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La répartition spatiale d'une espèce est une combinaison des effets de variables environnementales et des activités humaines. Selon leur position géographique, les groupes d'individus d'une espèce sont soumis à des conditions différentes qui influencent notamment leur probabilité de présence et leur biomasse. La répartition des différents groupes d'individus et la connectivité entre ces groupes peuvent avoir une influence primordiale sur la dynamique spatiale et temporelle de la population. La modélisation des habitats potentiels relie des biomasses observées avec les facteurs environnementaux par corrélation, grâce à des modèles linéaires généralisés (GLM) ou des modèles additifs généralisés (GAM). La modélisation permet de s'affranchir de l'observation complète d'une zone d'étude en prédisant la répartition des espèces sur les zones non observées si les facteurs environnementaux sont disponibles. La répartition spatiale des biomasses peut ensuite être couplée à un modèle de cycle de vie pour estimer la dynamique de population. La carte de répartition des laminaires en mer d'Iroise sera utilisée comme exemple de modélisation des habitats potentiels en statistiques fréquentistes. Ces cartes seront utilisées pour la gestion des stocks de laminaires, espèce récoltée pour ses alginates très utilisés en cosmétique. Un point important de cette étude est de faciliter l'interprétation des résultats par les gestionnaires tout en intégrant les effets de l'incertitude de prédiction sur cette interprétation. Le modèle de cycle de vie de la sole commune en Manche Est illustrera l'intégration (1) d'un modèle de dispersion larvaire pour la distribution des larves entre les nourriceries, (2) d'un modèle d'habitat potentiel pour la répartition des juvéniles dans ces nourriceries, et (3) d'un modèle de population (non spatialisé) pour les adultes soumis à la pression de pêche, dans le cadre d'un modèle hiérarchique bayésien. Ce modèle vise notamment à comparer l'importance relative des mortalités naturelles par rapport aux mortalités d'origine anthropique (dégradation des habitats juvéniles, pêche). Il pourrait aussi être utilisé pour l'évaluation du stock.
Thèse de Youenn Drouet - Mardi 9 octobre 2012 à 14h00 - Centre Léon Bérard
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Thèse d'Elise Billoir Vendredi 26 septembre 2008 - 14h00 - Amphi de Physique nucléaire - Bât Paul Dirac
HDR - Laurent GUEGUEN le mardi 9 mai 2017 à 14 h (Amphithéâtre BU Doua)
Thèse de Romain Coulaud - Vendredi 17 février 2012 à 14h00 - Amphithéâtre Ampère - Bât Lippmann
Soutenance de thèse de Clément Boidin
Thèse de Anass Bouchnita le lundi 4 décembre 2017 à 15 h, amphithéâtre Gouy bâtiment Lippmann (La Doua)
Thèse de Henri PUSA le lundi 4 février 2019 à 13 h, salle de conférences BU (La Doua)
Thèse de Frédérique Billy - mercredi 9 décembre - 14h00- Salle des thèses - Faculté de Médecine Laennec
These de Gustavo Olivera - Vendredi 18 février 2011 - 14h00 - Salle des thèses (Faculté Laennec)
Thèse Michael PHILIPPE le vendredi 15 décembre 2017 à 14 h, médiathèque Paul Zech (Faculté de pharmacie Lyon)
These d'Arnaud Poret - Mercredi 1er juillet 2015 - 14h00 - Salle des Conférences de la Médiathèque Paul Zech - Faculté de Médecine Lyon Est
Thèse de Alice Julien-Laferrière le jeudi 8 décembre 2016 à 14 h - salle Fontannes, bâtiment Darwin D (La Doua)
Competition between organisms influences the processes governing the colonization of new habitats. As a consequence, species or populations arriving first at a suitable location may prevent secondary colonization. While adaptation to environmental variables (e.g., temperature, altitude, etc.) is essential, the presence or absence of certain species at a particular location often depends on whether or not competing species co-occur. For example, competition is thought to play an important role in structuring mammalian communities assembly. It can also explain spatial patterns of low genetic diversity following rapid colonization events or the ``progression rule'' displayed by phylogenies of species found on archipelagos. Despite the potential of competition to maintain populations in isolation, past quantitative analyses have largely ignored it because of the difficulty in designing adequate methods for assessing its impact. We present here a new model that integrates competition and dispersal into a Bayesian phylogeographic framework. Extensive simulations and analysis of real data show that our approach clearly outperforms the traditional Mantel test for detecting correlation between genetic and geographic distances. But most importantly, we demonstrate that competition can be detected with high sensitivity and specificity from the phylogenetic analysis of genetic variation in space.Joint work with L. Ranjard, D. Welch and M. Paturel.
Thèse de Vicente Acuna - vendredi 4 juin 2010 - 14h00 - Amphithéâtre du CNRS
Thèse de Thibault Gayet, le vendredi 13 juillet 2018 à 13 h 30, salle de conférence BU (Doua)
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