COEVOL Coévolution Multi-Echelles

Equipe Le Cocon

Daubin Vincent

Directeur de recherche

CNRS

Adresse : 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Tél : 33 04 26 23 44 74

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Publications

Affichage des publications 61 à 87 sur 87 au total

Evolution Moléculaire

L. Duret, T. Bataillon, N. Bierne, Vincent Daubin, J. Dutheil, Christian Gautier...

Biologie évolutive . 978-2-8041-0161-9 : 114-173

Chapitre d'ouvrage

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Detecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests

Sophie S. Abby, Eric Tannier, Manolo Gouy, Vincent Daubin

BMC Bioinformatics . 11 ( 324 ) : 13

DOI: 10.1186/1471-2105-11-324

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The origin of eukaryotes and their relationship with the Archaea: are we at a phylogenomic impasse?

Simonetta Gribaldo, Anthony M. Poole, Vincent Daubin, Patrick Forterre, C. Brochier-Armanet

Nature Reviews Microbiology . 8 ( 10 ) : 743-753

DOI: 10.1038/nrmicro2426

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Genomes as documents of evolutionary history

Bastien Boussau, Vincent Daubin

Trends in Ecology & Evolution . 1192 : 1-9

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Complete genome of the cellulolytic thermophile Acidothermus cellulolyticus 11B provides insights into its ecophysiological and evolutionary adaptations

Ravi D. Barabote, Gary Xie, David H. Leu, Philippe Normand, Anamaria Necsulea, Vincent Daubin...

Genome Research . ( 19 ) : 1033-1043

DOI: 10.1101/gr.084848.108

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Databases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics

Simon Penel, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Jean-François Dufayard, Anne-Sophie Sertier, Vincent Daubin, L. Duret...

BMC Bioinformatics . 10 (Suppl.6) :S3 : 13

DOI: 10.1186/1471-2105-10-S6-S3

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Démasquage des gènes spécifiques d'une espèce génomique du complexeAgrobacterium tumefaciens par AFLP et multicapteur à ADN

Perrine Portier, Denis Costechareyre, Daniel Muller, David Chapulliot, Christine Oger, Guy Perrière...

7. Colloque national du Bureau des Ressources Génétiques . 7

Acte de congrès

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Dealing with incongruence in phylogenomic analyses

N. Galtier, Vincent Daubin

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . -- : 1233-1241

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Comparative genomics and the evolution of prokaryotes

Sophie S. Abby, Vincent Daubin

Trends in Microbiology . 15 : 135-141

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Genome characteristics of facultatively symbiotic Frankia sp. strains reflect host range and host plant biogeography

Philippe Normand, Pascal Lapierre, Louis S. Tisa, Johann Peter Gogarten, Nicole Alloisio, Emilie Bagnarol...

Genome Research . 17 : 7-15

DOI: 10.1101/gr.5798407

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Global trends of whole genome duplications revealed by the genome sequence of the ciliate Paramecium tetraurelia

Jean-Marc Aury, Olivier Jaillon, * Laurent Duret, Benjamin Noel, Claire Jubin, Betina M. Porcel...

Nature . 444 ( 7116 ) : 171-178

DOI: 10.1038/nature05230

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Global trends of whole-genome duplications revealed by the ciliate Paramecium tetraurelia.

Jean-Marc Aury, Olivier Jaillon, L. Duret, Benjamin Noel, Claire Jubin, Betina M Porcel...

Nature . 444 ( 7116 ) : 171-8

DOI: 10.1038/nature05230

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Evolutionary origins of genomic repertoires in bacteria

E. Lerat, Vincent Daubin, H. Ochman, N.A. Moran

PLoS Biology . 3 : 0807-0814

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A bunch of fun-guys: the whole-genome view of yeast evolution

H. Ochman, Vincent Daubin, E. Lerat

Trends in Genetics . 21 : 1-3

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Examining bacterial species under the specter of gene transfer and exchange

H. Ochman, E. Lerat, Vincent Daubin

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 102 : 6595-6599

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Comment on "The origins of genome complexity

Vincent Daubin, N.A. Moran

Science . 306 : 978a-978a

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Detecting phylogenetic incongruence using BIONJ: an improvement of the ILD test

M. Zelwer, Vincent Daubin

Molecular Phylogenetics and Evolution . 33 : 687-693

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Bacterial genomes as new gene homes: the genealogy of ORFans in E. coli

Vincent Daubin, H. Ochman

Genome Research . 14 : 1036-1042

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Start-up entities in the origin of new genes

Vincent Daubin, H. Ochman

Current Opinion in Genetics and Development . 14 : 616-619

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Quartet mapping and the extent of lateral transfer in bacterial genomes

Vincent Daubin, H. Ochman

Molecular Biology and Evolution . 21 : 86-89

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G+C3 structuring along the genome: a common feature in prokaryotes

Vincent Daubin, G. Perrière

Molecular Biology and Evolution . 20 : 471-483

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From gene trees to organismal phylogeny in prokaryotes: the case of the gamma-Proteobacteria

Emmanuelle Lerat, Vincent Daubin, Nancy Moran

PLoS Biology . 1 ( 1 ) : 101-109

DOI: 10.1371/journal.pbio.0000019

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The source of laterally transferred genes in bacterial genomes

Vincent Daubin, E. Lerat, G. Perrière

Genome Biology . 4 : R57.1-R57.12

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A phylogenomic approach to bacterial phylogeny: evidence of a core of genes sharing a common history

Vincent Daubin, Manolo Gouy, G. Perrière

Genome Research . 12 : 1080-1090

DOI: 10.1101/gr.187002

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Phylogénie et évolution des génomes procaryotes

Vincent Daubin

Thèse

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Divergence between Drosophila santomea and allopatric or sympatric populations of D. yakuba using paralogous amylase genes and migration scenarios along the Cameroon volcanic line

M.L. Cariou, J.F. Silvain, Vincent Daubin, J.L. da Lage, D. Lachaise

Molecular Ecology . 10 : 649-660

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