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Chercheur en biologie computationnelle, évolution, liens sciences-sociétés, permaculture
Recherches :
- Thèses de Alexandre Laverré (avec Anouk Necsulea), Théo Tricou (avec Damien de Vienne), Hugo Menet (avec Vincent Daubin)
- Action exploratoire "Community Garden Book" (équipe projet Inria Beagle)
- Fabrique des Questions Simples, laboratoire incubateur de recherches dans l'anthropocène
Enseignements :
- Cours M1 bioinformatique MADG
- Cours Ethique en video (Master et Doctorat), Video 1 et Video 2, Intégrité Scientifique Partie 1, Partie 2, Partie 3
- Cours Ethique en diapos
- Atelier Sciences Environnements Sociétés
Responsabilités - Animations :
- Membre du comité scientifique de la Plateforme Resetis
- Membre du comité scientifique de la boutique des sciences
- Co-fondateur et éditeur de Peer Community in Mathematical and Computational Biology
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 122 au total
Response to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events”
PLoS Biology . 22 ( 3 ) : e3002557
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voir la publicationApproche globale des éthiques dans les relations sociétés/nature
: 211-219
Rapport
voir la publicationBack to the trees: Identifying plants with Human Intelligence
LIMITS 2023 - Ninth Workshop on Computing within Limits . : 1-11
Se réapproprier la production de connaissance
Analyse Opinion Critique . : https://aoc.media/opinion/2023/05/17/se-reapproprier-la-production-de-connaissance/
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voir la publicationPhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 11 ) : msad234
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voir la publicationHost-symbiont-gene phylogenetic reconciliation
Peer Community Journal . : 1-22
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voir la publicationThe crisis of the scientific mind : an investigation, a tragedy and a collective redistribution of roles
Les Cahiers de Framespa : e-Storia . ( 40 )
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voir la publicationGhost lineages can invalidate or even reverse findings regarding gene flow
PLoS Biology . 20 ( 9 ) : e3001776
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voir la publicationGOntact: using chromatin contacts to infer Gene Ontology enrichments for cis -regulatory elements
Pré-publication
voir la publicationA hapless mathematical contribution to biology
History and Philosophy of the Life Sciences . 44 ( 34 )
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voir la publicationThirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation
Bioinformatics . 38 ( 8 ) : 2350–2352
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voir la publicationPhylogenetic reconciliation
PLoS Computational Biology . 18 ( 11 ) : e1010621
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voir la publicationLong-range promoter–enhancer contacts are conserved during evolution and contribute to gene expression robustness
Genome Research . 32 ( 2 ) : 280-296
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voir la publicationGhost lineages highly influence the interpretation of introgression tests
Systematic Biology . 71 ( 5 ) : 1147–1158
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voir la publicationSeaview Version 5: A Multiplatform Software for Multiple Sequence Alignment, Molecular Phylogenetic Analyses, and Tree Reconciliation
Multiple Sequence Alignment . 2231 : 241-260
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationTreerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Bioinformatics . 36 ( 18 ) : 4822-4824
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voir la publicationAncestral Genome Organization as a Diagnosis Tool for Phylogenomics
Phylogenetics in the Genomic Era . : 2.5:1--2.5:19
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationEvolutionary superscaffolding and chromosome anchoring to improve Anopheles genome assemblies
BMC Biology . 18 ( 1 ) : 1-20
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voir la publicationZombi: A phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead lineages
Bioinformatics .
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voir la publicationQuand les branches de l’arbre du vivant s’entremêlent
Pour la science .
DOI: 10.3917/pls.506.0056
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voir la publicationGene tree reconciliation including transfers with replacement is NP-hard and FPT
Journal of Combinatorial Optimization . 38 ( 2 ) : 502–544
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voir la publicationGene tree species tree reconciliation with gene conversion
Journal of Mathematical Biology . 78 ( 6 ) : 1981–2014
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voir la publicationGene transfers can date the tree of life
Nature Ecology & Evolution . 2 ( 5 ) : 904-909
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voir la publicationRecPhyloXML: a format for reconciled gene trees
Bioinformatics . 34 ( 21 ) : 3646-3652
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voir la publicationPhylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes
BMC Genomics . 19 ( S2 ) : 1-15
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