Showing results 5281 to 5300 on 7051 in total
Genes located in the same chromosome region share common evolutionary events more often than other genes (e.g. a segmental duplication of this region). Their evolution may also be related if they are involved in the same protein complex or biological process. Identifying co-evolving genes can thus shed light on ancestral genome structures and functional gene interactions.We devised a simple, fast and accurate probability method based on species tree-gene tree reconciliations to detect when two gene families have co-evolved. Our method observes the number and location of predicted macro-evolutionary events, and estimates the probability of having the observed number of common events by chance. Simulation studies confirm that our method effectively identifies co-evolving families. This opens numerous perspectives on genome-scale analysis where this method could be used to pinpoint co-evolving gene families and thus help to unravel ancestral genome arrangements or undocumented gene interactions.(Work in collaboration with Vincent Ranwez et Yao-ban Chan.)---------------------------------------FRENCH---------------------------------------------Detection de co-é́volution basée sur la réconciliation d'arbres phylogénétiquesEn comparaison avec des gènes situés sur des chromosomes distincts, les gènes situés dans une même région chromosomique prennent part à des évènements évolutifs communs (par exemple dans le cas d'une duplication en tandem de cette région). Leur évolution peut également être liée s'ils sont impliqués dans le même complexe de protéines ou dans le même processus biologique. Identifier des gènes qui ont co-évolué peut donc aider à mieux comprendre les structures génomiques ancestrales et les interactions fonctionnelles des gènes étudiés. Dans cette presentation nous allons decrire une méthode probabiliste basée sur la réconciliation d'arbres phylogénétiques: les macro-évènements évolutifs sont estimés avec une méthode de réconciliation; ensuite nous estimons la probabilité d'avoir le nombre d'évènements communs observés par hasard, faisant l'hypothèse forte que tous les macro-évènements évolutifs sont indépendants les uns des autres. Les simulations réalisées montrent que cette approche est prometteuse. Ce projet est issu de la collaboration avec Vincent Ranwez et Yao-ban Chan.
Bastien Boussau, Celine Scornavacca
Emilie A Hardouin, Demetra Andreou, Yahui Zhao, Pascale C Chevret, David Fletcher, J. Robert Britton, Rodolphe E Gozlan
Nicolas Bousquet, Arnaud Mary
L'évolution du vivant peut être déduite du registre fossile qui en est de facto le référentiel temporel. Les compositions en isotopes stables de leurs restes biominéralisés permettent de quantifier aussi bien des paramètres extrinsèques comme le complexe climat-environnement qu'intrinsèques comme la place d'un organisme vivant dans une chaîne trophique ou encore sa thermophysiologie. Au cours de ce séminaire quelques exemples seront abordés tels que 1) le régime alimentaire de certains oiseaux fossiles qui ont vécu au Tertiaire, 2) le statut thermophysiologique des reptiles marins géants du Mésozoïque et 3) l'évolution de la température des océans au cours de la plus grande phase de biodiversification marine du Paléozoïque.
-
John Paul Foxe, Marc Stift, Andrew Tedder, Annabelle A. Haudry, Stephen Wright, Barbara Mable
John Paul Foxe, Marc Stift, Andrew Tedder, Annabelle A. Haudry, Stephen Wright, Barbara Mable
Aïda Ouangraoua, Eric Tannier, Cedric Chauve
-
Mathieu Brevet, Nicolas Lartillot
Benoit Nabholz, Nicole Uwimana, Nicolas Lartillot
Thèse de Yoann ANSELMETTI le mercredi 29 novembre 2017 à 15 h, amphithéâtre BU (La Doua)
-
Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier
Background. Recovering the structure of ancestral genomes can be formalized in terms of properties of binary matrices such as the Consecutive-Ones Property (C1P). The Linearization Problem asks to extract, from a given binary matrix, a maximum weight subset of rows that satisfies such a property. This problem is in general intractable, and in particular if the ancestral genome is expected to contain only linear chromosomes or a unique circular chromosome. In the present work, we consider a relaxation of this problem, which allows ancestral genomes that can contain several chromosomes, each either linear or circular.Result. We show that, when restricted to binary matrices of degree two, which correspond to adjacencies, the genomic characters used in most ancestral genome reconstruction methods, this relaxed version of the Linearization Problem is polynomially solvable using a reduction to a matching problem. This result holds in the more general case where columns have bounded multiplicity, which models possibly duplicated ancestral genes. We also prove that for matrices with rows of degrees 2 and 3, without multiplicity and without weights on the rows, the problem is NP-complete, thus tracing sharp tractability boundaries. I also give a preliminary result on a method for generating these binary matrices of degree 2, i.e., a method for inferring ancestral adjacencies, and how the Linearization Problem fits into this larger context.Conclusion. As it happened for the breakpoint median problem, also used in ancestral genome reconstruction, relaxing the definition of a genome turns an intractable problem into a tractable one. The relaxation is adapted to some biological contexts, such as bacterial genomes with several replicons, possibly partially assembled. Algorithms can also be used as heuristics for hard variants. More generally, this work opens a way to better understand linearization results for ancestral genome structure inference.
Emeric Figuet, Marion Ballenghien, Nicolas Lartillot, Nicolas Galtier
Samuel Drulhe, Giancarlo Ferrari-Trecate, Hidde de Jong, Alain Viari
Céline Martin, Bruno Maureille, Romain Amiot, Alexandra Touzeau, Aurélien Royer, François Fourel, Gérard Panczer, Jean-Pierre Flandrois, Christophe Lécuyer
L. G. Halsey, Y. Handrich, B. Rey, A. Fahlman, A. J. Woakes, P. J. Butler