GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 181 à 210 sur 1378 au total
Expanding the Geographic Characterisation of Epstein–Barr Virus Variation through Gene-Based Approaches
Microorganisms . 8 ( 11 ) : 1686
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voir la publicationAncient DNA indicates human population shifts and admixture in northern and southern China
Science . 369 ( 6501 ) : 282-288
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voir la publicationCultural variation impacts paternal and maternal genetic lineages of the Hmong-Mien and Sino-Tibetan groups from Thailand
European Journal of Human Genetics . 28 : 1563 - 1579
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voir la publicationPapuan mitochondrial genomes and the settlement of Sahul
Journal of Human Genetics .
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voir la publicationThe paternal and maternal genetic history of Vietnamese populations
European Journal of Human Genetics . 28 ( 5 ) : 636-645
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voir la publicationExtensive Ethnolinguistic Diversity in Vietnam Reflects Multiple Sources of Genetic Diversity
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 9 ) : 2503 - 2519
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voir la publicationTissue-specific patterns of regulatory changes underlying gene expression differences among Ficedula flycatchers and their naturally occurring F 1 hybrids
Genome Research . 30 ( 12 ) : 1727-1739
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voir la publicationPolymorphism Data Assist Estimation of the Nonsynonymous over Synonymous Fixation Rate Ratio ω for Closely Related Species
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 1 ) : 260-279
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voir la publicationCancer and Alzheimer’s disease: intracellular pH scales the metabolic disorders
Biogerontology . 21 ( 6 ) : 683-694
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voir la publicationThermodynamic Approaches in Flux Analysis
Metabolic Flux Analysis in Eukaryotic Cells . : 359-367
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationScalable Empirical Mixture Models That Account for Across-Site Compositional Heterogeneity
Molecular Biology and Evolution . 37 : 3616 - 3631
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voir la publicationWhy and when was lactase persistence selected for? Insights from Central Asian herders and ancient DNA
PLoS Biology . 18 ( 6 ) : e3000742
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voir la publicationResponse of the human gut and saliva microbiome to urbanization in cameroon
Scientific Reports . 10 ( 1 )
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voir la publicationHow consistent is RAD‐seq divergence with DNA‐barcode based clustering in insects?
Molecular Ecology Resources . 20 ( 5 ) : 1294-1298
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voir la publicationEvolutionary plasticity of mating-type determination mechanisms in Paramecium aurelia sibling species
Genome Biology and Evolution . ( evaa258 )
DOI: 10.1093/gbe/evaa258
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voir la publicationEfficient hybrid de novo assembly of human genomes with WENGAN
Nature Biotechnology . 39 : 422–430
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voir la publicationMOMO - multi-objective metabolic mixed integer optimization: application to yeast strain engineering
BMC Bioinformatics . 21 ( 1 ) : 1-13
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voir la publicationA Family of Tree-Based Generators for Bubbles in Directed Graphs
IWOCA 2020 - 31st International Workshop on Combinatorial Algorithms . 12126 : 17-29
Acte de congrès
voir la publicationMOOMIN – Mathematical explOration of ’Omics data on a MetabolIc Network
Bioinformatics . 36 ( 2 ) : 514-523
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voir la publicationMycoplasma hyopneumoniae J elicits an antioxidant response and decreases the expression of ciliary genes in infected swine epithelial cells
Scientific Reports . 10 ( 13707 )
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voir la publicationExploring protein space: From hydrolase to ligase by substitution
Molecular Biology and Evolution .
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voir la publicationRepeated horizontal gene transfers triggered parallel evolution of magnetotaxis in two evolutionary divergent lineages of magnetotactic bacteria
The International Society of Microbiologial Ecology Journal .
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voir la publicationTreerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Bioinformatics . 36 ( 18 ) : 4822-4824
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voir la publicationInfluenza virus infection induces widespread alterations of host cell splicing
NAR Genomics and Bioinformatics . 2 ( 4 )
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voir la publicationThe TERB1-TERB2-MAJIN complex of mouse meiotic telomeres dates back to the common ancestor of metazoans
BMC Evolutionary Biology . 20 ( 1 )
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voir la publicationHepatitis B virus preS2Δ38–55 variants: A newly identified risk factor for hepatocellular carcinoma
JHEP Reports Innovation in Hepatology . 2 ( 5 ) : 100144
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voir la publicationEvolutionary relationships between Archaea and eukaryotes
Nature Ecology & Evolution . 4 : 20-21
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voir la publicationDetecting sex-linked genes using genotyped individuals sampled in natural populations
Pré-publication
voir la publicationThe Bayesian Approach to Molecular Phylogeny
Phylogenetics in the Genomic Era . : 1.4:1--1.4:17
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationPhyloBayes: Bayesian Phylogenetics Using Site-heterogeneous Models
Phylogenetics in the Genomic Era . : 1.5:1--1.5:16
Chapitre d'ouvrage
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