR Genomics and Bioinformatics . 4 ( 4 ) : lqac079
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voir la publicationNAR Breakthrough Article Origins of transfer establish networks of functional dependencies for plasmid transfer by conjugation
Nucleic Acids Research . 51 ( 7 ) : 3001–3016
DOI: 10.1093/nar/gkac1079
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voir la publicationStreptococcus suis as a reservoir of antibiotic resistance genes carried by Mobile Genetic Elements transferring by conjugation
5th International Caparica Congress in Antibiotic Resistance (IC2AR 2022) .
Acte de congrès
voir la publicationEvolution of Plasmid Mobility: Origin and Fate of Conjugative and Nonconjugative Plasmids
Molecular Biology and Evolution . 39 ( 6 ) : msac115
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voir la publicationIntracellular Salmonella Paratyphi A is motile and differs in the expression of flagella-chemotaxis, SPI-1 and carbon utilization pathways in comparison to intracellular S. Typhimurium
PLoS Pathogens . 18 ( 4 ) : 35 p.
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voir la publicationThe assembly of the rice weevil Sitophilus oryzae is dominated by transposable elements and shades light on the evolution of endosymbiosis in a major crop pest.
Arthropod Genomics Symposium 2022 .
Acte de congrès
voir la publicationModelling the spatiotemporal spread of beneficial alleles using ancient genomes
Pré-publication
voir la publicationInterpreting mismatches between linguistic and genetic patterns among speakers of Tanimuka (Eastern Tukanoan) and Yukuna (Arawakan)
Interface Focus . 13
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voir la publicationEthical challenges in genetic research among Philippine Indigenous Peoples: Insights from fieldwork in Zamboanga and the Sulu Archipelago
Frontiers in Genetics . 13 : 901515
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voir la publicationThe transmission of human mitochondrial DNA in four‐generation pedigrees
Human Mutation . 43 : 1259-1267
DOI: 10.1002/humu.24390
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voir la publicationThe social lives of isolates (and small language families): the case of the Northwest Amazon
Interface Focus . 13 ( 1 ) : 20220054
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voir la publicationAssessing Human Genome-wide Variation in the Massim Region of Papua New Guinea and Implications for the Kula Trading Tradition
Molecular Biology and Evolution . 39
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voir la publicationAncient genomes from the last three millennia support multiple human dispersals into Wallacea
Nature Ecology & Evolution . 6 : 1024 - 1034
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voir la publicationA Nearly Neutral Model of Molecular Signatures of Natural Selection after Change in Population Size
Genome Biology and Evolution . 14 ( 5 )
DOI: 10.1093/gbe/evac058
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voir la publicationHydrogen isotope measurements of bone and dental tissues from archaeological human and animal samples and their use as climatic and diet proxies
Journal of Archaeological Science . 147 : 105676
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voir la publicationClimate conditions and dietary practices during the Second Iron Age studied through the multi-isotope analysis of bones and teeth from individuals of Thézy-Glimont, Picardie, France
Archaeological and Anthropological Sciences . 14 ( 4 ) : 61
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voir la publicationModeling the spatiotemporal spread of beneficial alleles using ancient genomes
eLife . 11
DOI: 10.7554/eLife.73767
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voir la publicationPolynomial Delay Algorithm for Minimal Chordal Completions
49th International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP) .
Acte de congrès
voir la publicationMutations in the non-coding RNU4ATAC gene affect the homeostasis and function of the Integrator complex
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkac1182
Article dans une revue
voir la publicationGeometric programming to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling
International Conference on System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationSpecial Issue on “Frontiers in Connecting Steady-State and Dynamic Approaches for Modelling Cell Metabolic Behavior”
Processes . 10 ( 8 ) : 1612
DOI: 10.3390/pr10081612
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voir la publicationHybrid metabolic modeling to identify new control strategies of living organisms
Hybrid models and methods in systems medicine .
Acte de congrès
voir la publicationMod ́elisation m ́etabolique pour identifier de nouvelles strat ́egies de contrˆole des organismes vivants
Meetochondrie .
Acte de congrès
voir la publicationBrumiR: A toolkit for de novo discovery of microRNAs from sRNA-seq data
GigaScience . 11
Article dans une revue
voir la publicationCodiversification of gut microbiota with humans
Science . 377 ( 6612 ) : 1328-1332
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