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RésuméJe profiterai de ce séminaire pour présenter aux différentes équipes mes travaux de recherche et les projets sur lesquels j'ai l'intention de m'investir à court et moyen terme.Dans un premier temps, j'expliquerai le contexte applicatif de mon travail, à savoir la recherche d'aberrations chromosomiques à l'aide de la technologie des microarrays CGH. C'est une technologie qui a été principalement développée pour ses applications à l'étude des génomes tumoraux, mais sa disponilibité a rendu possible l'investigation des défauts chromosomiques de petite taille sur les populations humaines. Ces études de génétique humaine ont permis la découverte de nouveaux marqueurs génétiques, les CNV pour Copy Number Variants qui concerneraient 12% du génome humain. En plus d'avoir permis d'établir de véritable portraits moléculaires des tumeurs, les microarrays CGH ont donné un éclairage nouveau à toutes les études classique de génétique humaine (association/liaison).D'un point de vue statistique, les modèles sur lesquels je travaille sont des modèles de segmentation, ou de détection de ruptures dans un signal gaussien. La difficulté nouvelle étant de segmenter plusieurs signaux simultanément afin de prendre en compte plusieurs patients. Cette problématique soulève deux questions majeures : une question de modélisation, comment modéliser des segmentations jointes, et une question algorithmique, comment estimer la position des ruptures en une complexité raisonnable.Dans un dernier temps, j'évoquerai l'application croissante de la technologie des tiling arrays aux CGH, et discuterai les problèmes méthodologiques posés par cette nouvelle technologie.
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In the first part of this talk we present a recent analysis of Yersinia genomes. The Yersinia family accumulated many rearrangement mutations in the last few tenthousands years, which offers an unprecedented opportunity to study evolution of genome structure and arrangement. During the analysis, we realized that the current MCMC methods that provide samples from the posterior distribution of genome rearrangement scenarios converge slowly. The second part of the talk is about the theoretical convergence of MCMC methods for inferring genome rearrangements.
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The Istituto Nazionale per la Fauna Selvatica performs consulting and research activities to promote the knowledge and the conservation of wildlife with special reference to mammals and birds. I'm working in the mammal section of the Institute and I carry on researches on the use of space, habitat and population dynamics of wild ungulates (red, roe and fallow deer, wild boars). In the last years I was interested in the problem of population estimate of wildlife population using distance sampling. At Castelporziano I developed a long-term research on ungulates of Mediterranean using capture-mark-recapture to investigate population dynamics of fallow deer and wild boar. Recently we started a project to use GPS-GSM collar to investigate habitat selection of red deer. Together with field work I'm very much interested in developing statistical and mathematical models. A recent approach was to use distance sampling data to investigate local density to be correlated with short term variation in habitat quality.
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La caractérisation de l'influence des facteurs environnementaux sur la fertilité des couples est un enjeu important de santé publique. Dans une approche épidémiologique, cette caractérisation peut reposer sur différents modes d'échantillonnage des sujets. L'approche la plus couramment utilisée est rétrospective et repose sur le recrutement de femmes ayant déjà eu une grossesse. Cette approche a l'avantage d'être simple du point de vue logistique mais exclut les couples involontairement inféconds. Nous illustrerons les conséquences de cette exclusion en termes de biais et de perte de puissance statistique à partir de simulations et de données réelles, et discuterons les intérêts et limites de trois approches alternatives : 1) l'approche de cohorte incidente (dans laquelle les couples sont recrutés avant le début d'une tentative de grossesse et suivis), 2) l'approche de cohorte prévalente (dans laquelle on recrute les couples au cours de la tentative de grossesse, avec un suivi) et 3) l'approche des durées en cours, qui repose elle aussi sur un échantillon de couples recrutés en cours de tentative de grossesse, mais sans suivi. Dans chaque cas, les modèles de survie adaptés au mode d'échantillonnage seront brièvement présentés et illustrés, notamment à partir de l'Observatoire épidémiologique de la fertilité en France. Références : Keiding, N. (1992) Independent delayed entry (with discussion). In Klein, J. P. and Goel, P. K. (eds) Survival analysis: State of the Art. Kluwer, Dordrecht, pp. 309-326. Keiding, N., Kvist, K., Hartvig, H., Tvede, M. and Juul, S. (2002) Estimating time to pregnancy from current durations in a cross-sectional sample. Biostatistics 3, 565-578. Scheike, T. H. and Keiding, N. (2006) Design and analysis of time-to-pregnancy. Stat Methods Med Res 15, 127-140. Slama, R., Kold-Jensen, T., Scheike, T., Ducot, B., Spira, A. and Keiding, N. (2004) How would a decline in sperm concentration over time influence the probability of pregnancy? Epidemiology 15, 458-465. Slama, R., Ducot, B., Carstensen, L., Lorente, C., de La Rochebrochard, E., Leridon, H., Keiding, N. and Bouyer, J. (2006) Feasibility of the Current-Duration Approach to Studying Human Fecundity. Epidemiology 17, 440-449.