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RésuméJe profiterai de ce séminaire pour présenter aux différentes équipes mes travaux de recherche et les projets sur lesquels j'ai l'intention de m'investir à court et moyen terme.Dans un premier temps, j'expliquerai le contexte applicatif de mon travail, à savoir la recherche d'aberrations chromosomiques à l'aide de la technologie des microarrays CGH. C'est une technologie qui a été principalement développée pour ses applications à l'étude des génomes tumoraux, mais sa disponilibité a rendu possible l'investigation des défauts chromosomiques de petite taille sur les populations humaines. Ces études de génétique humaine ont permis la découverte de nouveaux marqueurs génétiques, les CNV pour Copy Number Variants qui concerneraient 12% du génome humain. En plus d'avoir permis d'établir de véritable portraits moléculaires des tumeurs, les microarrays CGH ont donné un éclairage nouveau à toutes les études classique de génétique humaine (association/liaison).D'un point de vue statistique, les modèles sur lesquels je travaille sont des modèles de segmentation, ou de détection de ruptures dans un signal gaussien. La difficulté nouvelle étant de segmenter plusieurs signaux simultanément afin de prendre en compte plusieurs patients. Cette problématique soulève deux questions majeures : une question de modélisation, comment modéliser des segmentations jointes, et une question algorithmique, comment estimer la position des ruptures en une complexité raisonnable.Dans un dernier temps, j'évoquerai l'application croissante de la technologie des tiling arrays aux CGH, et discuterai les problèmes méthodologiques posés par cette nouvelle technologie.
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In the first part of this talk we present a recent analysis of Yersinia genomes. The Yersinia family accumulated many rearrangement mutations in the last few tenthousands years, which offers an unprecedented opportunity to study evolution of genome structure and arrangement. During the analysis, we realized that the current MCMC methods that provide samples from the posterior distribution of genome rearrangement scenarios converge slowly. The second part of the talk is about the theoretical convergence of MCMC methods for inferring genome rearrangements.
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The Istituto Nazionale per la Fauna Selvatica performs consulting and research activities to promote the knowledge and the conservation of wildlife with special reference to mammals and birds. I'm working in the mammal section of the Institute and I carry on researches on the use of space, habitat and population dynamics of wild ungulates (red, roe and fallow deer, wild boars). In the last years I was interested in the problem of population estimate of wildlife population using distance sampling. At Castelporziano I developed a long-term research on ungulates of Mediterranean using capture-mark-recapture to investigate population dynamics of fallow deer and wild boar. Recently we started a project to use GPS-GSM collar to investigate habitat selection of red deer. Together with field work I'm very much interested in developing statistical and mathematical models. A recent approach was to use distance sampling data to investigate local density to be correlated with short term variation in habitat quality.
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