Publications

Reductive genome evolution at both ends of bacterial population size spectrum

Bérénice Batut, Carole Knibbe, Gabriel Marais, Vincent Daubin

Nature Reviews Microbiology . 12 ( 12 ) : 841-850

DOI: 10.1038/nrmicro3331

2014

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Ribosomal proteins: Toward a next generation standard for prokaryotic systematics?

Hemalatha Golaconda Ramulu, Mathieu Groussin, Emmanuel Talla, Rémi Planel, Vincent Daubin, Céline Brochier-Armanet

Molecular Phylogenetics and Evolution . 75 : 103 - 117

DOI: 10.1016/j.ympev.2014.02.013

2014

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Single acquisition of protelomerase gave rise to speciation of a large and diverse clade within the Agrobacterium/Rhizobium supercluster characterized by the presence of a linear chromid

Martha H. Ramírez-Bahena, Ludovic Vial, Florent Lassalle, Benjamin Diel, David Chapulliot, Vincent Daubin...

Molecular Phylogenetics and Evolution . 73 : 202-207

DOI: 10.1016/j.ympev.2014.01.005

2014

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A Bayesian Method for Analyzing Lateral Gene Transfer

Joel Sjöstrand, Ali Tofigh, Vincent Daubin, Lars Arvestad, Bengt Sennblad, Jens Lagergren

Systematic Biology . 63 ( 3 ) : 409 - 420

DOI: 10.1093/sysbio/syu007

2014

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Efficiently listing bounded length st-paths

Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot

Twenty-Fifth International Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA 2014) . : in press

2014

Acte de congrès

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Rime: Repeat identification

Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot

Discrete Applied Mathematics . 163 ( 3 ) : 275–286

DOI: 10.1016/j.dam.2013.02.016

2014

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Telling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure

Paulo Vieira Milreu, Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Vicente Acuña, Etienne E. Birmelé, Michele Borassi...

Bioinformatics . 30 ( 1 ) : 61-70

DOI: 10.1093/bioinformatics/btt597

2014

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The past and the present in decision-making: the use of conspecific and heterospecific cues in nest site selection

Sm. Kivelä, Jt. Seppänen, O. Ovaskainen, Blandine Doligez, L. Gustafsson, M. Mönkkönen...

Ecology . 95 ( 12 ) : 3428-3439

DOI: 10.1890/13-2103.1

2014

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Optimization of the reactional medium and a food impact study for a colorimetric in situ Salmonella spp. detection method

L. Morand, D. Michel, Jean-Pierre Flandrois, T. Junillon, D. Mosticon, B. Mallen...

International Journal of Food Microbiology . 181 : 48-52

2014

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Enhanced tetrazolium violet reduction of Salmonella spp. by magnesium addition to the culture media

T. Junillon, L. Morand, Jean-Pierre Flandrois

Food Microbiology . 42 : 132-135

2014

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A one night stand? Reproductive excursions of female roe deer as a breeding dispersal tactic

Lucie Debeffe, S. Focardi, Christophe Bonenfant, A. J. Mark Hewison, N. Morellet, Cécile Vanpe...

Oecologia . 176 ( 2 ) : 431-43

DOI: 10.1007/s00442-014-3021-8

2014

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Construction of standardized surveillance indicators for bovine cysticercosis

C. Dupuy, C. Morlot, P. Demont, Christian Ducrot, D. Calavas, Marie-Pierre Callait-Cardinal...

Preventive Veterinary Medicine . 115 ( 3-4 ) : 288-92

DOI: 10.1016/j.prevetmed.2014.03.024

2014

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Prévalence, facteurs associés et répartition spatiale de la cysticercose bovine en France en 2010 et perspectives en termes de surveillance épidémiologie

Céline Dupuy, Claire Morlot, Emmanuelle Gilot-Fromont, Pierre Demont, Michel Mas, Claude Grandmontagne...

Bulletin épidémiologique . 63 : 24-28

2014

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Prevalence of Taenia saginata cysticercosis in French cattle in 2010

Céline Dupuy, C. Morlot, Emmanuelle Gilot-Fromont, M. Mas, C. Grandmontagne, P. Gilli-Dunoyer...

Veterinary parasitology . 203 ( 1-2 ) : 65-72

DOI: 10.1016/j.vetpar.2014.02.054

2014

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Does land use within the home range drive the exposure of roe deer (Capreolus capreolus) to two abortive pathogens in a rural agro-ecosystem?

Julie Sevila, Nicolas Cebe, Denis Picot, Joël Merlet, Hélène Verheyden, Céline Richomme...

Acta Theriologica . 59 ( 4 ) : 571-581

DOI: 10.1007/s13364-014-0197-6

2014

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Prévalence, facteurs associés et répartition spatiale de la cysticercose bovine en France en 2010 et perspectives en termes de surveillance épidémiologique

Céline Dupuy, Claire Morlot, Emmanuelle Gilot Fromont, Pierre Demont, Michel Mas, Claude Grandmontagne...

Bulletin épidémiologique . ( 63 ) : 24-28

2014

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Le bien-être des vaches laitières françaises passé au crible : approche épidémiologique

Alice de Boyer Des Roches, Isabelle Veissier, Maud Coignard, Nathalie Bareille, Raphaël R. Guatteo, Jacques Capdeville...

Le Point vétérinaire . 45 ( 347 ) : 50-56

2014

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Anaerobic oxidation of long-chain n-alkanes by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon, Archaeoglobus fulgidus.

Nadia Khelifi, Oulfat Amin Ali, Philippe Roche, Vincent Grossi, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette...

The International Society of Microbiologial Ecology Journal . : 18

DOI: 10.1038/ismej.2014.58

2014

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Halomonas olivaria sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from olive-processing effluents

A. Amouric, Pierre-Pol Liebgott, M. Joseph, Céline Brochier-Armanet, J. Lorquin

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 64 ( Pt 1 ) : 46 - 54

DOI: 10.1099/ijs.0.049007-0

2014

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Global phylogenomic analysis disentangles the complex evolutionary history of DNA replication in archaea.

Kasie Raymann, Patrick Forterre, Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo

Genome Biology and Evolution . 6 ( 1 ) : 192-212

DOI: 10.1093/gbe/evu004

2014

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Evidence for Widespread Positive and Negative Selection in Coding and Conserved Noncoding Regions of Capsella grandiflora

Robert Williamson, Emily Josephs, Adrian Platts, Khaled Hazzouri, Annabelle A. Haudry, Mathieu Blanchette...

PLoS Genetics . 10 ( 9 )

DOI: 10.1371/journal.pgen.1004622

2014

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“One code to find them all”: a perl tool to conveniently parse RepeatMasker output files

Marc Bailly-Bechet, Annabelle Haudry, Emmanuelle Lerat

Mobile DNA . 5 : 13

DOI: 10.1186/1759-8753-5-13

2014

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A test of the metabolic theory of ecology with two longevity data sets reveals no common cause of scaling in biological times

Jean-François Lemaître, Dwh. Müller, M. Clauss

Mammal Review . 44 : 204-214

2014

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Invasive host for invasive pest: when the Asiatic cherry fly ( Drosophila suzukii ) meets the American black cherry ( Prunus serotina ) in Europe

Mathilde Poyet, Patrice Eslin, Marie Heraude, Vincent Le Roux, Geneviève Prevost, Patricia Gibert...

Agricultural and Forest Entomology . 16 ( 3 ) : 251 - 259

DOI: 10.1111/afe.12052

2014

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The Drosophila Su(var)3–7 Gene Is Required for Oogenesis and Female Fertility, Genetically Interacts with piwi and aubergine, but Impacts Only Weakly Transposon Silencing

Denis Basquin, Anne Spierer, Flora Begeot, Dmitry E Koryakov, Anne-Laure Todeschini, Stéphane Ronsseray...

PLoS ONE . 9 ( 5 ) : e96802

DOI: 10.1371/journal.pone.0096802

2014

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Genomic regions harboring insecticide resistance-associated Cyp genes are enriched by transposable element fragments carrying putative transcription factor binding sites in two sibling Drosophila species

Claudia M A Carareto, Eric H Hernandez, Cristina Vieira

Gene . 537 ( 1 ) : 93-99

DOI: 10.1016/j.gene.2013.11.080

2014

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The oxidative environment: a mediator of interspecies communication that drives symbiosis evolution

Y. Moné, David Monnin, Natacha Kremer

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 281 ( 1785 ) : 20133112 - 20133112

DOI: 10.1098/rspb.2013.3112

2014

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A model symbiosis reveals a role for sheathed-flagellum rotation in the release of immunogenic lipopolysaccharide

Caitlin Brennan, Jason Hunt, Natacha Kremer, Benjamin Krasity, Michael Apicella, Margaret Mcfall-Ngai...

eLife . 3

DOI: 10.7554/eLife.01579

2014

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The dual nature of haemocyanin in the establishment and persistence of the squid - vibrio symbiosis

Natacha Kremer, Julia Schwartzman, Rene Augustin, Lawrence Zhou, Edward G. Ruby, Stéphane Hourdez...

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 281 ( 1785 ) : 20140504

DOI: 10.1098/rspb.2014.0504

2014

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Can we identify response markers to antihypertensive drugs? First results from the Ideal Trial.

Gueyffier F., Subtil F., Bejan-Angoulvant T., Yves Zerbib, Baguet Jp, Boivin Jm...

Journal of Human Hypertension . : doi: 10.1038/jhh.2014.29

2014

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