Soutenance de thèse Marie Verneret

Composition du jury :

Carole CHARLIER - Rapportrice
Professeure associée, Université de Liège, GIGA

Anna-Sophie FISTON-LAVIER - Rapportrice
Professeure, Université de Montpellier, ISEM

Clément GILBERT - Examinateur
Directeur de recherche, CNRS, EGCE

Julien THEZE - Examinateur
Chargé de recherche, INRAE, EPIA

Sébastien DEVILLARD - Examinateur
Professeur, Université Lyon 1, LBBE 

Jocelyn TURPIN - Directeur de thèse
Chargé de recherche, INRAE, IVPC 

Emmanuelle LERAT - Directrice de thèse
Chargée de recherche, CNRS, LBBE

Caroline LEROUX - Co-encadrante de thèse
Directrice de recherche, INRAE, IVPC

Résumé de la thèse :

Chez la plupart des mammifères, les rétrovirus endogènes (ERV) constituent une composante majeure du génome, souvent plus abondante que les gènes codants. Issus d’anciennes infections rétrovirales intégrées dans la lignée germinale, ces éléments se transmettent verticalement et représentent les traces durables d’interactions entre virus et hôte. Bien que la plupart des rétrovirus exogènes à l’origine de ces insertions aient disparu, les petits ruminants constituent un cas exceptionnel : certains ERV coexistent encore avec leurs homologues exogènes responsables de cancers respiratoires. Ceci en fait un modèle privilégié pour étudier la coévolution entre hôtes et rétrovirus, ainsi que les frontières entre formes endogènes et exogènes.

Cette thèse vise à retracer l’histoire évolutive et la diversité des ERV chez les moutons et les chèvres issus d'espèces étroitement apparentées mais aux trajectoires évolutives distinctes. Pour cela, j’ai analysé un large ensemble de données génomiques, combinant des génomes de référence et des données de populations issues de plusieurs centaines d’individus.

La première partie de la thèse consiste à caractériser l’ensemble des familles d’ERV présentes dans les génomes de référence de moutons et de chèvres, sauvages et domestiques. Cette analyse a permis d’enrichir le répertoire connu des ERV et de mettre en évidence des familles de ERV communes aux petits ruminants, façonnées par plusieurs vagues successives d’endogénisation au cours des 40 derniers millions d’années, mais dont la dynamique diffère selon les espèces et les familles. Certaines familles présentent des signatures d’activité de transposition récente, notamment la famille II-5, étroitement apparentée aux rétrovirus exogènes oncogéniques actuels. La seconde partie explore la variabilité du polymorphisme d’insertion au sein des populations ovines et caprines. Elle révèle que si la plupart des insertions sont anciennes et fixées, trois familles, dont la II-5, présentent des insertions à faible fréquence dans les populations confirmant leur mobilisation récente.

En combinant approches comparatives et analyses de population, cette thèse met en évidence la diversité, la dynamique et la persistance des rétrovirus endogènes chez les petits ruminants. Elle montre que certaines familles de ERV restent potentiellement toujours actives soulignant le rôle durable des ERV dans l’évolution des génomes et les interactions complexes entre rétrovirus endogènes et exogènes.