GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 181 à 210 sur 1409 au total
Complete Genome Sequence of Bradyrhizobium sp. Strain BDV5040, Representative of Widespread Genospecies B in Australia
Microbiology Resource Announcements . 10 ( 3 ) : e01326-20
DOI: 10.1128/MRA.01326-20
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voir la publicationReconstruction of body mass evolution in the Cetartiodactyla and mammals using phylogenomic data.
Peer Community Journal . 1 : e42
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voir la publicationTransposable element activity in the transcriptomic analysis of mouse pancreatic tumors
Pré-publication
voir la publicationA new tool to cross and analyze TE and gene annotations
Peer Community In Genomics . : 100010
Autre publication
voir la publicationA Bayesian Mutation–Selection Framework for Detecting Site-Specific Adaptive Evolution in Protein-Coding Genes
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 3 ) : 1199-1208
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voir la publicationUniversal probabilistic programming offers a powerful approach to statistical phylogenetics
Communications Biology . 4 ( 1 ) : 244
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voir la publicationReconstructing the History of Variation in Effective Population Size along Phylogenies
Genome Biology and Evolution . 13 ( 8 )
DOI: 10.1093/gbe/evab150
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voir la publicationMaking Sense of a Cophylogeny Output: Efficient Listing of Representative Reconciliations
WABI 2021 - 21st International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . : 1-18
Acte de congrès
voir la publicationClimatic change and diet of the pre-Hispanic population of Gran Canaria (Canary Archipelago, Spain) during the Medieval Warm Period and Little Ice Age
Journal of Archaeological Science . 128 : 105336
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voir la publicationEpigenetics drive the evolution of sex chromosomes in animals and plants
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 376 ( 1826 ) : 20200124
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voir la publicationMindfulness-based programs improve psychological flexibility, mental health, well-being and time management in academics
European Journal of Investigation in Health, Psychology and Education .
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voir la publicationAnswer Set Programming for Computing Constraints-Based Elementary Flux Modes: Application to Escherichia coli Core Metabolism
Processes . 8 ( 12 ) : 1649
DOI: 10.3390/pr8121649
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voir la publicationPopulation Genomics on the Fly: Recent Advances in Drosophila
Statistical Population Genomics . : 357-396
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationChromosomal Conjugative and Mobilizable Elements in Streptococcus suis: Major Actors in the Spreading of Antimicrobial Resistance and Bacteriocin Synthesis Genes
Pathogens . 9 ( 1 ) : 22
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voir la publicationGenomic Analysis of European Drosophila melanogaster Populations Reveals Longitudinal Structure, Continent-Wide Selection, and Previously Unknown DNA Viruses
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 9 ) : 2661-2678
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voir la publicationAncient DNA from Guam and the peopling of the Pacific
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 118 ( 1 ) : 1-12
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voir la publicationExpanding the Geographic Characterisation of Epstein–Barr Virus Variation through Gene-Based Approaches
Microorganisms . 8 ( 11 ) : 1686
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voir la publicationAncient DNA indicates human population shifts and admixture in northern and southern China
Science . 369 ( 6501 ) : 282-288
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voir la publicationCultural variation impacts paternal and maternal genetic lineages of the Hmong-Mien and Sino-Tibetan groups from Thailand
European Journal of Human Genetics . 28 : 1563 - 1579
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voir la publicationPapuan mitochondrial genomes and the settlement of Sahul
Journal of Human Genetics .
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voir la publicationThe paternal and maternal genetic history of Vietnamese populations
European Journal of Human Genetics . 28 ( 5 ) : 636-645
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voir la publicationExtensive Ethnolinguistic Diversity in Vietnam Reflects Multiple Sources of Genetic Diversity
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 9 ) : 2503 - 2519
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voir la publicationTissue-specific patterns of regulatory changes underlying gene expression differences among Ficedula flycatchers and their naturally occurring F 1 hybrids
Genome Research . 30 ( 12 ) : 1727-1739
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voir la publicationPolymorphism Data Assist Estimation of the Nonsynonymous over Synonymous Fixation Rate Ratio ω for Closely Related Species
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 1 ) : 260-279
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voir la publicationCancer and Alzheimer’s disease: intracellular pH scales the metabolic disorders
Biogerontology . 21 ( 6 ) : 683-694
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voir la publicationThermodynamic Approaches in Flux Analysis
Metabolic Flux Analysis in Eukaryotic Cells . : 359-367
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationScalable Empirical Mixture Models That Account for Across-Site Compositional Heterogeneity
Molecular Biology and Evolution . 37 : 3616 - 3631
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voir la publicationWhy and when was lactase persistence selected for? Insights from Central Asian herders and ancient DNA
PLoS Biology . 18 ( 6 ) : e3000742
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voir la publicationResponse of the human gut and saliva microbiome to urbanization in cameroon
Scientific Reports . 10 ( 1 )
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voir la publicationHow consistent is RAD‐seq divergence with DNA‐barcode based clustering in insects?
Molecular Ecology Resources . 20 ( 5 ) : 1294-1298
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