Equipe Génétique et Evolution des Interactions

Membres

Les systèmes vivants sont constitués d’une multitude de niveaux d'organisation imbriqués, impliquant coopération et conflits. La coopération et la sélection de systèmes fonctionnant de manière coordonnée a permis des transitions évolutives dites “majeures”, vers de nouvelles échelles d'individualité, comme la cellule eucaryote. Néanmoins, la sélection naturelle continue à opérer à toutes les échelles, générant de possibles conflits évolutifs entre les différentes composantes de l’individu.

Nos recherches s’inscrivent dans cette perspective, et visent à mieux comprendre la nature et les implications évolutives des interactions entre les multiples composantes des organismes, du gène aux bactéries symbiotiques, en passant par les virus et les éléments transposables. Nous explorons également l’impact de ces interactions sur la dynamique de l’information génétique, à travers le transfert horizontal, ou sur l’innovation génétique et l’adaptation, à travers la domestication. Nos recherches, essentiellement expérimentales, mais également théoriques, sont mises en œuvre sur des modèles arthropodes, et relèvent principalement de la génétique et la génomique évolutive.

Ces interactions sont abordées dans l’équipe à différentes échelles :

  • Interactions entre loci au sein des génomes (intra-génomique) (CV, MF, MB), à travers la dynamique évolutive des éléments transposables, étudiée dans les populations naturelles de Drosophila melanogaster et D. simulans, ainsi que des espèces d’intérêt agronomique ou sociétal, telles que l’espèce envahissante D. suzukii ou le moustique tigre Aedes albopictus.
  • Interactions et co-évolution entre hôtes eucaryotes et symbiotes bactériens manipulant sa reproduction ou apportant des capacités métaboliques dont l’insecte hôte est dépourvu (LM, NK, FV, LZ). Nous analysons ces interactions chez des insectes hématophages (la punaise de lit, Cimex lectularius) et phytophages (l’aleurode Bemisia tabaci et la drosophile D. suzukii) par des approches combinant génétique, physiologie et métabolomique.
  • Interactions entre les organismes (simples ou composites) et leurs environnements biotiques ou abiotiques (NK, LZ, MB, LM, FV, JMD, JV, MF). Par exemple, l’impact immuno-régulateur des symbiotes bactériens et des éléments transposables est évalué dans des contextes d’infection par des virus pathogènes. Ces recherches reposent entre autres sur des expériences d’évolution expérimentale de populations de drosophiles et de transcriptomique. L’impact des insecticides ou de stress oxydants est également étudié sur différents modèles (drosophiles, parasitoïdes, punaise de lit).
  • Interactions entre organismes ou consortium d’organismes à l’échelle des communautés (JV, MB, SC), notamment chez des insectes parasitoïdes ayant domestiqué des gènes viraux, leur permettant de contourner les réponses immunitaires de leurs hôtes. Nous étudions la fréquence et les implications adaptatives de ces événements et, recherchons plus généralement les facteurs structurant les transferts horizontaux dans les communautés hôtes-parasitoïdes.

Publications

Affichage des publications 1 à 30 sur 358 au total

DROP: Molecular voucher database for identification of Drosophila parasitoids

Chia-Hua Lue, Matthew Buffington, Sonja Scheffer, Matthew Lewis, Tyler Elliott, Amelia Lindsey...

Molecular Ecology Resources .

DOI: 10.1111/1755-0998.13435

Articles

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The worldwide invasion of Drosophila suzukii is accompanied by a large increase of transposable element load and a small number of putatively adaptive insertions

Vincent Mérel, Patricia Gibert, Inessa Buch, Valentina Rodriguez Rada, Arnaud Estoup, Mathieu Gautier...

Molecular Biology and Evolution .

DOI: 10.1093/molbev/msab155

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Wolbachia load variation in Drosophila is more likely caused by drift than by host genetic factors

Alexis Bénard, Hélène Henri, Camille Noûs, Fabrice Vavre, Natacha Kremer

Peer Community in Evolutionary Biology .

DOI: 10.1101/2020.11.29.402545

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Chromosomal scale assembly of parasitic wasp genome reveals symbiotic virus colonization

Jérémy Gauthier, Hélène Boulain, Joke van Vugt, Lyam Baudry, Emma Persyn, Jean-Marc Aury...

Communications Biology . 4 ( 1 )

DOI: 10.1038/s42003-020-01623-8

Articles

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L’épistémologie des sciences biologiques et géologiques : une occasion d’enseigner l’incertitude ?

Fabienne Paulin, Sylvain Charlat

Raisons éducatives . N°24

DOI: 10.3917/raised.024.0101

Articles

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Wolbachia host shifts: routes, mechanisms, constraints and evolutionary consequences

Ehsan Sanaei, Sylvain Charlat, Jan Engelstädter

Biological Reviews .

DOI: 10.1111/brv.12663

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Superparasitism by a parasitoid wasp: The absence of sublethal effects from the neonicotinoid insecticide imidacloprid enlightens the specificity of the cholinergic pathway involved

Jean-Marie Delpuech

Ecotoxicology and Environmental Safety . 201

DOI: 10.1016/j.ecoenv.2020.110809

Articles

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How consistent is RAD‐seq divergence with DNA‐barcode based clustering in insects?

Marie Cariou, Hélène Henri, Sonia Martinez, Laurent Duret, Sylvain Charlat

Molecular Ecology Resources . 20 ( 5 ) : 1294-1298

DOI: 10.1111/1755-0998.13178

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Genomic analysis of European Drosophila melanogaster populations reveals longitudinal structure, continent-wide selection, and previously unknown DNA viruses

Martin Kapun, Maite Barrón, Fabian Staubach, Darren Obbard, R Axel W. Wiberg, Jorge Vieira...

Molecular Biology and Evolution .

Articles

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Experimental evolution of virulence and associated traits in a Drosophila melanogaster - Wolbachia symbiosis

David Monnin, Natacha Kremer, Caroline Michaud, Manon Villa, Hélène Henri, Emmanuel Desouhant...

Peer Community in Evolutionary Biology .

Articles

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Superparasitism by a parasitoid wasp: The absence of sublethal effects from the neonicotinoid insecticide imidacloprid enlightens the specificity of the cholinergic pathway involved

Jean-Marie Delpuech

Ecotoxicology and Environmental Safety . 201 : 110809

DOI: 10.1016/j.ecoenv.2020.110809

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Endosymbiont diversity in natural populations of Tetranychus mites is rapidly lost under laboratory conditions

Flore Zélé, Inês Santos, Margarida Matos, Mylène Weill, Fabrice Vavre, Sara Magalhaes

Heredity . 124 ( 4 ) : 603-617

DOI: 10.1038/s41437-020-0297-9

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Genomic Analysis of European Drosophila melanogaster Populations Reveals Longitudinal Structure, Continent-Wide Selection, and Previously Unknown DNA Viruses

Martin Kapun, Maite Barrón, Fabian Staubach, Darren Obbard, R Axel W Wiberg, Jorge Vieira...

Molecular Biology and Evolution . 37 ( 9 ) : 2661-2678

DOI: 10.1093/molbev/msaa120

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Homology-Free Detection of Transposable Elements Unveils Their Dynamics in Three Ecologically Distinct Rhodnius Species

Marcelo Castro, Clément Goubert, Fernando Monteiro, Cristina Vieira, Claudia Carareto

Genes . 11 ( 2 ) : 170

DOI: 10.3390/genes11020170

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A transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore

Mohamed Mourdas, Nguyet Dang, Yuki Ogyama, Nelly Burlet, Bruno Mugat, Matthieu Boulesteix...

Cells .

DOI: 10.3390/cells9081776

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Combining sterile and incompatible insect techniques for the population suppression of Drosophila suzukii

K. Nikolouli, F. Sassù, L. Mouton, C. Stauffer, K. Bourtzis

Journal of Pest Science . 93 ( 2 ) : 647 - 661

DOI: 10.1007/s10340-020-01199-6

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A behavior-manipulating virus relative as a source of adaptive genes for Drosophila parasitoids

D Di Giovanni, D. Lepetit, B Guinet, B Bennetot, M. Boulesteix, Yohann Couté...

Molecular Biology and Evolution . 37 ( 10 ) : 2791-2807

DOI: 10.1093/molbev/msaa030

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L'enseignement de l'évolution : redonner une place à l'épistémologie des sciences historiques

Fabienne Paulin, Sylvain Charlat, Eric Triquet

RDST - Recherches en didactique des sciences et des technologies .

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Symbiotic organs shaped by distinct modes of genome evolution in cephalopods

Mahdi Belcaid, Giorgio Casaburi, Sarah Mcanulty, Hannah Schmidbaur, Andrea Suria, Silvia Moriano-Gutierrez...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America .

DOI: 10.1073/pnas.1817322116

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On the Importance to Acknowledge Transposable Elements in Epigenomic Analyses

Emmanuelle Lerat, Josep Casacuberta, Cristian Chaparro, Cristina Vieira

Genes . 10 ( 4 ) : 258

DOI: 10.3390/genes10040258

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Biological Invasion: The Influence of the Hidden Side of the (Epi)Genome

Pierre Marin, Julien Genitoni, Dominique Barloy, Stéphane Maury, Patricia Gibert, Cameron Ghalambor...

Functional Ecology . 34 ( 2 ) : 385-400

DOI: 10.1111/1365-2435.13317

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(In)exhaustible Suppliers for Evolution? Epistatic Selection Tunes the Adaptive Potential of Nongenetic Inheritance

Etienne Rajon, Sylvain Charlat

American Naturalist . 194 ( 4 ) : 470-481

DOI: 10.1086/704772

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Caution Does Not Preclude Predictive and Testable Models of Cytoplasmic Incompatibility: A Reply to Shropshire et al.

Manon Bonneau, Hongli Chen, Mark Hochstrasser, Mylene Weill, Mathieu Sicard, Sylvain Charlat

Trends in Genetics . 35 ( 6 ) : 399-400

DOI: 10.1016/j.tig.2019.03.002

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Widespread Wolbachia infection in an insular radiation of damselflies (odonata, coenagrionidae)

M Lorenzo-Carballa, Y Torres-Cambas, K Heaton, G Hurst, S. Charlat, H Gossum...

Scientific Reports .

DOI: 10.1038/s41598-019-47954-3

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Categorization of species as native or nonnative using DNA sequence signatures without a complete reference library

Jeremy Andersen, Peter Oboyski, Neil Davies, Sylvain Charlat, Curtis Ewing, Christopher Meyer...

Ecological Applications . 29

DOI: 10.1002/eap.1914

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The Toxin–Antidote Model of Cytoplasmic Incompatibility: Genetics and Evolutionary Implications

John Beckmann, Manon Bonneau, Hongli Chen, Mark Hochstrasser, Denis Poinsot, Mylene Weill...

Trends in Genetics . 35 ( 3 ) : 175-185

DOI: 10.1016/j.tig.2018.12.004

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Dynamic Interactions Between the Genome and an Endogenous Retrovirus: Tirant in Drosophila simulans Wild-Type Strains

Marie Fablet, Angelo Jacquet, Rita Rebollo, Annabelle Haudry, Carine Rey, Judit Salces-Ortiz...

G3 . 9 ( 3 ) : 855-865

DOI: 10.1534/g3.118.200789

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Global survey of mobile DNA horizontal transfer in arthropods reveals Lepidoptera as a prime hotspot

Daphné Reiss, Gladys Mialdea, Vincent Miele, Damien M. de Vienne, Jean Peccoud, Clément Gilbert...

PLoS Genetics . 15 ( 2 ) : e1007965

DOI: 10.1371/journal.pgen.1007965

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