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Thèse de Hélène Lopez le mercredi 15 février 2017 à 14 h, salle Fontannes bâtiment Darwin D (La Doua)
Thèse de Thibaut Jombart - 14 novembre 2008 - 14h00 - Amphitéâtre du CNRS
Structural variation in general, and copy number variants (CNV) in particular, has emerged as an important source of genetic variation. The genetic history and the extraordinary morphological, physiological and behavioral variation of dogs, make them an ideal mammal in which to study the effects of CNV on biology and disease. The dog genome revealed the existence of more than one thousand of CNV that overlap ≈ 400 genes, which are enriched for defense/immunity, oxidoreductase, protease, receptor, signaling molecule and transporter genes. Furthermore, CNV can have significant impacts on a wide range of phenotypes including breed-definiting traits and showed to be appropriate markers to analyze genetic relationships between dog populations. This finding implies that most of the surveyed CNVs were present in the pool of canine breed founders. In order to understand the ancestral dog genome organization, we designed a high density custom 720K probes NimbleGen aCGH chip based on all known dog CNV and segmental duplication and genotyped 15 wolves from 11 populations, with a wide distribution (including Europe, Asia and America), 5 dogs (Dingo, Basenji, Beagle, Boxer and Dachshund) and three outgroups (red wolf, coyote and golden jackal). The dataset analyzed in this study allow us to identify selected CNV during early dog domestication.
When a patient contract cancer, the diagnosis and the treatment options are decided based on phenotypic factor such as the primary organ and the pathology of the tumors. However, recent discoveries have shown than the molecular pathogenesis of the tumor may be a better indicator of the prognosis and the adequate therapeutical targets, underlining the need for a better understanding of the genomic characteristics of the disease. In order to solve this issue, initiatives such as TCGA have sequenced large groups of disease samples and used the size of the cohort to distinguish between driver and passenger events. We propose to adopt the same approach to analyze liquid tumors, where widespread heterogeneity within the tumor as well as between patients adds even more noise to the measurements. We will show the software infrastructure we built in order to track and analyze the samples as well as two examples of such studies. The first cohort we will discuss is a cohort of 53 patients with acute myeloid leukemia (AML). AML is the most common type of leukemia in adult, and the is still poorly understood. All these patients achieved complete remissions after standard chemotherapy and later suffered from relapse. We performed whole exome sequencing of germline tissue, primary sample as well as relapsed sample for each of these patients and will show analysis of this data compared to the knowledge that we have of the disease. The second cohort we will discuss is a cohort of 189 adult patients with B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL). B-ALL is the most common leukemic malignancy in the pediatric population but most of the knowledge that we have from the adult form of the disease is actually deduced from the childhood form. We will present here a integrated and targeted DNA/RNA sequencing solution that allowed us to extract short events (point substitutions and short insertions and deletions) as well as copy number aberrations, rearrangements and fusion events. We will use these two cases to discuss common problems that arise when analyzing genomic data as well as potential solutions."
This communication will have two distinct aims. Firstly, it is intent to introduce my work in the area of philosophy of science to the members of the Laboratory I joined last November. I will briefly present my two main research themes, namely 1° the difficulty to define a scientific object such as animal behavior, and 2° scientific reasoning in biology, as they have been introduced in the PhD thesis I defended last year (Epistémologie historique de l'étude du comportement animal). Secondly, this communication also aims to convince the audience about the relevance and the potential utility of philosophy of science for the practice of science.
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L'adolescence est caractérisée par un développement physique souvent associé à des difficultés psychologiques. La fluctuation de la glycémie en fonction des changements hormonaux, des périodes de croissance, de l'activité physique, et des émotions rend la prise en charge du diabète difficile. Par ailleurs, l'activation du système hypothalamo-hypophysaire et l'augmentation de la production d'hormone de croissance et des hormones sexuelles semblent être à l'origine d'une résistance à l'insuline à cet âge. L'insulinothérapie habituelle n'est donc pas suffisante pour contrôler la glycémie. A son tour l'hyperglycémie chronique augmente la résistance à l'insuline. L'HbA1c, dont le taux normal est < 6 %, est le reflet de l'équilibre glycémique des trois derniers mois. Les résultats d'une grande étude transversale sur les diabétiques en France (DISCO) suggèrent que seulement 15.1% des enfants ont une HbA1c < 7%. Or, l'augmentation de 1% de HbA1c augmente de 25% le risque des complications à l'âge d'adulte et les patients avec un suivi clinique irrégulier après le diagnostic font plus fréquemment des épisodes d'acidocétoses et développent une rétinopathie. Par contre, le maintien de l'HbA1c < 7% avec une prise en charge adaptée diminue l'incidence de ces complications. L'ensemble des données de la littérature suggère un meilleur contrôle des facteurs de risque chez l'enfant et l'adulte atteints de maladies chroniques par la prise en charge régulière par une infirmière par rapport à une prise en charge médicale conventionnelle qui repose essentiellement sur des consultations périodiques mais moins fréquentes du spécialiste. De plus, l'augmentation de l'incidence de diabète et la nette diminution de la démographie médicale font que les praticiens n'arrivent plus à répondre aux demandes de consultation et de suivi. Nous présentons les résultats d'un essai clinique randomisé, contrôlé, en groupes parallèles comparant deux stratégies de suivi de jeunes adolescents diabétiques de type 1 afin de montrer l'intérêt d'un accompagnement infirmier pour contrôler de façon régulière et durable le diabète des adolescents et améliorer l'acceptation du diabète et l'équilibre glycémique versus la prise en charge habituelle.
Habilitation à diriger des recherches de Nadine Bossard - mardi 10 septembre 2013 - 17h00 - Salle des Thèses 1 - Domaine Rockefeller
Thèse de Nicolas Girerd le mercredi 17 décembre 2014 à 13 h 30 - salle 109 bâtiment Quai 43 (Doua)
HDR de Ludovic Say - mardi 11 octobre 2011 - 14h00 - Salle du Conseil de l'IUT (Bât B1 - Administration GEA - terminus tram T1
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Les modèles mathématiques basés sur des systèmes d'équations différentielles ont permis des avancées majeures dans l'infection par le VIH au milieu des années 1990 notamment en quantifiant la production et la disparition du virus et des cellules infectées. Depuis des progrès ont été réalisés dans l'estimation des paramètres de ce type de modèle. Concomitamment, la prise en charge des patients infectés par le VIH avec des traitements antirétroviraux et des immuno-interventions est en constante amélioration. Nous présenterons les nouveaux développements et les applications en cours notamment pour l'optimisation des traitements antirétroviraux et le développement clinique des immuno-interventions dont l'interleukine 7.
Thèse de Sylvie CLAPPE le vendredi 14 décembre 2018 à 15 h, salle Fontannes bâtiment Darwin D (La Doua)
Evaluer le bon état des masses d'eau, évaluer les impacts des activités humaines, détecter les polluants émergents à de très faibles doses, et évaluer leurs risques sur le long terme, etc., pour faire face à ces défis, de nouvelles connaissances et des technologies innovantes sont nécessaires. La gestion durable de la ressource en eau et des milieux aquatiques impose de s'appuyer sur des recherches finalisées de haut niveau. La loi sur l'eau et les milieux aquatiques (LEMA) a confié à l'Onema une mission explicite afin de renforcer l'utilisation des connaissances scientifiques et techniques pour éclairer la conception, la mise en œuvre et le suivi des politiques publiques dans le domaine de l'eau par une expertise de haut niveau. L'Onema conduit cette mission avec ses moyens propres et en construisant des partenariats avec les organismes nationaux de recherche. A travers plusieurs exemples de projets de recherche ou d'études menés dans le cadre des conventions partenariales de l'Onema, nous verrons dans quelle mesure les résultats de la recherche appliquée le domaine de l'écotoxicologie peuvent aider à la mise en œuvre de la directive cadre sur l'eau, notamment par le soutien à des travaux permettant de mieux comprendre les phénomènes de transfert des contaminants organiques hydrophobes dans les réseaux trophiques, le soutien à des travaux sur les effets des substances chimiques sur les écosystèmes soumis à des expositions chroniques et multiples pour en tirer des marqueurs d'effets utilisables sur le terrain, etc.
Avec l'introduction des biopuces dans le domaine clinique, certains auteurs ont affrmé que les biomarqueurs issus de l'étude du transcriptome avaient de meilleures capacités prédictives que les biomarqueurs clinico-biologiques connus jusqu'à maintenant. Cependant, les deux types de variables sont dans des situations très différentes ; si la plupart des biomarqueurs cliniques ont été validés, la phase de sélection est encore pleinement d'actualité pour les biomarqueurs transcriptomiques. L'objectif de ce travail a été de quantifier l'optimisme relatif aux variables transcriptomiques d'une part, et aux clinico-biologiques classiques d'autre part, quand les deux types de variables sont introduits dans un même modèle de survie. Le R_ de Kent et O'Quigley a été utilisé à cet effet. Basé sur des simulations, ce travail a permis de montrer comment le processus de sélection introduisait un fort optimisme dans le cas des gènes.Contact : Mme Mariethé CHAUMEIL Inscription gratuite mais obligatoire avant le mardi 24 juin 2008
We consider the issue of estimating causal effects in a dynamic approach based on a multivariate stochastic process representation, which may be called the "stochastic system approach". Conditional and marginal effects can be defined. We focus on the issue of the horizon on which causal influence must be studied, in particular in ageing studies. In ageing studies, one of the most important events that we have to consider is "death". This is why the illness-death model is important in such studies. But "death" is not an event which is on the same footing as other events that can happen to subjects. Even if the vital status is part of the state, it has a very special meaning, in that all the other components of the state are defined only for a living subject. The consequence is that causal influences must be defined on a maximum horizon which is the time of death. We do not say that death has an influence on the other components of the state, but that these other components are not defined after death. For instance if we are interested in dementia, the state can be represented by a bivariate counting process counting dementia and death. However dementia is defined only for a living subject: after death the subject does not exist anymore and cannot be qualified as demented or not demented. When we investigate the causal influence of a factor, we should first look at its causal influence on death, then on its influences on other processes. Cases where a value of a modifiable factor can be preferred to another one will be given. Thus, the stochastic system approach helps clarifying the important issue of assessing causal effects in ageing studies Contact : Mme Mariethé CHAUMEIL Inscription gratuite mais obligatoire (commande sandwichs avant le lundi 16 MARS 2015 Courriel : mariethe.chaumeil@chu-lyon.fr
HDR de Jean-François LEMAITRE le lundi 10 décembre 2018 à 14 h, amphithéâtre CNRS (Villeurbanne)
Le virus Nipah (NiV) est un pathogène émergent responsable d'un nombre élevé de décès chez l'homme en Asie et a été inclus dans le système mondial d'alerte précoce de l'OMS, de l'OIE et de la FAO. Les chauves-souris du genre Pteropus sont le principal réservoir du NiV et sa transmission à l'interface chauve-souris-homme fait intervenir de nombreux facteurs écologiques, environnementaux et socio-culturels. Des approches intégrées sont donc nécessaires pour comprendre et contrôler avec succès le risque d'épidémies. De 2012 à 2016, nous avons combiné des recherches sur l'écologie des chauves-souris (phénologie reproductive, dynamique des populations et alimentation), les perceptions et les pratiques humaines (études ethnographiques et études sur les connaissances, les attitudes et les pratiques) et des études sur la circulation du NiV dans les populations de chauves-souris et humaines (surveillance du virus dans l'urine des chauves-souris et sérologie humaine) afin de mieux comprendre le risque potentiel d'émergence du NiV au Cambodge. Nos résultats suggèrent que le virus circule de façon saisonnière chez les chauves-souris mais n'ont pas révélé de transmission chez les personnes exposées. Nous avons identifié des voies de transmission potentielles vers l'homme, comme des fruits consommés par les chauves-souris et récoltés par l'homme lorsque le NiV circule. Ce qui nous permet de faire des recommandations pour limiter le risque d'émergence du NiV chez l'Homme.