GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Lartillot Nicolas
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Mon activité de recherche se développe principalement autour de la question générale de la modélisation de l'évolution des séquences génétiques et des génomes, avec des applications à l'inférence phylogénétique et à la compréhension des processus évolutifs plus généralement.
Pour l'inférence phylogénétique, mon travail s'appuie essentiellement sur l'inférence bayésienne: une fois défini un modèle stochastique de l'évolution des séquences, nous développons des algorithmes qui permettent d'inférer les valeurs probables des paramètres du modèle (dont la phylogénie) qui expliquent au mieux les données. Les modèles phylogénétiques que nous avons développés, au travers de diverses collaborations, ainsi qu'avec plusieurs étudiantes et étudiants en thèse, sont utilisés pour reconstruire l'histoire évolutive et les relations de parenté entre espèces, mais aussi pour caractériser les régimes adaptatifs des gènes codant pour les protéines: en particulier, quels sont les gènes qui sont soumis à de fortes pressions adaptatives, par exemple liées à des courses aux armements entre hôtes et pathogènes.
Plus récemment, je me suis intéressé à confronter les approches dites inter- et intra-spécifiques. La phylogénie est typiquement une approche inter-spécifique: elle s'intéresse aux différences entre espèces, et se focalise sur la grande échelle évolutive (à travers les millions d'années). La génétique des populations, quant à elle, s'intéresse à la diversité au sein de chaque espèce; de ce fait, elle s'intéresse à une échelle de temps plus courte (de l'ordre de quelques centaines de milliers d'année par exemple dans le cas de l'espèce humaine). Voir les travaux de deux étudiant(e)s ayant travaillé avec moi sur ce sujet: Latrille et al, 2023, et Bastian et al, 2025.
Enfin, je m'intéresse également à des modèles théoriques et basés sur des simulations. À la différence des modèles mentionnés plus haut, ces modèles n'ont pas vocation à être ajustés directement sur les données génétiques actuellement disponibles. Ils servent plutôt à explorer et à comprendre des phénomènes évolutifs qui peuvent émerger à partir de divers mécanismes de reproduction, de réplication et de recombinaison de l'ADN. Dans cette direction, nous nous intéressons particulièrement aux conséquences des mécanismes de mutation et de recombinaison sur l'évolution des génomes. Voir à ce sujet les travaux suivants, également effectués par des étudiantes: Luiselli et al, 2024, et Genestier et al, 2024
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 74 au total
Genome Streamlining: Effect of Mutation Rate and Population Size on Genome Size Reduction
Genome Biology and Evolution . 16
DOI: 10.1093/gbe/evae250
Article dans une revue
voir la publicationFrom Inquilines to Gall Inducers: Genomic Signature of a Life-Style Transition in Synergus Gall Wasps
Genome Biology and Evolution . 12 : 2060 - 2073
DOI: 10.1093/gbe/evaa204
Article dans une revue
voir la publicationBridging the gap between the evolutionary dynamics and the molecular mechanisms of meiosis.
RecomBern .
Acte de congrès
voir la publicationThe evolution of GC-biased gene conversion by means of natural selection
Pré-publication
voir la publicationImbalanced speciation pulses sustain the radiation of mammals
Science . 384 ( 6699 ) : 1007-1012
Article dans une revue
voir la publicationThe evolution of GC-biased gene conversion by means of natural selection
ETEE'2023: Empiricism & Theory in Ecology and Evolution .
Acte de congrès
voir la publicationPhylogenomic analysis of protein‐coding genes resolves complex gall wasp relationships
Systematic Entomology .
DOI: 10.1111/syen.12611
Article dans une revue
voir la publicationBridging the gap between the evolutionary dynamics and the molecular mechanisms of meiosis : a model based exploration of the PRDM9 intra-genomic Red Queen
PLoS Genetics . 20 ( 5 ) : e1011274
Article dans une revue
voir la publicationCompositionally Constrained Sites Drive Long-Branch Attraction
Systematic Biology . 72 ( 4 ) : 767 - 780
Article dans une revue
voir la publicationIdentifying the Best Approximating Model in Bayesian Phylogenetics: Bayes Factors, Cross-Validation or wAIC?
Systematic Biology . 72 : 616 - 638
Article dans une revue
voir la publicationGenes and sites under adaptation at the phylogenetic scale also exhibit adaptation at the population-genetic scale
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 120 ( 11 ) : e2214977120
Article dans une revue
voir la publicationAn Improved Codon Modeling Approach for Accurate Estimation of the Mutation Bias
Molecular Biology and Evolution . 39
Article dans une revue
voir la publicationNatural Selection beyond Life? A Workshop Report
Life . 11 ( 10 ) : 1051
DOI: 10.3390/life11101051
Article dans une revue
voir la publicationQuantifying the impact of changes in effective population size and expression level on the rate of coding sequence evolution
Theoretical Population Biology . 142 : 57-66
Article dans une revue
voir la publicationInferring Long-Term Effective Population Size with Mutation–Selection Models
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 10 ) : 4573-4587
Article dans une revue
voir la publicationLong-Lived Species of Bivalves Exhibit Low MT-DNA Substitution Rates
Frontiers in Molecular Biosciences . 8
Article dans une revue
voir la publicationReconstruction of body mass evolution in the Cetartiodactyla and mammals using phylogenomic data.
Peer Community Journal . 1 : e42
Article dans une revue
voir la publicationA Bayesian Mutation–Selection Framework for Detecting Site-Specific Adaptive Evolution in Protein-Coding Genes
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 3 ) : 1199-1208
Article dans une revue
voir la publicationUniversal probabilistic programming offers a powerful approach to statistical phylogenetics
Communications Biology . 4 ( 1 ) : 244
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the History of Variation in Effective Population Size along Phylogenies
Genome Biology and Evolution . 13 ( 8 )
DOI: 10.1093/gbe/evab150
Article dans une revue
voir la publicationScalable Empirical Mixture Models That Account for Across-Site Compositional Heterogeneity
Molecular Biology and Evolution . 37 : 3616 - 3631
Article dans une revue
voir la publicationThe Bayesian Approach to Molecular Phylogeny
Phylogenetics in the Genomic Era . : 1.4:1--1.4:17
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationPhyloBayes: Bayesian Phylogenetics Using Site-heterogeneous Models
Phylogenetics in the Genomic Era . : 1.5:1--1.5:16
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDetecting sex-linked genes using genotyped individuals sampled in natural populations
Pré-publication
voir la publicationFitting diversification models on undated or partially dated trees
Peer Community In Evolutionary Biology . : 100088
Autre publication
voir la publicationDetecting adaptive convergent amino acid evolution
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 374 ( 1777 ) : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationConditional Approximate Bayesian Computation: A New Approach for Across-Site Dependency in High-Dimensional Mutation–Selection Models
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 11 ) : 2819-2834
Article dans une revue
voir la publicationLife History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 12 ) : 2900-2912
Article dans une revue
voir la publicationThe Red Queen model of recombination hot-spot evolution: a theoretical investigation
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences .
Article dans une revue
voir la publicationImproved Modeling of Compositional Heterogeneity Supports Sponges as Sister to All Other Animals
Current Biology . 27 ( 24 ) : 3864-3870.e4
Article dans une revue
voir la publication