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Thèse de Hai Ha LE le mercredi 4 octobre 2017 à 15 h, salle des thèses Laënnec
The organization of genes along a genome is not random. There exists various proofs of specific rearrangements such that operon for procaryote organisms.In the goal to better understand how this organization can explain the correlation between chromosomic mutation in cancer, we studied the organization of co-functional genes on the human genome (pathways, protein complexes, RNAt, etc). Using statistics, we observed significant concentrations (or dispersions) for sets of co-functioning genes. We evaluated the organization of these sets of genes through three aspects: number of chromosomes involved, genomic distance, spatial intra-chromosomic distance. This organization seems to depend on the functional category (FunCat) of each set of genes. From this results, we start to work on the evolution of these concentrations and dispersions among various species.Moreover, in order to observe some (dis)similarities between genomes, it is necessary to define realistic models and measures. We have implemented models (based of graph theory and mathematic programming) to compute in particular common adjacencies between genomes. These models take into account increasingly biologic information despite the complexity of the studied problems.
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Abstract
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Les récentes avancées biotechnologiques permettent maintenant de mesurer une énorme quantité de données biologiques de différentes sources (données génomiques, protéomiques, métabolomiques, phénotypiques), souvent caractérisées par un petit nombre d'échantillons ou d'observations. L'objectif de ce travail est de développer ou d'adapter des méthodes statistiques adéquates permettant d'analyser ces jeux de données de grande dimension, en proposant aux biologistes des outils efficaces pour sélectionner les variables les plus pertinentes. Dans un premier temps, nous nous intéressons spécifiquement aux données de transcriptome et à la sélection de gènes discriminants dans un cadre de classification supervisée. Puis, dans un autre contexte, nous cherchons à sélectionner des variables de types différents lors de la réconciliation (ou l'intégration) de deux tableaux de données omiques. Dans la première partie de ce travail, nous proposons une approche de type wrapper en agrégeant des méthodes de classification (CART, SVM) pour sélectionner des gènes discriminants une ou plusieurs conditions biologiques. Dans la deuxième partie, nous développons une approche PLS avec pénalisation lasso dite de type sparse car conduisant à un ensemble ``creux" de paramètres, permettant de sélectionner des sous-ensembles de variables conjointement mesurées sur les mêmes échantillons biologiques. Un cadre de régression, ou d'analyse canonique est proposé pour répondre spécifiquement à la question biologique. Nous évaluons chacune des approches proposées en les comparant sur de nombreux jeux de données réels à des méthodes similaires proposées dans la littérature, . Les critères statistiques usuels que nous appliquons sont souvent limités par le petit nombre d'échantillons. Par conséquent, nous nous efforçons de toujours combiner nos évaluations statistiques avec une interprétation biologique détaillée des résultats. Les approches que nous proposons sont facilement applicables et donnent des résultats très satisfaisants qui répondent aux attentes des biologistes. Mots clés : sélection de variables, classification, sparse PLS, algorithme stochastique, biologie intégrative
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Thèse de Elodie PORTANIER le jeudi 29 novembre 2018 à 14 h, salle Fontannes bâtiment Darwin D (La Doua)
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A good understanding of mammalian societies requires measuring patterns and comprehending processes of dispersal in each sex. We investigated dispersal behaviour in arvicoline rodents, a subfamily of mammals widespread in northern temperate environments and characterized by a multivoltine life cycle. We compared dispersal across and within species focusing on the effects of external (condition-dependent) and internal (phenotype-dependent) factors. Consequences for population genetic structures are discussed.Jean-Francois se propose aussi de donner dans l'après midi une intervention rapide de 30 mins sur le thème suivant où tous les personnels des sciences de l'environnement - écologie - évolution seraient conviésOuverture de la plateforme PLANAQUA et Ecotron IleDeFrance à la communauté nationale Jean-François Le Galliard, CNRS, Laboratoire Ecologie-Evolution, CEREEP-Ecotron IleDeFrance, Paris Le CEREEP-Ecotron IleDeFrance coordonne pour l'Institut Ecologie-Environnement et l'Ecole normale supérieure la construction d'une série de plateformes expérimentales dédiées à la recherche en écologie. En 2013, le centre procédera à l'ouverture nationale de deux équipements récemments installés sur site à savoir une plateforme complète de mésocosmes aquatiques et un premier ensemble d'Ecolabs, simulateurs climatiques dédiés à l'étude des écosystèmes confinés et inscrits dans la TGIR Ecotrons du CNRS. Au cours de ce bref exposé, les caractéristiques techniques de ces équipements ainsi que les procédures de dépôt des projets pour l'année 2013 seront décrites.
The "Peer Community in" project is a non-profit scientific organization aimed at creating specific communities of researchers reviewing and recommending papers in their field. These specific communities are entitled Peer Community in X, e.g. Peer Community in Evolutionary Biology, Peer Community in Microbiology.The motivation behind this project is the establishment of a high-quality, free, public system for identifying high-quality papers by a specific recommendation that would be recognized within and subsequently beyond the community, including by funding and research agencies.This project should lead to a new scientific publication system, in which papers are deposited in open and free archives, and if appropriate, reviewed and awarded a recommendation publicly guaranteeing their scientific quality. This recommendation could replace the current evaluation and editing process of scientific journals, which is very costly for research institutions.
Les derniers développements de Peer Community In. Il s'agira en particulier des PCI friendly journals (https://peercommunityin.org/pci-friendly-journals/) et du Peer Community Journal (https://peercommunityin.org/pc-journal/)