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Identification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
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voir la publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Peer Community Journal . 4 ( e89 )
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voir la publicationDe novo analysis of splicing from RNA-seq data: models, algorithms and applications
Mutations in the non-coding RNU4ATAC gene affect the homeostasis and function of the Integrator complex
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkac1182
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voir la publicationInfluenza virus infection induces widespread alterations of host cell splicing
NAR Genomics and Bioinformatics . 2 ( 4 )
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voir la publicationClinical interpretation of variants identified in RNU4ATAC, a non-coding spliceosomal gene
PLoS ONE . 15 ( 7 ) : e0235655
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voir la publicationNew insights into minor splicing-a transcriptomic analysis of cells derived from TALS patients
RNA . : 1-21
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voir la publicationAdvances in Analyzing Virus-Induced Alterations of Host Cell Splicing
Trends in Microbiology . 27 ( 3 ) : 268-281
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voir la publicationTranscriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules
Scientific Reports . 9 ( 1 ) : 14908
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voir la publicationComplementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
Scientific Reports . 8 ( 1 )
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voir la publicationA fast and agnostic method for bacterial genome-wide association studies: bridging the gap between k-mers and genetic events
PLoS Genetics . 14 ( 11 ) : 1-28
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voir la publicationAnnotation and differential analysis of alternative splicing using de novo assembly of RNAseq data
DOI: 10.1101/074807
Pré-publication
voir la publicationPlaying hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
Algorithms for Molecular Biology . 12 ( 1 ) : 2
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voir la publicationIdentification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
Scientific Reports . 7 : 40618
DOI: 10.1038/srep40618
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voir la publicationColib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
GigaScience . 5 ( 1 )
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voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
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voir la publicationSplicing misregulation of SCN5A contributes to cardiac-conduction delay and heart arrhythmia in myotonic dystrophy
Nature Communications . 7 : 11067
DOI: 10.1038/ncomms11067
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voir la publicationA polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs
Algorithms for Molecular Biology . : 10
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voir la publicationReference-free detection of isolated SNPs
Nucleic Acids Research . 43 ( 2 ) : e11
DOI: 10.1093/nar/gku1187
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voir la publicationNavigating in a Sea of Repeats in RNA-seq without Drowning
WABI 2014 - 14th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . 8701 : 82-96
Acte de congrès
voir la publicationTelling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure
Bioinformatics . 30 ( 1 ) : 61-70
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voir la publicationA polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs and its application to the detection of alternative splicing in RNA-seq data
Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories Fast
12th International Symposium Experimental Algorithms (SEA) . 7933 : 200-211
Acte de congrès
voir la publicationProcédé de fabrication de Gaz Naturel de Synthèse par couplage d'une méthanation avec une électrolyse de vapeur d'eau à haute température
XIVeme congrès SFGP . 104 : 2012214
Acte de congrès
voir la publicationNew developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) .
Acte de congrès
voir la publicationShort and long-term genome stability analysis of prokaryotic genomes
BMC Genomics . 14 ( 1 ) : 309
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voir la publicationKISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 6 ) : S5
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voir la publicationModelling and simulating generic RNA-Seq experiments with the flux simulator.
Nucleic Acids Research . 40 ( 20 ) : 10073-10083
DOI: 10.1093/nar/gks666
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voir la publicationEfficient Bubble Enumeration in Directed Graphs
String Processing and Information Retrieval (SPIRE) . 7608 : 118-129
Acte de congrès
voir la publicationMinimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone
Proceedings of the Second international Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO) . 7422 : 165--177
Acte de congrès
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