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Publications

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Comparative genomics and the evolution of prokaryotes

Sophie S. Abby, Vincent Daubin

Trends in Microbiology . 15 : 135-141

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Genome characteristics of facultatively symbiotic Frankia sp. strains reflect host range and host plant biogeography

Philippe Normand, Pascal Lapierre, Louis S. Tisa, Johann Peter Gogarten, Nicole Alloisio, Emilie Bagnarol...

Genome Research . 17 : 7-15

DOI: 10.1101/gr.5798407

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Adaptation or biased gene conversion? Extending the null hypothesis of molecular evolution

Nicolas Galtier, L. Duret

Trends in Genetics . 23 ( 6 ) : 273-277

DOI: 10.1016/j.tig.2007.03.011

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Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome.

Céline Keime, Marie Sémon, Dominique Mouchiroud, Laurent Duret, Olivier Gandrillon

BMC Bioinformatics . 8 : 154

DOI: 10.1186/1471-2105-8-154

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Repetition-free longest common subsequence

S.S. Adi, M.D.V. Braga, C.G. Fernandes, C.E. Ferreira, F.V. Martinez, M.-F. Sagot...

IV Latin-American Algorithms, Graphs and Optimization Symposium (LAGOS) . 30 : 243-248

DOI: 10.1016/j.endm.2008.01.042

Acte de congrès

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The maximum agreement forest problem: Approximation algorithms and computational experiments

E. Rodrigues, M.-F. Sagot, Y. Wakabayashi

Theoretical Computer Science . 374 : 91-110

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Enumerating precursor sets of target metabolites in a metabolic network

L. Cottret, P.V. Milreu, Vicente Acuna, A. Marchetti-Spaccamela, F. Viduani Martinez, M.F. Sagot...

8th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) . 5251 : 233-244

Acte de congrès

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Recherche de précurseurs dans un réseau métabolique

L. Cottret, Vicente Acuna, H. Charles, M.F. Sagot

Réseaux d'interaction : analyse, modélisation et simulation (RIAMS) . : 1-1

Acte de congrès

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All Maximal Pairs in Step-Leap Representation of Melodic Sequences

Emilios Cambouropoulos, Maxime Crochemore, Costas S. Iliopoulos, Manal Mohamed, Marie-France Sagot

Information Sciences . 177 ( 9 ) : 1954-1962

DOI: 10.1016/j.ins.2006.11.012

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SymBioCyc: Metabolic data on endosymbiotic, parasitic and free bacteria

L. Cottret, H. Charles, M.F. Sagot

Integrative Post-Genomics - IPG'07 . : 1-1

Acte de congrès

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Integrating transcription factor binding site information with gene expression datasets

I.B. Jeffery, S.F. Madden, P.A. Mcgettigan, G. Perrière, A.C. Culhane, D.G. Higgins

Bioinformatics . 23 : 298-305

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Litter size and fetal sex ratio adjustment in a highly polytocous species : the wild boar

S. Servanty, J.-M. Gaillard, Dominique Allainé, S. Brandt, E. Baubet

Behavioral Ecology . 18 : 427-432

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The ade4 Package-II: Two-table and K-table Methods

S. Dray, Anne-Béatrice Dufour, D. Chessel

The R Journal . 7 : 47-52

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Toxoplasmosis in prey species and consequences for prevalence in feral cats: not all prey species are equal.

E. Afonso, P. Thulliez, D. Pontier, Emmanuelle Gilot-Fromont

Parasitology . 134 ( Pt.14 ) : 1963-71

DOI: 10.1017/S0031182007003320

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Prevalence of Toxoplasma Gondii in small mammals from the ardennes region France

Eve Afonso, M.-L. Poulle, M. Lemoine, I. Villena, D. Aubert, Emmanuelle Gilot-Fromont

Folia Parasitologica . 54 : 313-314

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Modélisation grande échelle de réseaux biologiques : vérification par contraintes booléennes de la cohérence des données

Philippe Veber

Thèse

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Qualitative response of interaction networks: application to the validation of biological models

Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne

6th International Congress on Industrial and Applied Mathematics. ICIAM 07 . : nc

Acte de congrès

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Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study

Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel

Journal of Biological Physics and Chemistry . 7 : 37-43

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Path-equivalent developments in acyclic weighted automata

Mathieu Giraud, Philippe Veber, Dominique Lavenier

International Journal of Foundations of Computer Science . 18 ( 4 ) : 799-812

DOI: 10.1142/S012905410700498X

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Identification de motifs dans les réseaux métaboliques

Vincent Lacroix

Thèse

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Natal dispersal of European hare in France

Y. Bray, S. Devillard, E. Marboutin, B. Mauvy, R. Péroux

Journal of Zoology . 273 : 426-434

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An archaeal orthologue of the universal protein Kae1 is an iron metalloprotein which exhibits atypical DNA-binding properties and apurinic-endonuclease activity in vitro.

Arnaud Hecker, Nicolas Leulliot, Danièle Gadelle, Marc Graille, Anthony Justome, Pierre Dorlet...

Nucleic Acids Research . 35 ( 18 ) : 6042-51

DOI: 10.1093/nar/gkm554

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Early archives of genetically-restricted proviral DNA in the female genital tract after heterosexual transmission of HIV-1

N. Chomont, H. Hocini, G. Gresenguet, Céline Brochier-Armanet, H. Bouhlal, L. Andreoletti...

AIDS. Official journal of the international AIDS Society . 21 : 153--162

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Phylogenomics of the archaeal flagellum: rare horizontal gene transfer in a unique motility structure

Elie Desmond, Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo

BMC Evolutionary Biology . 7 : 53-70

DOI: 10.1186/1471-2148-7-106

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Grinding up wheat: a massive loss of nucleotide diversity since domestication

A. Haudry, A. Cenci, C. Ravel, T. Bataillon, D. Brunel, C. Poncet...

Molecular Biology and Evolution . 24 : 1506-1517

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Dealing with missing phase and missing data in phylogeny-based analysis.

Claire Bardel, Pascal Croiseau, Emmanuelle Génin

BMC Proceedings . 1 Suppl 1 ( 1 ) : S22

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Data Mining Neural Nets Trees -- Problems 2 and 3 of Genetic Analysis Workshop 15

A. Ziegler, A.L. Destefano, R. König, C. Bardel, D. Brinza, S. Bull...

Genetic Epidemiology . 31 : S51-S60

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Climate changes and post-nuptial migration strategy by two reedbed passerines

Guillaume Péron, Pierre-Yves Henry, Pascal Provost, Olivier Dehorter, Romain Julliard

Climate Research . 35 : 147-157

DOI: 10.3354/cr00721

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Mitspieler der Evolution

C. Biémont, Cristina Vieira

Spektrum der Wissenschaft . S44 : 44-49

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Identification and molecular characterization of new STLV-1 and STLV-3 strains in wild-caught nonhuman primates in Cameroon

Florian Liegeois, Bénédicte Lafay, William M. Switzer, Sabrina Locatelli, Eitel Mpoudi-Ngolé, Severin Loul...

Virology . 371 ( 2 ) : 405-417

DOI: 10.1016/j.virol.2007.09.037

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