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Depuis 2015, les avancées des technologies de séquençage PacBio et Oxford Nanopore ont bouleversé les projets de séquençages génomiques. Les chromosomes bactériens et les bras chromosomiques des génomes eucaryotes peuvent être assemblés en une seule séquence. La qualité des assemblages atteint si ce n'est dépasse les assemblages de références Sanger des années 2000, les centromères et télomères alors souvent non résolus deviennent désormais analysables. Les résultats sur plusieurs espèces de bactéries, champignons et plantes seront présentés afin d'illustrer les réussites de cette rupture technologique mais aussi les cas qui restent encore non parfaitement résolus.
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La perception chimique (olfaction et gustation) est impliquée dans de nombreuses fonctions biologiques chez les mammifères terrestres. Elle permet notamment de s'alimenter, de s'orienter, de réagir aux perturbations abiotiques et biotiques de l'environnement et de structurer et coordonner la vie sexuelle et sociale. Cependant, chez les mammifères marins et plus particulièrement chez les cétacés, ces modalités sensorielles ont été extrêmement peu étudiées au profit de la communication acoustique. Nous développons actuellement des travaux de recherches visant à caractériser les capacités olfactives et gustatives de ces animaux. Notre approche pluridisciplinaire intègre 3 niveaux d'exploration: 1) Un volet en écologie chimique dont l'objectif est d'analyser et identifier les molécules émises par les individus, susceptibles d'être informatives pour les congénères ; 2) Un volet neurobiologique permettant d'explorer les organes récepteurs, les structures cérébrales et les voies nerveuses impliquées dans la perception et l'intégration des signaux chimiques (prélèvements sur des spécimens échoués) ; 3) Un volet comportemental visant à étudier, en milieu naturel, les fonctions biologiques des informations chimiques, notamment dans le cadre de l'alimentation et dans la vie sociale de ces mammifères marins. Outre son aspect fondamental, notre projet pourrait permettre, à terme, d'identifier des molécules répulsives utilisables dans le cadre de la conservation, notamment en prévention contre les menaces anthropiques qui pèsent sur les cétacés, telles que les prises accessoires dans les filets de pêche ou les collisions avec les navires.
Habilitation à diriger des recherches d'Eric Tannier - Jeudi 21 juillet 2011 - 14h00 - Amphi du CNRS
Thèse de Gwénaelle Gueguen - mardi 29 septembre 2009 - 14h00 - Amphi de Physique nucléaire - Bât Paul Dirac
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Thèse de Caroline Esnault - Vendredi 3 octobre 2008 à 14h30 - Amphithéâtre Paul Dirac
Thèse Florent Lassalle - mardi 26 novembre 2013 à 14 h, amphithéâtre Ampère bâtiment Lippmann
Thèse d'Emilie Vautrin - Jeudi 2 octobre 2008 - 14h00 - Amphi Paul Dirac
Pas de résumé
Habilitation à diriger des recherches de Delphine Boulch - jeudi 17/10/2013 - Salle des Thèses - Domaine Rockefeller
(Inscription gratuite mais obligatoire avant le mardi 20 novembre 2007 Courriel : mariethe.chaumeil@chu-lyon.fr)
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Apres une introduction aux modeles de Hawkes multivaries, j'expliquerai en detail en quoi ces processus peuvent etre pertinents pour modeliser les distances evitees ou favorisees entre motifs (ou elements regulateurs de la transcription) le long de la chaine d'ADN, mais aussi pour modeliser les interactions entre trains de potentiels d'action en neurosciences. Apres avoir explique quels sont les principaux moyens pour estimer de maniere parametrique dans ces modeles les fonctions d'interaction, je detaillerai comment s'affranchir d'hypotheses parametriques sur ces fonctions et obtenir une methode statistique qui s'adapte aux donnees sans que l'on ait aucune hypothese majeure a faire. Je finirai en expliquant que l'on peut tester que ces modeles sont valides sur les donnees en question.
Thèse de Victor RONGET le mercredi 12 décembre 2018 à 14 h, amphithéâtre CNRS (Villeurbanne)
Thèse d'Emmanuel Prestat - Mardi 25 mai 2010 - 14h00 - Amphithéâtre du CNRS
Thèse de Jean François Gout - lundi 12 octobre 2009 - 14h00 - Amphi de Physique Nucléaire - Bâtiment Paul Dirac
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Thèse de Salomé Bourg le mercredi 4 décembre 2019 à 14 h 30, BU salle de conférence (La doua)
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