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Publications

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Antibodies against Salmonella is associated with reduced reproductive success in female alpine chamois (rupicapra rupicapra)

M. Pioz, A. Loison, Patricia Gibert, J.-M. Jullien, Marc Artois, Emmanuelle Gilot-Fromont

Canadian Journal of Zoology . 86 : 1111-1120

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Diseases and reproductive success in a wild mammal: example in the alpine chamois.

Maryline Pioz, Anne Loison, Dominique Gauthier, Philippe Gibert, Jean-Michel Jullien, Marc Artois...

Oecologia . 155 ( 4 ) : 691-704

DOI: 10.1007/s00442-007-0942-5

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Lagrangian approaches for a class of matching problems in computational biology

Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev

Computers & Mathematics with Applications . 55 ( Issue 5 (March 2008) ) : 1054-1067

DOI: 10.1016/j.camwa.2006.12.103

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Inferring the role of transcription factors in regulatory networks

Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel

BMC Bioinformatics . 9 : nc

DOI: 10.1186/1471-2105-9-228

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Identification de motifs dans les réseaux métaboliques

Vincent Lacroix

incollection . -- : D1-D5

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Vaccination of free-living juvenile wild rabbits textit(Oryctolagus cuniculus) against myxomatosis improved their survival

J.-S. Guitton, S. Devillard, M. Guénézan, D. Fouchet, D. Pontier, S. Marchandeau

Preventive Veterinary Medicine . 84 : 1-10

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Acquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54 C5)methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer

J. Urbonavicius, S. Auxilien, H. Walbott, K. Trachana, B. Golinelli-Pimpaneau, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Microbiology . 67 : 323-335

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Giant viruses giant chimeras: The multiple evolutionary histories of Mimivirus genes

D. Moreira, Céline Brochier-Armanet

BMC Evolutionary Biology . 8 : 1-7

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Acquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54, C5)-methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer.

Jaunius Urbonavicius, Sylvie Auxilien, Hélène Walbott, Kalliopi Trachana, Béatrice Golinelli-Pimpaneau, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Microbiology . 67 ( 2 ) : 323-35

DOI: 10.1111/j.1365-2958.2007.06047.x

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Prédiction de synténies dans le génome ancestral des amniotes

F. Boyer, C. Chauve, Eric Tannier

Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, JOBIM 2008 . : 141-148

Acte de congrès

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Perfect DCJ rearrangement

Annie Chateau, Cedric Chauve, Sèverine Bérard, Eric Tannier, Christophe Paul

RECOMB-CG: Comparative Genomics . LNCS ( 5267 ) : 158-169

DOI: 10.1007/978-3-540-87989-3_12

Acte de congrès

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Advances on Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem

Renaud Lenne, Christine Solnon, Thomas Stützle, Eric Tannier

International Conference on Metaheuristics and Nature Inspired Computing (META) . 4872 : 266-276

Acte de congrès

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Multichromosomal Genome Median and Halving Problems

Eric Tannier, C. Zheng, D. Sankoff

International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) . 5251 : 1-13

DOI: 10.1007/978-3-540-87361-7_1

Acte de congrès

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A Methodological Framework for the Reconstruction of Contiguous Regions of Ancestral Genomes and Its Application to Mammalian Genomes

C. Chauve, Eric Tannier

PLoS Computational Biology . 4 : 391-410

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Sorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence) 2004; Tannier Sagot

Eric Tannier

incollection . -- : 860-863

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The heterochromatic copies of the LTR retrotransposons as a record of the genomic events that have shaped the Drosophila melanogaster genome

N. Mugnier, Laurent Guéguen, Cristina Vieira, C. Biémont

Gene . 411 : 87-93

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Exploring the FL-160-CRP gene family through sequence variability of the complement regulatory protein (CRP) expressed by the trypomastigote stage of Trypanosoma cruzi.

Françoise Mathieu-Daudé, Bénédicte Lafay, Olivia Touzet, Joël Lelièvre, Favio Parrado, Marie-France Bosseno...

Infection, Genetics and Evolution . 8 ( 3 ) : 258-66

DOI: 10.1016/j.meegid.2007.12.010

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Quantitative predictions for DNA two-dimensional display according to size and nucleotide sequence composition

Jean-François Mercier, Christine Kingsburry, Gary W. Slater, Bénédicte Lafay

Electrophoresis . 29 ( 6 ) : 1264 - 1272

DOI: 10.1002/elps.200700407

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Phylogenetic Mixture Models for Proteins

Quang Le Si, Nicolas Lartillot, Olivier Gascuel

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 363 : 3965-3976

DOI: 10.1098/rstb.2008.0180

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Bayesian computation for statistical models with intractable normalizing constants

Yves Atchade, Nicolas Lartillot, Christian Robert

Pré-publication

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Improvement of Molecular Phylogenetic Inference and the Phylogeny of Bilateria

Nicolas Lartillot, Herve Philippe

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 363 ( 1496 ) : 1463-1472

DOI: 10.1098/rstb.2007.2236

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Uniformization for Sampling Realizations of Markov Processes: Applications to Bayesian Implementations of Codon Substitution Models

Nicolas Rodrigue, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Bioinformatics . 24 ( 1 ) : 56-62

DOI: 10.1093/bioinformatics/btm532

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Etude des patrons d`évolution asymétrique dans les séquences d`ADN

A. Necşulea

incollection . -- : 476-482

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From cells to tissues: physical modelling of the collective behaviour of embryonic cells

Jos Käfer

Thèse

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Losing helena: The extinction of a drosophila line-like element

Rita Rebollo, Emmanuelle Lerat, Liliana Lopez Kleine, Christian Biémont, Cristina Vieira

BMC Genomics . 9 : 1-11

DOI: 10.1186/1471-2164-9-149

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The role of water abundance, thermoregulation, perceived predation risk and interference competition in water access by African herbivores

Marion Valeix, Hervé Fritz, Ruwadzano Matsika, Fadzai Matsvimbo, Hillary Madzikanda

African Journal of Ecology . 46 ( 3 ) : 402-410

DOI: 10.1111/j.1365-2028.2007.00874.x

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Resource variability aggregation and direct density dependence in an open context: the local regulation of an African elephant population

Simon Chamaillé-Jammes, H. Fritz, M. Valeix, F. Murindagomo, Jean Clobert

Journal of Animal Ecology . 77 : 135-144

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Serotyping of Toxoplasma gondii: striking homogeneous pattern between symptomatic and asymptomatic infections within Europe and South America.

Stéphane Morisset, François Peyron, Jean R Lobry, Justus Garweg, Josette Ferrandiz, Karine Musset...

Microbes and Infection . 10 ( 7 ) : 742-7

DOI: 10.1016/j.micinf.2008.04.001

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In response to comment on ‘A congruence index for testing topological similarity between trees’

Damien de Vienne, Tatiana Giraud, Olivier C Martin

Bioinformatics . 25 ( 1 ) : 150--151

DOI: 10.1093/bioinformatics/btn535

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