GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 151 à 180 sur 1378 au total
Seaview Version 5: A Multiplatform Software for Multiple Sequence Alignment, Molecular Phylogenetic Analyses, and Tree Reconciliation
Multiple Sequence Alignment . 2231 : 241-260
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationResurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins : Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 9 ) : 3754-3774
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voir la publicationStructural and functional analysis of the Francisella lysine decarboxylase as a key actor in oxidative stress resistance
Scientific Reports . 11 ( 1 ) : 972
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voir la publicationNatural Selection beyond Life? A Workshop Report
Life . 11 ( 10 ) : 1051
DOI: 10.3390/life11101051
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voir la publicationQuantifying the impact of changes in effective population size and expression level on the rate of coding sequence evolution
Theoretical Population Biology . 142 : 57-66
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voir la publicationInferring Long-Term Effective Population Size with Mutation–Selection Models
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 10 ) : 4573-4587
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voir la publicationLong-Lived Species of Bivalves Exhibit Low MT-DNA Substitution Rates
Frontiers in Molecular Biosciences . 8
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voir la publicationThe Transposable Element Environment of Human Genes Differs According to Their Duplication Status and Essentiality
Genome Biology and Evolution . 13 ( 5 )
DOI: 10.1093/gbe/evab062
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voir la publicationA General Framework for Enumerating Equivalence Classes of Solutions
ESA 2021 - 29th Annual European Symposium on Algorithms . : 1-14
Acte de congrès
voir la publicationDichloroacetate and Pyruvate Metabolism: Pyruvate Dehydrogenase Kinases as Targets Worth Investigating for Effective Therapy of Toxoplasmosis
MSphere . 6 ( 1 )
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voir la publicationA family of tree-based generators for bubbles in directed graphs
Journal of Graph Algorithms and Applications . 25 ( 1 ) : 549-562
DOI: 10.7155/jgaa.00572
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voir la publicationA comprehensive evaluation of binning methods to recover human gut microbial species from a non-redundant reference gene catalog
NAR Genomics and Bioinformatics . 3 ( 1 )
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voir la publicationA Comprehensive Evolutionary Scenario of Cell Division and Associated Processes in the Firmicutes
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 6 ) : 2396-2412
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voir la publicationPlant genera Cannabis and Humulus share the same pair of well-differentiated sex chromosomes
New Phytologist . 231 ( 4 ) : 1599-1611
DOI: 10.1111/nph.17456
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voir la publicationComplete genome of Bradyrhizobium sp. strain BDV5419, representative of Australian genospecies L
Microbiology Resource Announcements . 10 ( 8 ) : e00042-21
DOI: 10.1128/MRA.00042-21
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voir la publicationComplete Genome Sequence of Bradyrhizobium sp. Strain BDV5040, Representative of Widespread Genospecies B in Australia
Microbiology Resource Announcements . 10 ( 3 ) : e01326-20
DOI: 10.1128/MRA.01326-20
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voir la publicationReconstruction of body mass evolution in the Cetartiodactyla and mammals using phylogenomic data.
Peer Community Journal . 1 : e42
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voir la publicationTransposable element activity in the transcriptomic analysis of mouse pancreatic tumors
Pré-publication
voir la publicationA new tool to cross and analyze TE and gene annotations
Peer Community In Genomics . : 100010
Autre publication
voir la publicationA Bayesian Mutation–Selection Framework for Detecting Site-Specific Adaptive Evolution in Protein-Coding Genes
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 3 ) : 1199-1208
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voir la publicationUniversal probabilistic programming offers a powerful approach to statistical phylogenetics
Communications Biology . 4 ( 1 ) : 244
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the History of Variation in Effective Population Size along Phylogenies
Genome Biology and Evolution . 13 ( 8 )
DOI: 10.1093/gbe/evab150
Article dans une revue
voir la publicationMaking Sense of a Cophylogeny Output: Efficient Listing of Representative Reconciliations
WABI 2021 - 21st International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . : 1-18
Acte de congrès
voir la publicationClimatic change and diet of the pre-Hispanic population of Gran Canaria (Canary Archipelago, Spain) during the Medieval Warm Period and Little Ice Age
Journal of Archaeological Science . 128 : 105336
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voir la publicationEpigenetics drive the evolution of sex chromosomes in animals and plants
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 376 ( 1826 ) : 20200124
Article dans une revue
voir la publicationMindfulness-based programs improve psychological flexibility, mental health, well-being and time management in academics
European Journal of Investigation in Health, Psychology and Education .
Article dans une revue
voir la publicationAnswer Set Programming for Computing Constraints-Based Elementary Flux Modes: Application to Escherichia coli Core Metabolism
Processes . 8 ( 12 ) : 1649
DOI: 10.3390/pr8121649
Article dans une revue
voir la publicationChromosomal Conjugative and Mobilizable Elements in Streptococcus suis: Major Actors in the Spreading of Antimicrobial Resistance and Bacteriocin Synthesis Genes
Pathogens . 9 ( 1 ) : 22
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voir la publicationAncient DNA from Guam and the peopling of the Pacific
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 118 ( 1 ) : 1-12
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