GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Duret Laurent
Directeur de recherche
CNRS
Batiment Mendel 2eme étage. Bureau 12.025
Les génomes sont le produit de divers processus évolutifs : certains traits génomiques que nous observons aujourd'hui reflètent des contraintes fonctionnelles qui opèrent actuellement ou qui ont opéré dans le passé ; d'autres résultent de processus non-adaptatifs. Pour identifier les caractéristiques du génome qui sont importantes pour son fonctionnement, il faut rechercher celles dont le mode d'évolution s'écarte du modèle neutraliste : c'est le principe même de l'analyse comparative des génomes, qui est au cœur de mon activité de recherche. Mon travail suit une double logique : étudier l'évolution des génomes pour mieux comprendre leur fonctionnement - et inversement, prendre en compte les mécanismes moléculaires du fonctionnement des génomes afin de mieux interpréter l'évolution des séquences. Mon travail se base sur l'analyse bioinformatique et statistique des séquences, mais s'appuie également fortement sur des collaborations étroites avec des biologistes « de paillasse ».
Ces dernières années, mon objectif principal a été d'explorer les conséquences de la recombinaison homologue sur l'évolution du génome. En particulier, nous avons découvert que chez de nombreuses espèces, la recombinaison induit une hérédité non mendélienne, favorisant la fixation des allèles GC (gBGC – pour GC-Biased Gene Conversion). Ce processus non adaptatif a un impact majeur sur l'évolution des paysages génomiques ainsi que sur les processus d'expression des gènes. Nous essayons maintenant de comprendre comment et pourquoi le gBGC évolue, et comment et pourquoi les taux de recombinaison varient dans l'espace (le long des chromosomes) et dans le temps (entre les espèces).
Je cherche également à comprendre comment les contraintes imposées par le coût de l'expression des gènes façonnent l'évolution du génome. Nous avons montré que le niveau d'expression des gènes est un déterminant important des pressions sélectives agissant sur de nombreuses caractéristiques : sur les séquences protéiques, sur le dosage des gènes, sur la précision de l'épissage et sur l'efficacité de la traduction. Nous explorons maintenant comment la variation de l'efficacité de la sélection contribue à l'évolution de la complexité des processus d'expression des gènes à travers les espèces.
Je travaille également, en collaboration avec des chercheurs de Paris et de Gif, sur la génomique de la paramécie. Cet eucaryote unicellulaire présente de nombreuses caractéristiques très particulières qui en font un modèle fantastique pour aborder de nombreux sujets (duplications de génomes entiers, prolifération d'éléments génétiques égoïstes, épissage alternatif, hérédité transgénérationnelle de modifications épigénétiques, …).
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 173 au total
Bridging the gap between the evolutionary dynamics and the molecular mechanisms of meiosis.
RecomBern .
Acte de congrès
voir la publicationHigh prevalence of Prdm9-independent recombination hotspots in placental mammals
Probabilistic Modeling in Genomics Conference : ProbGen 2024 .
Acte de congrès
voir la publicationPrevalence of PRDM9-dependent vs PRDM9-independent recombination hotspots in animals
RecomBern .
Acte de congrès
voir la publicationVariation in the fitness impact of translationally optimal codons among animals
Pré-publication
voir la publicationGTDrift: a resource for exploring the interplay between genetic drift, genomic and transcriptomic characteristics in eukaryotes
NAR Genomics and Bioinformatics . 6 ( 2 ) : lqae064
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voir la publicationHigh prevalence of PRDM9-independent recombination hotspots in placental mammals
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 121 ( 23 ) : e2401973121
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voir la publicationPRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids
Pré-publication
voir la publicationRandom genetic drift sets an upper limit on mRNA splicing accuracy in metazoans
eLife . 13 : RP93629
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voir la publicationBridging the gap between the evolutionary dynamics and the molecular mechanisms of meiosis : a model based exploration of the PRDM9 intra-genomic Red Queen
PLoS Genetics . 20 ( 5 ) : e1011274
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voir la publicationPopulation designations in biomedical research: limitations and perspectives
HLA: Immune Response Genetics . 101 ( 1 ) : 3-15
DOI: 10.1111/tan.14852
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voir la publicationMassive colonization of protein-coding exons by selfish genetic elements in Paramecium germline genomes
PLoS Biology . 19 ( 7 ) : e3001309
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voir la publicationDILS: Demographic inferences with linked selection by using ABC
Molecular Ecology Resources .
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voir la publicationEvolutionary plasticity of mating-type determination mechanisms in Paramecium aurelia sibling species
Genome Biology and Evolution . ( evaa258 )
DOI: 10.1093/gbe/evaa258
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voir la publicationHow consistent is RAD‐seq divergence with DNA‐barcode based clustering in insects?
Molecular Ecology Resources . 20 ( 5 ) : 1294-1298
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voir la publicationBedrock radioactivity influences the rate and spectrum of mutation
eLife . 9 : e56830
DOI: 10.7554/eLife.56830
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voir la publicationGlobal survey of mobile DNA horizontal transfer in arthropods reveals Lepidoptera as a prime hotspot
PLoS Genetics . 15 ( 2 ) : e1007965
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voir la publicationGC-biased gene conversion conceals the prediction of the nearly neutral theory in avian genomes
Genome Biology . 20 ( 1 )
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voir la publicationEvolution of replication origins in vertebrate genomes: rapid turnover despite selective constraints
Nucleic Acids Research . 47 ( 10 ) : 5114-5125
DOI: 10.1093/nar/gkz182
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voir la publicationPopulation genomics supports clonal reproduction and multiple independent gains and losses of parasitic abilities in the most devastating nematode pest
Evolutionary Applications . 13 : 1-16
DOI: 10.1111/eva.12881
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voir la publicationUnbiased Estimate of Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates with Nonstationary Base Composition
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 3 ) : 734-742
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voir la publicationCodon Usage Bias in Animals: Disentangling the Effects of Natural Selection, Effective Population Size, and GC-Biased Gene Conversion
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 5 ) : 1092 - 1103
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voir la publicationLife History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 12 ) : 2900-2912
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voir la publicationPRDM9 Methyltransferase Activity Is Essential for Meiotic DNA Double-Strand Break Formation at Its Binding Sites
Molecular Cell . 69 ( 5 ) : 853 - 865.e6
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voir la publicationThe Red Queen model of recombination hot-spot evolution: a theoretical investigation
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences .
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voir la publicationThe global impact of Wolbachia on mitochondrial diversity and evolution
Journal of Evolutionary Biology . 30 ( 12 ) : 2204-2210
DOI: 10.1111/jeb.13186
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voir la publicationIn vivo binding of PRDM9 reveals interactions with noncanonical genomic sites
Genome Research . 27 ( 4 ) : 580-590
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voir la publicationRecombination, meiotic expression and human codon usage
eLife . 6 : e27344
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voir la publicationThe fitness cost of mis-splicing is the main determinant of alternative splicing patterns
Genome Biology . 18 : 208
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voir la publicationLess effective selection leads to larger genomes
Genome Research . 27 : 1016-1028
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voir la publicationHow and how much does RAD-seq bias genetic diversity estimates?
BMC Evolutionary Biology . 16 : 240
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