Approches phylogéographiques appliquées à une maladie endémique: exemple de la diarrhée virale bovine (BVD)

Les maladies virales endémiques, caractérisées par des cycles épidémiologiques complexes et une grande diversité génétique des pathogènes impliqués, représentent un fardeau socio-économique considérable. Cependant, notre compréhension de leur dynamique de circulation reste souvent limitée, et l’utilisation des données génomiques pour mieux les comprendre est encore relativement restreinte. Dans cette étude, nous avons pris pour exemple la diarrhée virale bovine (BVD) afin d’illustrer comment une approche intégrative combinant des données épidémiologiques et génétiques peut contribuer à l'étude de la dynamique spatio-temporelle des maladies infectieuses endémiques. La BVD est une maladie du bétail présente dans le monde entier. Elle est provoquée par une infection au Pestivirus bovis, dont principalement deux génotypes, nommés 1e et 1b, circulent en France. Dans le cadre du plan national d'éradication en vigueur en France depuis 2019, j’ai acquis des données de cas, de génotypage et de génome provenant de deux régions majeures de production bovine (Auvergne-Rhône-Alpes et Bretagne). Afin d’explorer la dynamique spatio-temporelle du virus et de déterminer les facteurs impliqués dans sa dissémination, plusieurs approches ont été mises en place : (1) une analyse phylogéographique avec un modèle de coalescent structuré pour évaluer la démographique et les taux de migration entre régions ou départements pour le génotype 1e ; (2) une analyse phylogéographie en modèle continue pour explorer la circulation locale du virus, et (3) une approche par boosted regression tree (BRT) pour identifier les facteurs associés à sa persistance. La distribution des deux génotypes principaux est relativement homogène entre les deux régions, et leurs proportions relatives stables depuis au moins 30 ans. La dynamique temporelle du génotype 1e est lente, avec des spécificités selon les régions en lien avec les pratiques d’élevage et de gestion de la maladie.  Dans l'ensemble, nos résultats démontrent le potentiel des approches intégratives pour explorer la dynamique des maladies endémiques dans le domaine de la santé animale.