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Publications

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Molecular phylogeny of the genus Mus (Rodentia: Murinae) based on mitochondrial and nuclear data

Pascale C Chevret, Frederic Veyrunes, Janice Britton-Davidian

Biological Journal of the Linnean Society . 84 ( 3 ) : 417-427

DOI: 10.1111/j.1095-8312.2005.00444.x

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Morphological evolution ecological diversification and climate change in rodents

Sabrina Renaud, J. Michaux, D.N. Schmidt, J-P. Aguilar, P. Mein, J-C. Auffray

Proc. R. Soc. Lond. B . 272 : 609-617

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Tree pattern matching in phylogenetic trees: automatic search for orthologs or paralogs in homologous gene sequence databases.

Jean-François Dufayard, L. Duret, Simon Penel, Manolo Gouy, F. Rechenmann, G. Perrière

Bioinformatics . 21 ( 11 ) : 2596-603

DOI: 10.1093/bioinformatics/bti325

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Integr8 and Genome Reviews: integrated views of complete genomes and proteomes.

P. Kersey, L. Bower, L. Morris, A. Horne, R. Petryszak, C. Kanz...

Nucleic Acids Research . 33 ( Database issue ) : D297-302

DOI: 10.1093/nar/gki039

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Evolutionary origins of genomic repertoires in bacteria

E. Lerat, Vincent Daubin, H. Ochman, N.A. Moran

PLoS Biology . 3 : 0807-0814

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Homology-dependent methylation in primate repetitive DNA.

J. Meunier, A. Khelifi, V. Navratil, L. Duret

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 102 ( 15 ) : 5471-6

DOI: 10.1073/pnas.0408986102

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Natural history of the ERVWE1 endogenous retroviral locus

B. Bonnaud, J. Beliaeff, O. Bouton, G. Oriol, L. Duret, Frédéric Mallet

Retrovirology . 2 : 1-7

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Relationship between gene expression and GC-content in mammals: statistical significance and biological relevance

M. Sémon, Dominique Mouchiroud, L. Duret

Human Molecular Genetics . 14 : 421-427

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HOPPSIGEN: a database of human and mouse processed pseudogenes.

A. Khelifi, L. Duret, Dominique Mouchiroud

Nucleic Acids Research . 33 ( Database issue ) : D59-66

DOI: 10.1093/nar/gki084

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Lossless Filter for Finding Long Multiple Approximate Repetitions Using a New Data Structure, the Bi-factor Array

Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Frederique Boyer, Marie-France Sagot

String Processing and Information Retrieval, 12th International Conference, SPIRE 2005 . 3772 : 179-190

DOI: 10.1007/11575832

Acte de congrès

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Reaction Motifs in Metabolic Networks

Vincent Lacroix, Cristina Gomes Fernandes, Marie-France Sagot

: 14

Rapport

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Perfect Sorting by Reversals

Marie-France Sagot, Eric Tannier

: 13

Rapport

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A Comparative Study of Bases for Motif Inference

Nadia Pisanti, Maxime Crochemore, Roberto Grossi, Marie-France Sagot

String Algorithmics . : 195-225

Acte de congrès

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A Pattern Extraction Algorithm for Abstract Melodic Representations that Allow Partial Overlapping of Intervallic Categories

Emilios Cambouropoulos, Maxime Crochemore, Costas S. Iliopoulos, Manal Mohamed, Marie-France Sagot

Proceedings of the 6th International Conference on Music Information Retrieval (ISMIR 2005) . : 167-174

Acte de congrès

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Phylogenomics of Life-Or-Death Switches in Multicellular Animals: Bcl-2, BH3-Only, and BNip Families of Apoptotic Regulators

A. Aouacheria, F. Brunet, Manolo Gouy

Molecular Biology and Evolution . 22 ( 12 ) : 2395-2416

DOI: 10.1093/molbev/msi234

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Generation time: a reliable metric to measure life-history variation among mammalian populations

J.-M. Gaillard, N.G. Yoccoz, J.-D. Lebreton, C. Bonenfant, S. Devillard, A. Loison...

The American Naturalist . 166 : 119-123

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Evaluating the temperament in shelter dogs

Costanza De Palma, Emanuela Viggiano, Emanuela Barillari, Rupert Palme, Anne-Béatrice Dufour, Claudio Fantini...

Journal of Behavior . 142 : 1307-1328

DOI: 10.1163/156853905774539337

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K-select analysis: a new method to analyse habitat selection in radio-tracking studies

C. Calenge, Anne-Béatrice Dufour, D. Maillard

Ecological Modelling . 186 : 143-153

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[From prevalence to predictive values: considerations on the antimicrobial susceptibility testing dealing with change of susceptibility rates].

Jean-Pierre Flandrois, B Lamy, G. Carret, M Delignette-Muller

Annales de Biologie Clinique . 63 ( 5 ) : 493-502

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A multigene approach to phylogenetic analysis using the genus Mycobacterium as a model

G. Devulder, M. Perouse de Montclos, Jean-Pierre Flandrois

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 55 : 293-302

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Climate predictability and breeding phenology in red deer : timing and synchrony of rutting and calving in Norway and France

L.E. Loe, C. Bonenfant, A. Mysterud, J.-M. Gaillard, R. Langvatn, N.C. Stenseth...

Journal of Animal Ecology . 74 : 579-588

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Can we use the young :female ratio to infer ungulate population dynamics ? An empirical test using red deer (Cervus elaphus) as a model

C. Bonenfant, J.-M. Gaillard, F. Klein, J.L. Hamann

Journal of Applied Ecology . 42 : 361-370

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Increased effect of harsh climate in red deer with a poor set of teeth

Le. Loe, C. Bonenfant, R. Langvatn, / Mysterud, V. A.Veiberg, N.C. Stenseth

Oecologia . -- : 1-14

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La sarcosporidiose bovine

Lionel Zenner, Marie-Pierre Callait-Cardinal, Claude Chauve

Bulletin des G.T.V. . ( 32 ) : 27-32

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Are hybridogenetic complexes structured by habitat in water frogs?

Sandrine Plénet, Pierre Joly, Frédéric Hervant, Emmanuelle Gilot-Fromont, Odile Grolet

Journal of Evolutionary Biology . 18 ( 6 ) : 1575-1586

DOI: 10.1111/j.1420-9101.2005.00961.x

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Incidence and persistence of classical swine fever in free-ranging wild boar (Sus scrofa)

S. Rossi, Emmanuelle Gilot-Fromont, D. Pontier, C. Crucière, J. Hars, J. Barrat...

Epidemiology and Infection . 133 : 559-568

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Sondage sur les maladies abortives chez les ongulés sauvages et domestiques en alpage

Emmanuelle Gilot-Fromont, Elsa Jourdain, Philippe Gibert, Dominique Gauthier, Jean-Michel Jullien, Jean Hars

Faune Sauvage .

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Complex Qualitative Models in Biology: a new approach

Philippe Veber, Michel Le Borgne, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Ovidiu Radulescu

Complexus . 2 : 140-151

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[Luca: the last universal common ancestor]

Patrick Forterre, Simonetta Gribaldo, Céline Brochier

Médecine/Sciences . 21 ( 10 ) : 860-5

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Is genome size influenced by colonization of new environments in dipteran species ?

C. Nardon, G. Deceliere, C. Loevenbruck, M. Weiss, Cristina Vieira, C. Biémont

Molecular Ecology . 14 : 869-878

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