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Publications

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Selected and simplified FDI criteria for assessment of restorations

Christina Maillet, Franck Decup, Emmanuelle Dantony, Jean Iwaz, Charlène Chevalier, François Gueyffier...

Journal of Dentistry . 122 : 104109

DOI: 10.1016/j.jdent.2022.104109

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Efficiently sparse listing of classes of optimal cophylogeny reconciliations

Yishu Wang, Marie-France Sagot, Arnaud Mary, Blerina Sinaimeri

Algorithms for Molecular Biology . 17 ( 1 ) : 1-16

DOI: 10.1186/s13015-022-00206-y

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Totoro: Identifying Active Reactions During the Transient State for Metabolic Perturbations

Mariana Galvão Ferrarini, Irene Ziska, Ricardo Andrade, Alice Julien-Laferrière, Louis Duchemin, Roberto Marcondes César...

Frontiers in Genetics . 13 : 1-12

DOI: 10.3389/fgene.2022.815476

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Cancer risk across mammals

Orsolya Vincze, Fernando Colchero, Jean-François Lemaître Lemaître, Dalia Conde, Samuel Pavard, Margaux Bieuville...

Nature . 601 ( 7892 ) : 263-267

DOI: 10.1038/s41586-021-04224-5

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Labile sex expression in angiosperm species with sex chromosomes

Jos Käfer, Marcos Méndez, Sylvain Mousset

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 )

DOI: 10.1098/rstb.2021.0216

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Pulled Diversification Rates, Lineages-Through-Time Plots, and Modern Macroevolutionary Modeling

Andrew J. Helmstetter, Sylvain Glémin, Jos Käfer, Rosana Zenil-Ferguson, Hervé Sauquet, Hugo J de Boer...

Systematic Biology . 71 ( 3 ) : 758-773

DOI: 10.1093/sysbio/syab083

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Recent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements

Emmanuelle Lerat

Frontiers in Genetics . 13

DOI: 10.3389/fgene.2022.891194

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Harvesting can stabilise population fluctuations and buffer the impacts of extreme climatic events

Bart Peeters, Vidar Grøtan, Marlène Gamelon, Vebjørn Veiberg, Aline m. Lee, John Fryxell...

Ecology Letters . 25 ( 4 ) : 863-875

DOI: 10.1111/ele.13963

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An appraisal of graph embeddings for comparing trophic network architectures

Christophe Botella, Stéphane Dray, Catherine Matias, Vincent Miele, Wilfried Thuiller

Methods in Ecology and Evolution . 13 ( 1 ) : 203-216

DOI: 10.1111/2041-210X.13738

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From Wolbachia genomics to phenotype: molecular models of cytoplasmic incompatibility must account for the multiplicity of compatibility types

Alice Namias, Mathieu Sicard, Mylène Weill, Sylvain Charlat

Current Opinion in Insect Science . 49 : 78-84

DOI: 10.1016/j.cois.2021.12.005

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The oxidative cost of helping and its minimization in a cooperative breeder.

Rita Covas, Sophie Lardy, Liliana R. Silva, Benjamin Rey, André C. Ferreira, Franck Theron...

Behavioral Ecology . 33 ( 3 ) : 504-517

DOI: 10.1093/beheco/arab152

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Co-variation between glucocorticoids, behaviour and immunity supports the pace-of-life syndrome hypothesis: an experimental approach

Jeffrey Carbillet, Benjamin Rey, Rupert Palme, Chloé Monestier, Luca Börger, Typhaine Lavabre...

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 289 ( 1975 ) : 20220464

DOI: 10.1098/rspb.2022.0464

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Variations in immune parameters with age in a wild rodent population and links with survival

Coraline Bichet, Corinne Régis, Emmanuelle Gilot-Fromont, Aurélie Cohas

Ecology and Evolution . 12 ( 7 ) : e9094

DOI: 10.1002/ece3.9094

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Does mast seeding shape mating time in wild boar? A comparative study

Jessica Cachelou, Christine Saint-Andrieux, Eric Baubet, Éveline Nivois, Emmanuelle Richard, Jean-Michel Gaillard...

Biology Letters . 18 ( 7 )

DOI: 10.1098/rsbl.2022.0213

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Macroecological patterns of fruit infestation rates by the invasive fly Drosophila suzukii in the wild reservoir host plant Sambucus nigra

Romain Ulmer, Aude Couty, Patrice Eslin, Manuella Catterou, Lucas Baliteau, Anne Bonis...

Agricultural and Forest Entomology . 24 ( 4 ) : 548-563

DOI: 10.1111/afe.12520

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A critical review of effect modeling for ecological risk assessment of plant protection products

Floriane Larras, Sandrine Charles, Arnaud Chaumot, Céline Pélosi, Morgane Le Gall, Laure Mamy...

Environmental Science and Pollution Research . 29 : 43448-43500

DOI: 10.1007/s11356-022-19111-3

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Evaluation of commercial Anti-SARS-CoV-2 neutralizing antibody assays in seropositive subjects

Kahina Saker, Bruno Pozzetto, Vanessa Escuret, Virginie Pitiot, Amélie Massardier-Pilonchéry, Bouchra Mokdad...

Journal of Clinical Virology . 152 : 105169

DOI: 10.1016/j.jcv.2022.105169

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Combined model-based and deep learning-based automated 3D zonal segmentation of the prostate on T2-weighted MR images: clinical evaluation

Olivier Rouvière, Paul Cezar Moldovan, Anna Vlachomitrou, Sylvain Gouttard, Benjamin Riche, Alexandra Groth...

European Radiology . 32 ( 5 ) : 3248-3259

DOI: 10.1007/s00330-021-08408-5

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How do they add up? The interaction between the placebo and treatment effect: A systematic review

Rémy Boussageon, Jeremy Howick, Raphael Baron, Florian Naudet, Bruno Falissard, Ghina Harika-Germaneau...

British Journal of Clinical Pharmacology . 88 ( 8 ) : 3638-3656

DOI: 10.1111/bcp.15345

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Place of a new radiological index in predicting pulp exposure before intervention for deep carious lesions

Marie-Agnès Gasqui, Matthieu Perard, Franck Decup, Paul Monsarrat, Yann-Loïg Turpin, Cyril Villat...

Oral Radiology . 38 ( 1 ) : 89-98

DOI: 10.1007/s11282-021-00530-w

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CALDERA: Finding all significant de Bruijn subgraphs for bacterial GWAS

Hector Roux de Bézieux, Leandro Lima, Fanny Perraudeau, Arnaud Mary, Sandrine Dudoit, Laurent Jacob

Bioinformatics .

DOI: 10.1093/bioinformatics/btac238

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High Stability of the Epigenome in Drosophila Interspecific Hybrids

Alejandra Bodelón, Marie Fablet, Philippe Veber, Cristina Vieira, Maria Pilar García Guerreiro

Genome Biology and Evolution . 14 ( 2 )

DOI: 10.1093/gbe/evac024

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Litter characteristics and helping context during early life shape the responsiveness of the stress axis in a wild cooperative breeder

Aurélie Cohas, Coraline Bichet, Rébecca Garcia, Sylvia Pardonnet, Sophie Lardy, Benjamin Rey

BioRxiv . 75 : 171

DOI: 10.1101/2021.06.11.448015

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Population density and plant availability interplay to shape browsing intensity by roe deer in a deciduous forest

William Gaudry, Jean-Michel Gaillard, Sonia Saïd, Anders Mårell, Christophe Baltzinger, Agnès Rocquencourt...

Forest Ecology and Management . 515 : 120153

DOI: 10.1016/j.foreco.2022.120153

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Sex‐related differences in aging rate are associated with sex chromosome system in amphibians

Hugo Cayuela, Jean-François Lemaître Lemaître, Jean‐paul Léna, Victor Ronget, Iñigo Martínez‐solano, Erin Muths...

Evolution - International Journal of Organic Evolution . 76 ( 2 ) : 346-356

DOI: 10.1111/evo.14410

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Thirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation

Simon Penel, Hugo Menet, Théo Tricou, Vincent Daubin, Eric Tannier

Bioinformatics . 38 ( 8 ) : 2350–2352

DOI: 10.1093/bioinformatics/btac062

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A divide-and-conquer phylogenomic approach based on character supermatrices resolves early steps in the evolution of the Archaea

Monique Aouad, Jean-Pierre Flandrois, Frédéric Jauffrit, Manolo Gouy, Simonetta Gribaldo, Celine Brochier-Armanet

BMC Ecology and Evolution . 22 ( 1 ) : 1-12

DOI: 10.1186/s12862-021-01952-0

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