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Thèse de Laurent Modolo le lundi 1er décembre 2014 à 14 h - Salle de conférence Bibliothèque Universitaire (Doua)
L'exploration numérique de modèles, basée sur la simulation, s'est beaucoup développée depuis une quinzaine d'années. L'analyse de sensibilité globale, en particulier, permet d'étudier et comparer l'influence de paramètres ou variables d'entrée incertains sur les sorties d'un modèle, en considérant des plages de variation de ces facteurs plutôt que des dérivées autour de valeurs ponctuelles. Les principes de l'analyse de sensibilité globale seront présentés, ainsi que quelques méthodes telles que Sobol' et FAST. L'approche sera illustrée sur un modèle théorique développé pour étudier la propagation d'un champignon sur un paysage agricole.
Thèse de Ghislain Durif le mardi 13 décembre 2016 à 13 h 30 - salle de conférence BU (La Doua)
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Thèse de Hélène Lopez le mercredi 15 février 2017 à 14 h, salle Fontannes bâtiment Darwin D (La Doua)
Thèse de Thibaut Jombart - 14 novembre 2008 - 14h00 - Amphitéâtre du CNRS
Structural variation in general, and copy number variants (CNV) in particular, has emerged as an important source of genetic variation. The genetic history and the extraordinary morphological, physiological and behavioral variation of dogs, make them an ideal mammal in which to study the effects of CNV on biology and disease. The dog genome revealed the existence of more than one thousand of CNV that overlap ≈ 400 genes, which are enriched for defense/immunity, oxidoreductase, protease, receptor, signaling molecule and transporter genes. Furthermore, CNV can have significant impacts on a wide range of phenotypes including breed-definiting traits and showed to be appropriate markers to analyze genetic relationships between dog populations. This finding implies that most of the surveyed CNVs were present in the pool of canine breed founders. In order to understand the ancestral dog genome organization, we designed a high density custom 720K probes NimbleGen aCGH chip based on all known dog CNV and segmental duplication and genotyped 15 wolves from 11 populations, with a wide distribution (including Europe, Asia and America), 5 dogs (Dingo, Basenji, Beagle, Boxer and Dachshund) and three outgroups (red wolf, coyote and golden jackal). The dataset analyzed in this study allow us to identify selected CNV during early dog domestication.
When a patient contract cancer, the diagnosis and the treatment options are decided based on phenotypic factor such as the primary organ and the pathology of the tumors. However, recent discoveries have shown than the molecular pathogenesis of the tumor may be a better indicator of the prognosis and the adequate therapeutical targets, underlining the need for a better understanding of the genomic characteristics of the disease. In order to solve this issue, initiatives such as TCGA have sequenced large groups of disease samples and used the size of the cohort to distinguish between driver and passenger events. We propose to adopt the same approach to analyze liquid tumors, where widespread heterogeneity within the tumor as well as between patients adds even more noise to the measurements. We will show the software infrastructure we built in order to track and analyze the samples as well as two examples of such studies. The first cohort we will discuss is a cohort of 53 patients with acute myeloid leukemia (AML). AML is the most common type of leukemia in adult, and the is still poorly understood. All these patients achieved complete remissions after standard chemotherapy and later suffered from relapse. We performed whole exome sequencing of germline tissue, primary sample as well as relapsed sample for each of these patients and will show analysis of this data compared to the knowledge that we have of the disease. The second cohort we will discuss is a cohort of 189 adult patients with B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL). B-ALL is the most common leukemic malignancy in the pediatric population but most of the knowledge that we have from the adult form of the disease is actually deduced from the childhood form. We will present here a integrated and targeted DNA/RNA sequencing solution that allowed us to extract short events (point substitutions and short insertions and deletions) as well as copy number aberrations, rearrangements and fusion events. We will use these two cases to discuss common problems that arise when analyzing genomic data as well as potential solutions."
This communication will have two distinct aims. Firstly, it is intent to introduce my work in the area of philosophy of science to the members of the Laboratory I joined last November. I will briefly present my two main research themes, namely 1° the difficulty to define a scientific object such as animal behavior, and 2° scientific reasoning in biology, as they have been introduced in the PhD thesis I defended last year (Epistémologie historique de l'étude du comportement animal). Secondly, this communication also aims to convince the audience about the relevance and the potential utility of philosophy of science for the practice of science.
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L'adolescence est caractérisée par un développement physique souvent associé à des difficultés psychologiques. La fluctuation de la glycémie en fonction des changements hormonaux, des périodes de croissance, de l'activité physique, et des émotions rend la prise en charge du diabète difficile. Par ailleurs, l'activation du système hypothalamo-hypophysaire et l'augmentation de la production d'hormone de croissance et des hormones sexuelles semblent être à l'origine d'une résistance à l'insuline à cet âge. L'insulinothérapie habituelle n'est donc pas suffisante pour contrôler la glycémie. A son tour l'hyperglycémie chronique augmente la résistance à l'insuline. L'HbA1c, dont le taux normal est < 6 %, est le reflet de l'équilibre glycémique des trois derniers mois. Les résultats d'une grande étude transversale sur les diabétiques en France (DISCO) suggèrent que seulement 15.1% des enfants ont une HbA1c < 7%. Or, l'augmentation de 1% de HbA1c augmente de 25% le risque des complications à l'âge d'adulte et les patients avec un suivi clinique irrégulier après le diagnostic font plus fréquemment des épisodes d'acidocétoses et développent une rétinopathie. Par contre, le maintien de l'HbA1c < 7% avec une prise en charge adaptée diminue l'incidence de ces complications. L'ensemble des données de la littérature suggère un meilleur contrôle des facteurs de risque chez l'enfant et l'adulte atteints de maladies chroniques par la prise en charge régulière par une infirmière par rapport à une prise en charge médicale conventionnelle qui repose essentiellement sur des consultations périodiques mais moins fréquentes du spécialiste. De plus, l'augmentation de l'incidence de diabète et la nette diminution de la démographie médicale font que les praticiens n'arrivent plus à répondre aux demandes de consultation et de suivi. Nous présentons les résultats d'un essai clinique randomisé, contrôlé, en groupes parallèles comparant deux stratégies de suivi de jeunes adolescents diabétiques de type 1 afin de montrer l'intérêt d'un accompagnement infirmier pour contrôler de façon régulière et durable le diabète des adolescents et améliorer l'acceptation du diabète et l'équilibre glycémique versus la prise en charge habituelle.
Habilitation à diriger des recherches de Nadine Bossard - mardi 10 septembre 2013 - 17h00 - Salle des Thèses 1 - Domaine Rockefeller