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Animal bodies house trillions of bacteria, which can influence host behavior in ways that have far-reaching implications for host ecology and evolution. Recent studies have revealed surprising roles for bacteria in shaping behavior across many animal taxa. But questions remain and recent perspective papers have emphasized the need of studying the interactions between microbiota and host behavior. Although it has long been posited that microbiota can influence host behaviour by affecting chemical cues that animals use to communicate, this purported relationship has only recently received renewed attention owing to the advent of new sequencing technologies. My work takes place into this framework, and I will present various results that link microbiota and odor cues in birds and mammals.Odeurs et microbiote chez les vertébrésDepuis quelques années, le rôle des bactéries dans l'écologie et l'évolution des animaux suscite un grand intérêt théorique. Néanmoins, bien que les bactéries semblent jouer un rôle fondamental dans la valeur adaptative des individus, la communauté scientifique vient tout juste de découvrir l'ampleur de leur diversité et fonctions. En particulier, il a été suggéré que le microbiote pouvait être, en partie, responsable de la production des odeurs corporelles utilisées par les animaux pour communiquer avec leurs conspécifiques. Etant donné l'importance de la communication chimique à travers le règne animal, l'altération des odeurs par le microbiote pourrait être une force qui façonne de nombreux comportements. Cependant, malgré l'intérêt que ce sujet suscite, très peu d'études se sont, jusqu'à présent, penchées sur cette question. Mes travaux de recherches se placent dans ce contexte théorique, et je présenterai différents résultats sur les signaux odeurs et le lien avec le microbiote chez les oiseaux et les mammifères.
Short biography: Biochemistry undergraduate at Oxford, then bioinformatics masters at Imperial College London. Followed by comparative genomics of mosquito immunity PhD also at Imperial. Then OrthoDB-orthology postdoc in Geneva participating in the i5k arthropod genomes initiative, and mosquito comparative genomics Marie Curie fellowship at MIT with return phase back in Geneva. Now assistant professor at the University of Lausanne since September 2017 and Swiss Institute of Bioinformatics Group Leader since 2018.
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Le vieillissement est un phénomène complexe intervenant à toutes les échelles de l'organisation biologique, du niveau moléculaire jusqu'au niveau des performances de l'organisme. La locomotion est une fonction neurophysiologique hautement intégrée illustrant un tel processus multi-échelle. Le déclin des performances de locomotion avec l'âge, comme la vitesse maximale, a été observé pour de nombreuses espèces, aussi bien en captivité qu'en milieu naturel. Cependant, ces descriptions restent souvent succinctes, sans précision sur la progression de ces performances au cours du vieillissement. Dans ces travaux, nous utilisons une équation bi-phasique pour décrire la relation entre performance de locomotion et âge sur l'ensemble de la durée de la vie pour Caenorhabditis elegans, Mus domesticus, Canis familiaris, Equus caballus et Homo sapiens. Les performances maximales de locomotion se révèlent être des bio-marqueurs robustes pour suivre la progression des performances sur l'ensemble de la durée de vie des animaux, permettant ainsi d'estimer le pic physiologique et le début du déclin des performances. De plus, dans tous les cas, nous remarquons que la forme de progression des performances maximales selon l'âge est similaire et conservée d'une espèce à l'autre ; seule varie la pente dans le temps, dépendant de l'espèce et la performance mesurée. Nous avons ensuite étudié le développement et l'expansion de cette dynamique au cours du siècle dernier pour les performances athlétiques maximales d'Homo sapiens. Cette étude révèle que la forme s'est progressivement précisée au cours du temps en s'étendant à tous les âges et suivant homothétiquement la progression des records du monde. Néanmoins, la progression semble ralentir au cours des dernières décennies, laissant présager l'atteinte possible des limites biologiques d'Homo sapiens. Ces travaux offrent de nouvelles perspectives sur l'utilité des approches comparatives et l'utilisation d'un bio-marqueur comme les performances de locomotion pour suivre les dynamiques sur l'ensemble de la durée de vie à différentes échelles. Elles apportent aussi un regard novateur sur la progression des performances avec l'âge, en intégrant à la fois les processus de développement et de vieillissement, permettant ainsi de préciser les pics physiologiques et la forme des progressions des performances sur toute la durée de la vie. Institut de Recherche bio-Médicale et d'Epidémiologie du Sport (IRMES), EA 7329, Institut National du Sport, de l'Expertise et de la Performance (INSEP) and Université Paris Descartes, Sorbonne Paris Cité, Paris, France / (2) Laboratoire Matière et Systèmes Complexes, UMR 7057, Université Paris Diderot and CNRS, Sorbonne Paris Cité, Paris, France.
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A recent paper in Science (January 2015) claimed that the majority, 64% to be precise, of cancers is due to bad luck, so non-preventable. The message was spread quickly through media, including serious ones like BBC (and also radio Slovenia, if I may add). And while the paper has been criticized by many, the authors seem to stick to the original message.In this talk I'll give my view of the paper and try to defend a counter message that their analysis gives them absolutely no grounds to make such a claim. The arguments that I'll present have, to my knowledge, not appeared in published reactions to the paper. Obviously, if I am right, they are wrong, and vice versa. If I was Bayesian, I would, at present, give a 0.99 prior probability to the first option. Either way, it should be fun.
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Thèse de Clément Goubert le vendredi 4 décembre 2015 à 14 h - amphithéâtre BU (La Doua)
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The net reproductive rate, R_0, measures the expected lifetime reproductive output of an individual, and plays an important role in demography, ecology, evolution, and epidemiology. Well-established methods exist to calculate it from age- or stage-classified demographic data. Because it is an expected value, however, R_0 provides no information on variability. Many empirical measurements of lifetime reproduction have revealed high levels of variability, and often positive skewness. This is often interpreted as evidence of heterogeneity, and thus of an opportunity for natural selection. However, variability provides evidence of heterogeneity only if it exceeds the level of variability that would be expected in a cohort of identical individuals all experiencing the same vital rates. Such comparisons require a way to calculate the statistics (variance, coefficient of variation, skewness) of lifetime reproduction from demographic data. These calculations have not been possible; here, I present a new approach, using the theory of Markov chains with rewards, that gives all the moments of the distribution of lifetime reproduction. The approach applies to age- or stage-classified models, to constant, periodic, or stochastic environments, and to any kind of reproductive schedule. As examples, I analyze data from several empirical studies of a variety of animal and plant taxa.For more details, please go to http://cgphimc.univ-lyon1.fr/CGphiMC/Semovi/13avril2011.php
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To meet the Water Framework Directive requirements, a new multimetric index (I2M2) has been designed for the invertebrate-based ecological assessment of French wadeable streams. Integrating five taxonomy- and trait-based metrics selected for their high discrimination efficiency, low pressure specificity, high stability in least impaired conditions and low redundancy, this index is meant to identify impaired reaches for 17 anthropogenic pressure categories potentially impairing water quality or habitat. Based on I2M2, any river reach is assigned an ecological quality class among "Bad", "Poor", "Moderate", "Good" and "High". I will present the I2M2, the strategy underlying its construction and on-going developments to help local managers for restoration and conservation programs: (i) assessment of the uncertainty associated to the I2M2 to make it a probabilistic ecological indicator, (ii) development of diagnostic tools based on conditional tree forest models to estimate the risk that each pressure category occurred at any river reach from sampled community traits (iii) simulation of reference conditions for large streams
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