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Publications

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tRNA gene number and codon usage in the C. elegans genome are co-adapted for optimal translation of highly expressed genes

L. Duret

Trends in Genetics . 16 : 287-289

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HOBACGEN: database system for comparative genomics in bacteria

G. Perrière, L. Duret, Manolo Gouy

Genome Research . 10 : 379-385

DOI: 10.1101/gr.10.3.379

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The covariation between TpA deficiency CpG deficiency and G+C content of human isochores is due to a mathematical artifact

L. Duret, N. Galtier

Molecular Biology and Evolution . 17 : 1620-1625

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Nature and structure of human genes that generate retropseudogenes

I. Goncalves, L. Duret, Dominique Mouchiroud

Genome Research . 10 : 672-678

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Determinants of substitution rates in mammalian genes: expression pattern affects selection intensity but not mutation rate

L. Duret, Dominique Mouchiroud

Molecular Biology and Evolution . 17 : 68-74

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Use of a TT virus ORF1 recombinant protein to detect anti-TT virus antibodies in human sera

C. Ott, L. Duret, I. Chemin, C. Trepo, B. Mandrand, F. Komurian-Pradel

Journal of General Virology . 81 : 2949-2958

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Infering regulatory elements from a whole genome. An application to the analysis of genome of $\itemize{Helicobacter Pylori}$ $\sigma_{80}$ family of promoter signals

A. Vanet, Laurent Marsan, A. Labigne, Marie-France Sagot

Journal of Molecular Biology . 297 ( 1 ) : 335-353

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Inferring regulatory elements from a whole genome. An application to the analysis of the genome of Helicobacter pylori sigma 80 family of promoter signals

A. Vanet, L. Marsan, A. Labigne, M.-F. Sagot

Journal of Molecular Biology . 297 : 335-353

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Algorithms for extracting structured motifs using a suffix tree with application to promoter and regulatory site consensus identification

L. Marsan, M.-F. Sagot

Journal of Computational Biology . 7 : 345-360

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The Enhanced Microbial Genomes Library

G. Perrière, P. Bessieres, B. Labedan

Nucleic Acids Research . 27 : 63-65

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EMGLib: the enhanced microbial genomes library (update 2000)

G. Perrière, P. Bessieres, B. Labedan

Nucleic Acids Research . 28 ( 1 ) : 68-71

DOI: 10.1093/nar/28.1.68

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Phylogenetic analysis of the small subunit ribosomal RNA of Marteilia refringens validates the existence of phylum Paramyxea (Desportes and Perkins 1990)

F.C. Berthe, F. Le Roux, E. Peyretaillade, P. Peyret, D. Rodriguez, Manolo Gouy...

Journal of Eukaryotic Microbiology . 47 ( 3 ) : 288-293

DOI: 10.1111/j.1550-7408.2000.tb00049.x

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The genetics of Phenotypic plasticity. IX. Genetic architecture and sex differences in Drosophila melanogaster

D. Karan, J.P. Morin, Patricia Gibert, B. Moreteau, S.M. Scheiner, J.R. David

Evolution - International Journal of Organic Evolution . 54 : 1035-1040

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Developmental constraints on an adaptive plasticity: reaction norms of body pigmentation in adult segments of Drosophila melanogaster

Patricia Gibert, B. Moreteau, J.R. David

Evolution and Development . 2 : 249-260

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Genotype-environment interaction for quantitative trait loci affecting life span in Drosophila melanogaster

Cristina Vieira, E.G. Pasyukova, Z.B. Zeng, J.B. Hackett, R.F. Lyman, T.F.C. Mackay

Genetics . 154 : 213-227

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High copy numbers of multiple transposable element families in an Australian population of Drosophila simulans

Cristina Vieira, G. Piganeau, C. Biemont

Genetical Research . 76 : 117-119

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Codon usage and the origin of P elements

E. Lerat, C. Biémont, P. Capy

Molecular Biology and Evolution . 17 : 467-468

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Artificial intelligence and meaning--some philosophical aspects of decision-making

P. Acot, Sandrine Charles, Marie Laure Delignette-Muller

Acta Biotheoretica . 48 : 173-179

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Physiological cost induced by the maternally-transmitted endosymbiont Wolbachia in the Drosophila parasitoid Leptopilina heterotoma

Frédéric Fleury, F. Vavre, N. Ris, P. Fouillet, M. Bouletreau

Parasitology . 121 : 493-500

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Adaptive signi. cance of a circadian clock: temporal segregation of activities reduces intrinsic competitive inferiority in Drosophila parasitoids

Frédéric Fleury, R. Allemand, F. Vavre, P. Fouillet, P. Boulétreau

The Royal Society . 267 : 1005-1010

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Determination of parotid urea secretion in sheep by means of ultrasonic flow probes and a multifactorial regression analysis

A. Cirio, F. Méot, Marie Laure Delignette-Muller, R. Boivin

Journal of Animal Science . 78 : 471-476

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Biological variability and exposure assessment

Marie Laure Delignette-Muller, L. Rosso

International Journal of Food Microbiology .

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Wolbachia trends

S. Charlat, H. Merçot

Trends in Ecology & Evolution . 15 : 438-440

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A soil microscale study to reveal the heterogeneity of Hg(II) impact on indigenous bacteria by quantification of adapted phenotypes and analysis of community DNA fingerprints

L. Ranjard, S. Nazaret, F. Gourbiere, J. Thioulouse, P. Linet, A. Richaume

FEMS Microbiology Ecology . 31 ( 2 ) : 107-115

DOI: 10.1111/j.1574-6941.2000.tb00676.x

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Ectomycorrhization of six Acacia auriculiformis provenances from Australia Papua New Guinea and Senegal in glasshouse conditions: effect on the plant growth and on the multiplication of plant parasitic nematodes

R. Duponnois, H. Founoune, D. Lesueur, J. Thioulouse, M. Neyra

Australian Journal of Experimental Agriculture . 40 : 443-450

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Heterogeneous Cell Density and Genetic Structure of Bacterial Pools Associated with Various Soil Microenvironments as Determined by Enumeration and DNA Fingerprinting Approach (RISA)

L. Ranjard, F. Poly, J. Combrisson, A. Richaume, F. Gourbiere, J. Thioulouse...

Microbial ecology . 39 : 263-272

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Diversity of the bacterial hyperparasite Pasteuria penetrans in relation to the control of root-knot nematodes (Meloidogyne spp.) on Acacia holosericea

R. Duponnois, M. Fargette, S. Fould, J. Thioulouse, K.G. Davies

Nematology . 2 : 435-442

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Identification of birds as biological markers along a neotropical urban-rural gradient using co-inertia analysis

P.A. Reynaud, J. Thioulouse

Journal of Environmental Management . 59 : 121-140

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Heterogeneous cell density and genetic structure of bacterial pools associated with various microenvironments as determined by enumeration and DNA fingerprinting approach (RISA)

Lionel Ranjard, F. Poly, J. Combrisson, A. Richaume, F. Gourbiere, Jean Thioulouse...

Microbial ecology . 39 : 263-272

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Nematode infestation and body condition in European roe deer (Capreolus capreolus)

Anne Segonds-Pichon, Hubert Ferté, Jean-Michel Gaillard, François Lamarque, Patrick Duncan

Game and Wildlife Science . 17 ( 4 ) : 241-258

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