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Publications

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Morphometric and genetic structure of the edible dormouse (Glis glis): a consequence of forest fragmentation in Turkey

Z. Helvaci, Sabrina Renaud, R. Ledevin, D. Adriaens, J. Michaux, R. Colak...

Biological Journal of the Linnean Society . 107 ( 3 ) : 611--623

DOI: 10.1111/j.1095-8312.2012.01952.x

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A Unifying Model for the Analysis of Phenotypic, Genetic, and Geographic Data

G. Guillot, Sabrina Renaud, R. Ledevin, J. Michaux, J. Claude

Systematic Biology . 61 ( 6 ) : 897--911

DOI: 10.1093/sysbio/sys038

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Modeling Gene Family Evolution and Reconciling Phylogenetic Discord

G.J. Szollosi, Vincent Daubin

Methods in Molecular Biology . 856 : 29-51

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Evidence for Widespread GC-biased Gene Conversion in Eukaryotes

Eugénie Pessia, Alexandra Popa, Sylvain Mousset, Clément Rezvoy, Laurent Duret, G. Marais

Genome Biology and Evolution . 4 : 787-794

DOI: 10.1093/gbe/evs052

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Efficient Bubble Enumeration in Directed Graphs

Etienne E. Birmelé, Pierluigi Crescenzi, Rui Ferreira, Roberto Grossi, Vincent Lacroix, Andrea Marino...

String Processing and Information Retrieval (SPIRE) . 7608 : 118-129

DOI: 10.1007/978-3-642-34109-0_13

Acte de congrès

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Minimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone

Alexandre da Silva Freire, Vicente Acuña, Pierluigi Crescenzi, Carlos Eduardo Ferreira, Vincent Lacroix, Paulo Vieira Milreu...

Proceedings of the Second international Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO) . 7422 : 165--177

DOI: 10.1007/978-3-642-32147-4_16

Acte de congrès

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Sampling solution traces for the problem of sorting permutations by signed reversals

Christian Baudet, Zanoni Dias, Marie-France Sagot

Algorithms for Molecular Biology . 7 ( 1 ) : 18

DOI: 10.1186/1748-7188-7-18

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KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data

Gustavo Sacomoto, Janice Kielbassa, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Pavlos Antoniou, Marie-France Sagot...

BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 6 ) : S5

DOI: 10.1186/1471-2105-13-S6-S5

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Long-term effects of yolk androgens on phenotype and parental feeding behavior in a wild passerine

S. Ruuskanen, Blandine Doligez, L. Gustafsson, T. Laaksonen

Behavioral Ecology and Sociobiology . 66 : 1201--1211

DOI: 10.1007/s00265-012-1373-9

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Simplified detection of food-borne pathogens: An in situ high affinity capture and staining concept

T. Junillon, A. Vimont, D. Mosticone, B. Mallen, F. Baril, C. Rozand...

Journal of Microbiological Methods . 91 : 501--505

DOI: 10.1016/j.mimet.2012.09.015

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Assessing species and community functional responses to environmental gradients: which multivariate methods?

M. Kleyer, Stéphane Dray, F. de Bello, J. Leps, Jr. Pakeman, B. Strauss...

Journal of Vegetation Science . 23 : 805--821

DOI: 10.1111/j.1654-1103.2012.01402.x

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Disentangling plant trait responses to livestock grazing from spatio-temporal variation: the partial RLQ approach

D. Wesuls, J. Oldeland, S. Dray

Journal of Vegetation Science . 23 : 98-113

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Predator-prey spatial game as a tool to understand the effects of protected areas on harvester-wildlife interactions

V. Tolon, J. Martin, Stéphane Dray, A. Loison, C. Fischer, E. Baubet

Ecological Applications . 22 : 648-657

DOI: 10.1890/11-0422.1

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Assessing the effects of spatial contingency and environmental filtering on metacommunity phylogenetics

P-R. Peres-Neto, M-A. Leibold, Stéphane Dray

Ecology . 93 : S14-S30

DOI: 10.1890/11-0494.1

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Improved testing of species traits-environment relationships in the fourth-corner problem

C. Terbraak, A. Cormont, Stéphane Dray

Ecology . 93 : 1525--1526

DOI: 10.1890/12-0126.1

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Mise au point d'un modèle de diagnostic des interactions entre structures paysagères, infrastructures de transports terrestres et espèces emblématiques : le cas du Lynx dans le massif jurassien

J.M. Gaillard, A. Hemery, C. Bonenfant, M. Basille, E. Marboutin, Isabelle Mauz...

: 123

Rapport

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Effects of spatial scale and sample size in GPS-based species distribution models: are the best models trivial for red deer management?

L. E. Loe, Christophe Bonenfant, E. L. Meisingset, A. Mysterud

European Journal of Wildlife Research . 58 : 195--203

DOI: 10.1007/s10344-011-0563-5

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Quantitative estimation of the viability of Toxoplasma gondii oocysts in soil.

Maud Lélu, Isabelle Villena, Marie-Laure Dardé, Dominique Aubert, Régine Geers, Emilie Dupuis...

Applied and Environmental Microbiology . 78 ( 15 ) : 5127-32

DOI: 10.1128/AEM.00246-12

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The Life Cycle of Toxoplasma gondii in the Natural Environment

Emmanuelle Gilot-Fromont, Maud Lélu, Marie-Laure Dardé, Céline Richomme, D. Aubert, Eve Afonso...

Toxoplasmosis - Recent Advances . 978-953-51-0746-0 : 3-36

DOI: 10.5772/48233

Chapitre d'ouvrage

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Modelling the dynamics of host-parasite interactions: basic principles

Pauline Ezanno, Elisabeta Vergu, Michel Langlais, Emmanuelle Gilot-Fromont

New Frontiers of Molecular Epidemiology of Infectious Diseases . 978-94-007-2113-5 : 79-101

DOI: 10.1007/978-94-007-2114-2_5

Chapitre d'ouvrage

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Modelling and simulating generic RNA-Seq experiments with the flux simulator.

Thasso Griebel, Benedikt Zacher, Paolo Ribeca, Emanuele Raineri, Vincent Lacroix, Roderic Guigó...

Nucleic Acids Research . 40 ( 20 ) : 10073-10083

DOI: 10.1093/nar/gks666

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Les défis de la systématique face au monde microbien

Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo

incollection . 328 : 49-52

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Comparative genomic analysis of the DUF71/COG2102 family predicts roles in diphthamide biosynthesis and B12 salvage

V. de Crécy-Lagard, F. Forouhar, Céline Brochier-Armanet, L. Tong, Jf. Hunt

Biology Direct . 7 : 1--13

DOI: 10.1186/1745-6150-7-32

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Preserving Inversion Phylogeny Reconstruction

Matthias Bernt, Kun-Mao Chao, Jyun-Wei Kao, Martin Middendorf, Eric Tannier

WABI 2012 - 12th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . : 1-13

DOI: 10.1007/978-3-642-33122-0_1

Acte de congrès

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Distinct evolutionary strategies of human leucocyte antigen loci in pathogen-rich environments

A. Sanchez-Mazas, Jean-François Lemaitre, M. Currat

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 367 : 830--9

DOI: 10.1098/rstb.2011.0312

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Genome Sequence of Coxiella burnetii 109, a Doxycycline-Resistant Clinical Isolate

Laetitia Rouli, Jean-Marc Rolain, Adil El Filali, Catherine Robert, Didier Raoult

Journal of Bacteriology . 194 ( 24 ) : 6939-6939

DOI: 10.1128/JB.01856-12

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