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How a Simian Immunodeficiency Virus evolved to become HIV-1
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Microbiology's platypus
We study a poorly characterized bacterial gender of the Planctomycetes phylum, Gemmata obscuriglobus. Planctomycetes are major players in the global nitrogen and carbon cycles and are uniquely capable of anaerobic ammonium oxidation (a globally important nitrogen transformation). Within that phylum, the bacteria of the gender Gemmata are particularly interesting due to their complex intracellular membranous organization that is sustained by proteins showing similarity to the eukaryotic equivalent ones and their capability to internalize fully folded proteins in a process reminiscent of eukaryotic endocytosis (Lohnienne et al., 2010).We use a combination of computational, molecular biology, and electron-microscopy to first, decipher the peculiar biology of the Planctomycetes and second, to understand their contribution to eukaryotic origin. Computationally, we use structure to push the limits of sequence homology detection. Amongst other tools, we use protein architecture correlation to detect potential relationship between distantly related proteins (Santarella-Mellwig et al. PLoS Biol. 2010).
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Where do new genes and domains come from?
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Fitness Landscapes & Dynamics of Adaptation: what can we infer from patterns of phenotypic and molecular evolution?
The distribution of fitness effect of new mutations is central to many questions in evolutionary biology such as: what type of genetic variation enables sustained evolution, does adaptation to a given environment entails systematically a cost in different environments, what forces maintain phenotypic and molecular variation we observe in extant populations, etc. Fitness landscapes link the (phenotypic) effect of a new mutation and its fitness consequences. I will present recent work geared at inferring distribution of fitness effects and more broadly the properties of fitness landscapes underlying adaptation. I will consider empirical data bearing both on phenotypic evolution in experimental populations and patterns of molecular variation in natural populations.
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Transferts horizontaux d'éléments transposables
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Small changes in the big picture: genetic fine-tuning of transcriptome variation across human populations
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Modélisation de la répartition spatiale d'une espèce marine et intégration à l'échelle de son cycle de vie. Exemples de la distribution des laminaires en Bretagne et de la modélisation spatialisée du cycle de vie de la sole en Manche.
La répartition spatiale d'une espèce est une combinaison des effets de variables environnementales et des activités humaines. Selon leur position géographique, les groupes d'individus d'une espèce sont soumis à des conditions différentes qui influencent notamment leur probabilité de présence et leur biomasse. La répartition des différents groupes d'individus et la connectivité entre ces groupes peuvent avoir une influence primordiale sur la dynamique spatiale et temporelle de la population. La modélisation des habitats potentiels relie des biomasses observées avec les facteurs environnementaux par corrélation, grâce à des modèles linéaires généralisés (GLM) ou des modèles additifs généralisés (GAM). La modélisation permet de s'affranchir de l'observation complète d'une zone d'étude en prédisant la répartition des espèces sur les zones non observées si les facteurs environnementaux sont disponibles. La répartition spatiale des biomasses peut ensuite être couplée à un modèle de cycle de vie pour estimer la dynamique de population. La carte de répartition des laminaires en mer d'Iroise sera utilisée comme exemple de modélisation des habitats potentiels en statistiques fréquentistes. Ces cartes seront utilisées pour la gestion des stocks de laminaires, espèce récoltée pour ses alginates très utilisés en cosmétique. Un point important de cette étude est de faciliter l'interprétation des résultats par les gestionnaires tout en intégrant les effets de l'incertitude de prédiction sur cette interprétation. Le modèle de cycle de vie de la sole commune en Manche Est illustrera l'intégration (1) d'un modèle de dispersion larvaire pour la distribution des larves entre les nourriceries, (2) d'un modèle d'habitat potentiel pour la répartition des juvéniles dans ces nourriceries, et (3) d'un modèle de population (non spatialisé) pour les adultes soumis à la pression de pêche, dans le cadre d'un modèle hiérarchique bayésien. Ce modèle vise notamment à comparer l'importance relative des mortalités naturelles par rapport aux mortalités d'origine anthropique (dégradation des habitats juvéniles, pêche). Il pourrait aussi être utilisé pour l'évaluation du stock.
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Function and molecular evolution of genes involved in zygote formation inninsects
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Presentation de mon parcoursn-
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Soutenance de thèse de Chloé Haberkorn
Génomique de la résistance aux insecticides chez la punaise de lit Cimex lectularius
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Soutenance de thèse de Benjamin Guinet
"Étude globale de la domestication virale chez les guêpes parasitoïdes"
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From ecotoxicology to stress ecology: Exposure to and impacts of pollutants in interaction with other environmental parameters in wildlife
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Archaic Genomes and Human Evolution
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Methodological pitfalls in the construction of epigenetic clock models
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Séminaire interne LBBE
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Séminaire interne LBBE
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Archaic Genomes and Human Evolution
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Evolutionary causes and consequences of avian dispersal syndromes: the importance of individual variation in colonisation processes
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AG des nouveaux·velles entrant·e·s