COEVOL Coévolution Multi-Echelles

Equipe Le Cocon

de Vienne Damien

Chargé de recherche

CNRS

Adresse : 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Tél : 04 72 43 29 09

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Domaines de recherche

Je suis biologiste de l’évolution, utilisant et développant des outils bioinformatiques pour explorer différentes questions macro-évolutives. Mes principaux projets actuels sont listés ci-dessous.  

Exploration des lignées fantômes

En première approximation, toutes les espèces sont éteintes » (D. Raup). Et la plupart de celles qui ne le sont pas sont inconnues ! Pourtant, lorsque des processus évolutifs comme l’introgression, le transfert horizontal de gènes ou l’endosymbiose sont étudiés, il est habituel de négliger cette diversité dite « fantôme ». Mes recherches visent à remettre ces lignées inconnues au centre des analyses en biologie évolutive. Non seulement pour comprendre l'impact qu'elles ont sur notre capacité à correctement étudier certains processus évolutifs comme les flux de gènes mais aussi pour tenter de les quantifier, de les caractériser, et de les placer dans l'arbre du vivant.  

Voici quelques résultats récents sur ces questions (issus des thèses de Théo Tricou et Enzo Marsot) :

Impact des lignées fantômes

Tannier E., Tricou T., Benali S., de Vienne D.M. HGTs are not SPRs: In the presence of ghost lineages, series of Horizontal Gene Transfers do not result in series of Subtree Pruning and Regrafting. BiorXiv.
Tricou T., Tannier E., de Vienne D.M. 2024. Response to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events”. Plos Biology. 22:e3002557.

Tricou T., Tannier E., de Vienne D.M. 2022a. Ghost lineages highly influence the interpretation of introgression tests. Systematic Biology. 71:1147–1158.

Tricou T., Tannier E., de Vienne D.M. 2022b. Ghost lineages can invalidate or even reverse findings regarding gene flow. Plos Biology. 20:e3001776.

Détection des lignées fantômes

Tricou T.,Marsot M., Boussau B., Tannier T., de Vienne DM. 2025. Gene flow can reveal ghost lineages. BiorXiv.

Développement d'outils pour la phylogénomique

Dans le passé, j’ai développé différents outils pour comparer des arbres phylogénétiques (l’indice Icong) ou pour explorer des forêts d’arbres de gènes (Phylo-MCOA). Récemment, en collaboration avec des collègues de Lyon et Montpellier, j’ai développé PhylteR, un nouvel outil pour identifier les séquences aberrantes dans les jeux de données phylogénomiques, ou encore Zombi, un simulateur d’évolution de génomes prenant en compte les lignées fantômes. 

Comte A., Tricou T., Tannier E., Joseph J., Siberchicot A., Penel S., Allio R., Delsuc F., Dray S., de Vienne D.M. 2023. PhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets. Molecular Biology and Evolution. 40:msad234.

Davín A.A., Tricou T., Tannier E., de Vienne D.M.*, Szöllhosi G.J.* 2019. Zombi: a phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead lineages. Bioinformatics. 36(4): 1286–1288.

Visualisation de phylogénies : des petits arbres aux arbres gigantesques

Je m’intéresse à de nouvelles façons de visualiser les relations évolutives entre espèces. Mon principal projet dans ce domaine est Lifemap (https://lifemap.cnrs.fr), un outil populaire permettant d’explorer l’Arbre du vivant à la manière des cartes géographiques. C'est une taxonomie de plus de 2,1 millions d’espèces (taxnonomie du NCBI) qui est ainsi explorable de façon interactive et intuitive. Utilisé par ~20 000 utilisateurs par mois, Lifemap est présenté dans certaines expositions, et utilisé pour la recherche et pour l’enseignement à tous les niveaux.
D'autres travaux de visualisation sont aussi listés ci-dessous :

de Vienne D.M. 2019b. Tanglegrams are misleading for visual evaluation of tree congruence. Molecular Biology and Evolution. 36:174–176.

Penel S., de Vienne D.M. 2022. tidy tree: a new layout for phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution. 39:msac204.

de Vienne D.M. 2016. Lifemap: exploring the entire tree of life. PLoS biology. 14:e2001624.
 

 

 

Publications

Affichage des publications 31 à 43 sur 43 au total

Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli

Thomas Bourquard, Damien Mathieu de Vienne, Jérôme Azé

EGC 2013 - 13eme conférence Francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances . E.24 : 419-430

Acte de congrès

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Phylo-MCOA: a fast and efficient method to detect outlier genes and species in phylogenomics using multiple co-inertia analysis

Damien M. de Vienne, Sébastien Ollier, Gabriela Aguileta

Molecular Biology and Evolution . 29 ( 6 ) : 1587--1598

DOI: 10.1093/molbev/msr317

Article dans une revue

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Linkage to the mating-type locus across the genus microbotryum: insights into nonrecombining chromosomes

Elsa Petit, Tatiana Giraud, Damien M. de Vienne, Marco A Coelho, Gabriela Aguileta, Joelle J. Amselem...

Evolution - International Journal of Organic Evolution . 66 ( 11 ) : 3519-3533

DOI: 10.1111/j.1558-5646.2012.01703.x

Article dans une revue

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Euclidean nature of phylogenetic distance matrices

Damien M. de Vienne, Gabriela Aguileta, Sébastien Ollier

Systematic Biology . 60 ( 6 ) : 826--832

DOI: 10.1093/sysbio/syr066

Article dans une revue

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Theory and examples of reciprocal influence between hosts and pathogens, from short-term to long term interactions: coevolution, cospeciation and pathogen speciation following host shifts

Aurélien Tellier, Damien M. de Vienne, Tatiana Giraud, Michael Hood, Guislaine Refrégier

Host-Pathogen Interactions: Genetics, Immunology, and Physiology . 978-1608762866

Chapitre d'ouvrage

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Hybrid sterility and inviability in the parasitic fungal species complex Microbotryum

Damien de Vienne, G Refrégier, Me Hood, A Guigue, B Devier, E Vercken...

Journal of Evolutionary Biology . 22 ( 4 ) : 683--698

Article dans une revue

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Phylogenetic determinants of potential host shifts in fungal pathogens

Damien de Vienne, Me Hood, T Giraud

Journal of Evolutionary Biology . 22 ( 12 ) : 2532--2541

Article dans une revue

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In response to comment on ‘A congruence index for testing topological similarity between trees’

Damien de Vienne, Tatiana Giraud, Olivier C Martin

Bioinformatics . 25 ( 1 ) : 150--151

DOI: 10.1093/bioinformatics/btn535

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Speciation in fungi

Tatiana Giraud, Guislaine Refrégier, Mickaël Le Gac, Damien M. de Vienne, Michael E Hood

Fungal Genetics and Biology . 45 ( 6 ) : 791--802

DOI: 10.1016/j.fgb.2008.02.001

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A congruence index for testing topological similarity between trees

Damien M de Vienne, Tatiana Giraud, Olivier C Martin

Bioinformatics . 23 ( 23 ) : 3119--3124

DOI: 10.1093/bioinformatics/btm500

Article dans une revue

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When can host shifts produce congruent host and parasite phylogenies? A simulation approach

Damien M de Vienne, Tatiana Giraud, J A Shykoff

Journal of Evolutionary Biology . 20 ( 4 ) : 1428--1438

Article dans une revue

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