Soutenance de thèse de Camille Beaumelle

Jury:

Dominique Pontier, Professeure, LBBE, Université de Lyon, Présidente

Éric Morgan, Professeur, Queen’s University Belfast, Rapporteur

Fanie Pelletier, Professeure, Université de Sherbrooke, Rapportrice

Céline Richomme, Chercheure, ANSES, Examinatrice

Carole Toïgo, Ingénieure, Office Français de la Biodiversité, Examinatrice

Loïc Bollache, Professeur, Université de Bourgogne-Franche-Comté, Examinateur

Gilles Bourgoin, MCU, LBBE-VetAgro Sup, Université de Lyon, Directeur de thèse

Glenn Yannic, MCU, LECA, Université Grenoble Alpes, Co-directeur de thèse

Résumé :

Dans des écosystèmes de plus en plus impactés par l’homme, les interactions entre faune sauvage et faune domestique s’intensifient, ce qui augmente le risque d’échanges de pathogènes. Les nématodes gastro-intestinaux sont des parasites cosmopolites des ongulés. Les animaux domestiques sont régulièrement traités contre ces parasites et l’exposition répétée de ces parasites aux traitements a entrainé la sélection de souches résistantes. L’accroissement des souches résistantes constitue une problématique majeure pour la gestion à long terme des parasites des populations d’ongulés domestiques. Dans ce contexte, les objectifs de mon doctorat étaient i) de quantifier l’étendue des transferts de nématodes gastro-intestinaux entre faune domestique et sauvage, et ii) notamment le transfert de parasites résistants aux anthelminthiques, et finalement iii) d’évaluer le rôle de réservoir des ongulés sauvages vis-à-vis de ces pathogènes. Dans une première étude, j’ai démontré l’influence des traits des hôtes et de l’environnement sur le némabiome du chevreuil. Bien que les nématodes spécialistes des cervidés étaient majoritaires dans le némabiome du chevreuil, des parasites provenant vraisemblablement des petits ruminants domestiques ont été observés dans une population de chevreuils isolée. Dans une seconde étude, j’ai mis en évidence des échanges importants de nématodes gastro-intestinaux entre des moutons et des chevreuils vivants en sympatrie dans un paysage dominé par l’élevage. Ici, le némabiome des chevreuils était caractérisé par une présence importante d’espèces de parasites de moutons, et ce, peu importe le niveau de proximité des chevreuils avec les pâtures de moutons. J’ai donc émis l’hypothèse que les élevages peuvent avoir une influence considérable sur les communautés parasitaires de la faune sauvage locale. Enfin, j’ai montré que les élevages montant en estive ont une influence sur le némabiome des bouquetins des Alpes. La présence de nématodes résistants aux benzimidazoles chez le bouquetin indique que ce dernier se révèle être un réservoir possible de nématodes résistants aux anthelmintiques pour les élevages pratiquants la transhumance. Dans l’ensemble, mon travail de thèse a mis en évidence une bonne circulation des nématodes gastro-intestinaux entre la faune domestique et la faune sauvage. En particulier, j’ai pu montrer que des parasites résistants aux anthelmintiques sont également présents dans la faune sauvage.