COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Equipe Génétique et Evolution des Interactions
Fablet Marie
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 29 16
Près de la moitié de notre génome est composée d'éléments transposables, séquences capables de se déplacer et de se multiplier le long des chromosomes. Certaines de ces séquences, les rétrovirus endogènes, sont les vestiges d'anciennes infections virales, aujourd'hui transmises d'une génération à l'autre de la même manière que nos gènes.
Dynamique intra- et inter-espèces des éléments transposables
L'équipe s'intéresse à la dynamique de ces séquences dans les génomes des populations naturelles, à partir du modèle d'espèces jumelles Drosophila melanogaster / D. simulans. La part du génome occupée par les éléments transposables dans les populations naturelles de ces espèces est très variable, ainsi que l'activité et la régulation de ces séquences, ceci permettant une approche comparative très puissante pour la dissection des différents mécanismes impliqués.
L'une des pistes explorées pour expliquer cette variabilité concerne la régulation épigénétique de ces séquences répétées, en particulier par le biais de petits ARN interférents appelés piRNA. Nous étudions la variabilité de ce système de régulation en lien avec la variabilité du nombre de copies et de l'activité des familles d'éléments transposables, tant par des approches d'analyses de données de séquençage que par des expérimentations en laboratoire.
Epigénétique et stabilité du génome: comment l'environnement affecte la stabilité des éléments transposables
Nous étudions la stabilité du génome par le biais de la diversité des mécanismes épigénétiques impliqués dans le contrôle des éléments transposables, en conditions normales et en cas de changements environnementaux. Nous utilisons pour cela des drosophiles fraîchement échantillonnées dans des régions tempérées (France) et tropicales (Brésil), que nous soumettons à des stress environnementaux. Nous caractérisons ensuite l'abondance et l'activité des ET ainsi que la régulation épigénétique en utilisant des données de séquençage à haut débit.
Rétrovirus endogènes et immunité
Nous nous intéressons aux interactions entre les réponses immunitaires de l'hôte en cas d'infection par un arbovirus (Arthropod Borne virus) et le contrôle des ET et des rétrovirus endogènes par les voies d'ARN interférence. Nous optons pour une approche évolutive en utilisant différentes lignées naturelles de drosophile présentant une grande variabilité dans leurs ET et rétrovirus endogènes (abondance, activité, régulation par les petits ARN).
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 30 au total
Impact of Heat Stress on Transposable Element Expression and Derived Small RNAs in Drosophila subobscura
Genome Biology and Evolution . 15 ( 11 )
DOI: 10.1093/gbe/evad189
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voir la publicationA quantitative, genome-wide analysis in Drosophila reveals transposable elements’ influence on gene expression is species-specific
Genome Biology and Evolution . 15 ( 9 ) : evad160
DOI: 10.1093/gbe/evad160
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voir la publicationChimeraTE: a pipeline to detect chimeric transcripts derived from genes and transposable elements
Nucleic Acids Research . 51 ( 18 ) : 9764-9784
DOI: 10.1093/nar/gkad671
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voir la publicationHigh Stability of the Epigenome in Drosophila Interspecific Hybrids
Genome Biology and Evolution . 14 ( 2 )
DOI: 10.1093/gbe/evac024
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voir la publicationThe Worldwide Invasion of Drosophila suzukii Is Accompanied by a Large Increase of Transposable Element Load and a Small Number of Putatively Adaptive Insertions
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 10 ) : 4252-4267
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voir la publicationInfections by Transovarially Transmitted DMelSV in Drosophila Have No Impact on Ovarian Transposable Element Transcripts but Increase Their Amounts in the Soma
Genome Biology and Evolution . 13 ( 9 )
DOI: 10.1093/gbe/evab207
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voir la publicationPhenotypic and Transcriptomic Responses to Stress Differ According to Population Geography in an Invasive Species
Genome Biology and Evolution . 13 ( 9 ) : evab208
DOI: 10.1093/gbe/evab208
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voir la publicationA transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore
Cells . 9 ( 8 ) : 1776
DOI: 10.3390/cells9081776
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voir la publicationViral infection impacts transposable element transcript amounts in Drosophila
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 117 ( 22 ) : 12249-12257
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voir la publicationSyndrome de Klinefelter, rôle du chromosome Y dans l’espérance de vie humaine ?
Annales d'Endocrinologie . 81 ( 4 ) : 194
Acte de congrès
voir la publicationTransposable elements in Drosophila
Mobile DNA . 11 ( 1 )
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voir la publicationDynamic Interactions Between the Genome and an Endogenous Retrovirus: Tirant in Drosophila simulans Wild-Type Strains
G3 . 9 ( 3 ) : 855-865
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voir la publicationThe somatic piRNA pathway controls germline transposition over generations
Nucleic Acids Research . 46 ( 18 ) : 9524 - 9536
DOI: 10.1093/nar/gky761
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voir la publicationAn attempt to select non-genetic variation in resistance to starvation and reduced chill coma recovery time in Drosophila melanogaster
Journal of Experimental Biology . 221 ( 23 ) : jeb186254
DOI: 10.1242/jeb.186254
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voir la publicationTransposable Element Dynamics in an Invasive Species
Congrès National des Éléments Transposables (CNET 2018) .
Acte de congrès
voir la publicationTEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes
Nucleic Acids Research . 45 : 13
DOI: 10.1093/nar/gkw953
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voir la publicationSelf and Nonself from a Genomic Perspective: Transposable Elements
Evolutionary Biology: Self/Nonself Evolution, Species and Complex Traits Evolution, Methods and Concepts . 2 ( 5 ) : 111-128
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationVariable expression levels detected in the Drosophila effectors of piRNA biogenesis
Gene . 537 ( 1 ) : 149-153
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voir la publicationHost Control of Insect Endogenous Retroviruses: Small RNA Silencing and Immune Response
Viruses . 6 : 4447-4464
DOI: 10.3390/v6114447
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voir la publicationMaternally deposited germline piRNAs silence the tirant retrotransposon in somatic cells
EMBO Reports . 14 ( 5 ) : 458-64
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voir la publicationA comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans.
Journal of Environmental Radioactivity . 113 : 83-86
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voir la publicationtirant, a newly discovered active endogenous retrovirus in Drosophila simulans.
Journal of Virology . 86 ( 7 ) : 3675-3681
DOI: 10.1128/JVI.07146-11
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voir la publicationEvolvability, epigenetics and transposable elements
Biomolecular concepts . 2 : 333-341
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voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila
FASEB Journal . 23 : 54-62
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voir la publicationInfra- and Transspecific Clues to Understanding the Dynamics of Transposable Elements
genome dyn stab . -- : 115-123
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voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila.
FASEB Journal . 23 ( 5 ) : 1482-9
DOI: 10.1096/fj.08-123513
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voir la publicationEvolutionary Origin and Functions of Retrogene Introns
Molecular Biology and Evolution . 26(9) : 2147-2156
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voir la publicationThe evolution of retrotransposon regulatory regions and its consequences on the Drosophila melanogaster and Homo sapiens host genomes
Gene . 390 ( 1-2 ) : 84-91
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voir la publicationEvolutionary Pathways of the tirant LTR Retrotransposon in the Drosophila melanogaster Subgroup of Species
Journal of Molecular Evolution . 64 : 438-447
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voir la publicationOngoing loss of the tirant transposable element in natural populations of Drosophila simulans
Gene . 375 : 54-62
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