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Vincent Daubin, H. Ochman
J. Thioulouse
L. Duret, Dominique Mouchiroud, Christian Gautier
Basal-like breast cancers are among the breast cancers with the poorest prognoses and patients do not benefit from any targeted therapy yet. We aim to identify the deregulated signaling pathways using genomic, transcriptomic and proteomic (RPPA) data in order to identify therapeutic targets. In this talk, I will focus on the analysis of SNP and CGH data. More specifically, I will discuss several statistical and algorithmic challenges directly related to their statistical analysis.1) Normalisation One important issue when analyzing SNP profiles is their normalisation. Indeed, especially with tumour profiles, it cannot be assumed that most of the genome is normal and it has been shown that not taking these genomic alterations into account while normalising leads to over-correction. We propose a method to estimate the signal (or copy number) and correct technical artefacts simultaneously.2) Exact and Fast segmentation A CGH profile can be viewed as a succession of segments representing regions in the genome that share the same DNA copy number. Multiple-change-point detection methods constitute a natural framework for their analysis and the detection of breakpoints. However, recovering the optimal position of the breakpoints is not an easy task, especially for large SNP profiles such as Affymetrix SNP 6.0. We propose an algorithm to recover quickly the best segmentation (the maximum likelihood estimate).3) Assessing the quality of a segmentation Assessing the quality of a segmentation and in particular the confidence we have in a particular breakpoint is a difficult problem. We propose algorithms and statistical methods to assess and take into account the quality of possible segmentations.
S. Mirarab, M. S. Bayzid, Bastien Boussau, T. Warnow
Elise Billoir, M.L. Delignette-Müller, A. Pery, Olivier Geffard, S. Charles
Catherine Matias, Vincent Miele
Olivier Gimenez, Stephen T. Buckland, Byron J.T. Morgan, Nicolas Bez, Sophie Bertrand, Rémi Choquet, Stéphane Dray, Marie-Pierre Etienne, Rachel Fewster, Frédéric Gosselin, Bastien Mérigot, Pascal Monestiez, Juan M. Morales, Frédéric Mortier, François Munoz, Otso Ovaskainen, Sandrine Pavoine, Roger Pradel, Frank Schurr, Len Thomas, Wilfried Thuiller, Verena Trenkel, Perry de Valpine, Eric Rexstad
Sandra Hamel, Nigel Yoccoz, Jean-Michel Gaillard
Marie Laure Delignette-Muller, Christelle Lopes, Philippe Veber, Sandrine Charles
M. Durand, Andrew M. Kraynik, F. Van Swol, Jos Käfer, C. Quilliet, S. Cox, S. Ataei Talebi, F. Graner
M. Durand, Jos Käfer, C. Quilliet, S. Cox, S. Ataei-Talebi, F. Graner
M.H. Elsensohn, Noémie Leblay, S. Dimassi, A. Campan-Fournier, A. Labalme, F. Roucher-Boulez, D. Sanlaville, G. Lesca, C. Bardel, Pascal Roy
Alysha M. de Liyera, Marko Sysi Aho, Laurent Jacob, Johann A. Gagnon Bartsch, Sandra Castillo, Julie A. Simpson, Terence P. Speed
Claudia L Kleinman, Nicolas Rodrigue, Nicolas Lartillot, Hervé Philippe
W.-H. Li, Manolo Gouy
D Debouzie, Jean Thioulouse
RésuméJe profiterai de ce séminaire pour présenter aux différentes équipes mes travaux de recherche et les projets sur lesquels j'ai l'intention de m'investir à court et moyen terme.Dans un premier temps, j'expliquerai le contexte applicatif de mon travail, à savoir la recherche d'aberrations chromosomiques à l'aide de la technologie des microarrays CGH. C'est une technologie qui a été principalement développée pour ses applications à l'étude des génomes tumoraux, mais sa disponilibité a rendu possible l'investigation des défauts chromosomiques de petite taille sur les populations humaines. Ces études de génétique humaine ont permis la découverte de nouveaux marqueurs génétiques, les CNV pour Copy Number Variants qui concerneraient 12% du génome humain. En plus d'avoir permis d'établir de véritable portraits moléculaires des tumeurs, les microarrays CGH ont donné un éclairage nouveau à toutes les études classique de génétique humaine (association/liaison).D'un point de vue statistique, les modèles sur lesquels je travaille sont des modèles de segmentation, ou de détection de ruptures dans un signal gaussien. La difficulté nouvelle étant de segmenter plusieurs signaux simultanément afin de prendre en compte plusieurs patients. Cette problématique soulève deux questions majeures : une question de modélisation, comment modéliser des segmentations jointes, et une question algorithmique, comment estimer la position des ruptures en une complexité raisonnable.Dans un dernier temps, j'évoquerai l'application croissante de la technologie des tiling arrays aux CGH, et discuterai les problèmes méthodologiques posés par cette nouvelle technologie.