COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Equipe Génétique et Evolution des Interactions
Vieira-Heddi Cristina
Professeure des universités
UCBL
Actualités
Thématique générale
La thématique générale de mon travail concerne l’analyse de l’impact évolutif des ET sur les génomes, conduite avec une approche populationnelle, génétique et bioinformatique. Le projet de recherche développé plus récemment a intégré le rôle des mécanismes épigénétiques dans les régulations géniques mais aussi les aspects espèces envahissantes et adaptation rapide.
Eléments transposables et espèces envahissantes
Au cours des dernières années, nous avons montré que la dynamique d’invasion des ET était liée aux variations de taille de génome, et nous avons montré une association entre la taille du génome et la quantité d’ET, mais aussi une association entre cette variation et l’histoire de colonisation des espèces. Ces résultats posent la question de l’impact évolutif des ET dans les processus de colonisation. Ainsi, un projet sur le lien entre les ET et les espèces envahissantes a vu le jour, avec deux espèces modèles : Aedes albopictus et Drosophila suzukii. L’objectif est de faire la part entre les bases génétiques de l’adaptation et la plasticité phénotypique. Chez A. albopictus, espèce d’origine asiatique qui a envahie l’Europe et l’Amérique ces dernières années, nous avons démontré l’efficacité de l’utilisation des ET comme des marqueurs pour l’identification des régions du génome sous sélection et nous avons identifié plusieurs locus à haute fréquence dans les populations européennes. Ces locus ont pu être associés à des gènes candidats, comme les gènes impliqués dans la diapause dans les régions tempérées. D. suzukii est, quant à elle, une espèce de Drosophile capable de pondre des œufs dans des fruits sains et matures, ceci grâce à un ovipositeur extrêmement efficace. D. suzukii est aussi une espèce asiatique ayant envahie l’Europe et l’Amérique dès le début des années 2000. Elle est la cause d’importants dommages agronomiques et économiques puisque les fruits infectés (en particulier les fruits rouges) deviennent impropres à la commercialisation et consommation. Parmi les hypothèses proposées pour expliquer le succès de cette invasion, la plasticité phénotypique nous a particulièrement intéressé. La plasticité phénotypique peut expliquer la mise en place de phénotypes rapidement adaptés à différentes contraintes environnementales, sans pour autant avoir besoin de diversité génétique. Nous avons ainsi obtenu en 2016 un projet ANR (projet SWING, porteur Patricia Gibert, LBBE), ainsi qu‘un projet régional (Rovaltin, EpiRIP) qui devrait nous permettre de distinguer ces deux sources d’adaptation, mais aussi de tester l’hypothèse d’une invasion des génomes par les ET lors du processus d’invasion
Eléments transposables et stabilité des génomes
Les ET représentent une force évolutive remarquable, essentiellement par la rapidité de la transposition et par leur effet indirect sur les génomes hôtes (changement de l’épigénome). Les effets de l’environnement sur la mobilité des ET sont connus depuis longtemps, et les avancées scientifiques de ces dernières années ont permis de comprendre l’implication des processus épigénétiques. Je porte un intérêt particulier aux effets de divers facteurs de l'environnement sur les différentes composantes de cette régulation (financement de la Fondation pour la Recherche Médicale, 2014). Par ailleurs, nous savons que lors du croisement entre espèces différentes, ou souches différentes, on peut observer une mobilisation des ET. Par contre, nous ne connaissons pas dans quelle mesure les ET peuvent être impliqués dans les premières phases du processus de spéciation (ANR Exhyb). Ce volet de recherche est développé en collaboration avec les collègues brésiliennes et espagnoles. Nous avons pu montrer que le degré de mobilisation des ET lors des croisements interspécifiques n’est pas une généralité, et dépend du degré de divergence des protéines impliquées dans la biogènes des petits ARN.
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 109 au total
The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae
Pré-publication
voir la publicationEpigenetics and genotypic variation
On Epigenetics and Evolution . : 119-151
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Peer Community Journal . 4 ( e89 )
Article dans une revue
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
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voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
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voir la publicationA comprehensive evolutionary scenario for the origin and neofunctionalization of the Drosophila speciation gene Odysseus (OdsH)
G3 . 14 ( 3 ) : jkad299
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voir la publicationImpact of Heat Stress on Transposable Element Expression and Derived Small RNAs in Drosophila subobscura
Genome Biology and Evolution . 15 ( 11 ) : evad189
DOI: 10.1093/gbe/evad189
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voir la publicationA quantitative, genome-wide analysis in Drosophila reveals transposable elements’ influence on gene expression is species-specific
Genome Biology and Evolution . 15 ( 9 ) : evad160
DOI: 10.1093/gbe/evad160
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voir la publicationChimeraTE: a pipeline to detect chimeric transcripts derived from genes and transposable elements
Nucleic Acids Research . 51 ( 18 ) : 9764-9784
DOI: 10.1093/nar/gkad671
Article dans une revue
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
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voir la publicationSex differences in adult lifespan and aging rate across mammals: A test of the ‘Mother Curse hypothesis’
Mechanisms of Ageing and Development . 212 : 111799
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voir la publicationEfficient compartmentalization in insect bacteriomes protects symbiotic bacteria from host immune system
Microbiome . 10 ( 1 ) : 156
Article dans une revue
voir la publicationHigh-throughput genomics and transcriptomics to decipher host-symbiont molecular dialogue in the cereal weevil Sitophilus oryzae andSodalis pierantonius endosymbiotic association
ISS 2022 - 10th Congress of the International Symbiosis Society .
Poster
voir la publicationSex‐related differences in aging rate are associated with sex chromosome system in amphibians
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 76 ( 2 ) : 346-356
DOI: 10.1111/evo.14410
Article dans une revue
voir la publicationHigh Stability of the Epigenome in Drosophila Interspecific Hybrids
Genome Biology and Evolution . 14 ( 2 )
DOI: 10.1093/gbe/evac024
Article dans une revue
voir la publicationThe discovery, distribution and diversity of DNA viruses associated with Drosophila melanogaster in Europe
Virus Evolution . 7 ( 1 ) : veab031
DOI: 10.1093/ve/veab031
Article dans une revue
voir la publicationThe Worldwide Invasion of Drosophila suzukii Is Accompanied by a Large Increase of Transposable Element Load and a Small Number of Putatively Adaptive Insertions
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 10 ) : 4252-4267
Article dans une revue
voir la publicationThe genome of the cereal pest Sitophilus oryzae : a transposable element haven
Pré-publication
voir la publicationTransposable Element Expression and Regulation Profile in Gonads of Interspecific Hybrids of Drosophila arizonae and Drosophila mojavensis wrigleyi
Cells . 10 ( 12 ) : 3574
Article dans une revue
voir la publicationPhenotypic and Transcriptomic Responses to Stress Differ According to Population Geography in an Invasive Species
Genome Biology and Evolution . 13 ( 9 ) : evab208
DOI: 10.1093/gbe/evab208
Article dans une revue
voir la publicationThe transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae
BMC Biology . 19 ( 1 ) : 241
Article dans une revue
voir la publicationGenomic Analysis of European Drosophila melanogaster Populations Reveals Longitudinal Structure, Continent-Wide Selection, and Previously Unknown DNA Viruses
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 9 ) : 2661-2678
Article dans une revue
voir la publicationHomology-Free Detection of Transposable Elements Unveils Their Dynamics in Three Ecologically Distinct Rhodnius Species
Genes . 11 ( 2 ) : 170
Article dans une revue
voir la publicationY chromosome makes fruit flies die younger
Peer Community In Evolutionary Biology . : 100105
Autre publication
voir la publicationA transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore
Cells . 9 ( 8 ) : 1776
DOI: 10.3390/cells9081776
Article dans une revue
voir la publicationSyndrome de Klinefelter, rôle du chromosome Y dans l’espérance de vie humaine ?
36ème Congrès de la Société Française d'Endocrinologie (SFE Marseille 2020) . 81 ( 4 ) : 194
Acte de congrès
voir la publicationDrosophila suzukii oxidative stress response involves Jheh gene cluster but not transposable elements
Pré-publication
voir la publicationBiological Invasion: The Influence of the Hidden Side of the (Epi)Genome
Functional Ecology . 34 ( 2 ) : 385-400
Article dans une revue
voir la publicationTransposable elements in Drosophila
Mobile DNA . 11 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationOn the Importance to Acknowledge Transposable Elements in Epigenomic Analyses
Genes . 10 ( 4 ) : 258
Article dans une revue
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