Soutenance de thèse de Lisa Nicvert

Analyse des patrons de composition de communautés de faune africaine à partir de données issues de pièges photographiques : identifier des réseaux de co-occurrences, explorer leur robustesse face aux modes de gestion et aux contraintes climatiques.

Composition du jury :

Marie-Pierre ETIENNE, MCU Institut Agro Rennes-Angers (rapportrice)
Elisa THÉBAULT, CR CNRS (rapportrice)
Simon CHAMAILLÉ, DR CNRS (examinateur)
Anne-Béatrice DUFOUR, MCU UCBL (examinatrice)
Stéphane DRAY, DR CNRS (directeur de thèse)
Hervé FRITZ, DR CNRS (co-directeur de thèse)

Résumé détaillé :

Les interactions entre espèces dans les communautés écologiques sont complexes. Cette complexité nécessite une diversité d'approches pour comprendre les déterminants des interactions et prédire leurs effets dans les systèmes écologiques. Cette thèse étudie plusieurs aspects des réseaux d'interactions écologiques par une approche méthodologique qui se concentre sur la description, l'évaluation et le développement de méthodes statistiques et d'outils logiciels.
Dans une première partie, j'étudie les causes de la structure des réseaux d'interactions en me concentrant sur les niches d'interactions et en utilisant la notion de concordance des traits entre espèces. Pour cela, j'utilise des méthodes de la famille de l'analyse des correspondances et j'applique et j'étends des méthodes de mise à l'échelle réciproque à l'analyse de réseaux bipartites. J'applique ces méthodes à l'analyse d'un réseau d'interactions plantes-frugivores d'une forêt de montagne péruvienne et je montre que les traits des espèces peuvent être reliés à leur largeur de niche.
Dans une deuxième partie, j'étudie les conséquences des interactions au travers de leur influence sur la répartition spatio-temporelle des espèces. Pour cela, j'utilise des processus de Hawkes multivariés pour analyser des données de pièges photographiques. J'illustre ces modèles sur cinq mammifères de la savane sud-africaine et je montre des attractions et évitements entre plusieurs de ces espèces à courte échelle spatio-temporelle.
Dans une troisième partie, je me penche sur l'analyse de données collectées par pièges photographiques. Je développe un package R pour nettoyer et standardiser ces données à l'usage du programme Snapshot Safari, ainsi qu'une application Shiny destinée à un usage plus général pour visualiser de données de façon interactive et reproductible.