Equipe Génétique et Evolution des Interactions

Membres

Les systèmes vivants sont constitués d’une multitude de niveaux d'organisation imbriqués, impliquant coopération et conflits. La coopération et la sélection de systèmes fonctionnant de manière coordonnée a permis des transitions évolutives dites “majeures”, vers de nouvelles échelles d'individualité, comme la cellule eucaryote. Néanmoins, la sélection naturelle continue à opérer à toutes les échelles, générant de possibles conflits évolutifs entre les différentes composantes de l’individu.

Nos recherches s’inscrivent dans cette perspective, et visent à mieux comprendre la nature et les implications évolutives des interactions entre les multiples composantes des organismes, du gène aux bactéries symbiotiques, en passant par les virus et les éléments transposables. Nous explorons également l’impact de ces interactions sur la dynamique de l’information génétique, à travers le transfert horizontal, ou sur l’innovation génétique et l’adaptation, à travers la domestication. Nos recherches, essentiellement expérimentales, mais également théoriques, sont mises en œuvre sur des modèles arthropodes, et relèvent principalement de la génétique et la génomique évolutive.

L'équipe est structurée en deux grands axes:

  • Interactions intra-génomiques : les éléments transposables (resp. Marie Fablet)
    • Ex1: La dynamique évolutive des éléments transposables (ET) dans les génomes, en lien avec leur variabilité naturelle. Nous utilisons pour modèles des populations naturelles de Drosophila melanogaster et D. simulans, ainsi que des espèces d’intérêt agronomique ou sociétal, telles que l’espèce envahissante D. suzukii ou le moustique tigre Aedes albopictus.
    • Ex2: Les interactions entre le contrôle des ET et l’immunité anti-virale. Nous étudions les mécanismes moléculaires d’interférence ARN à l’origine de l’intrication de ces deux processus, ainsi que les implications co-évolutives, à l’aide d’infections expérimentales de différents virus sur plusieurs lignées de drosophiles.
    • Personnes impliquées : CV, MB, MF
  • La symbiose, moteur de l’évolution (resp. Natacha Kremer)
    • Ex1: Certaines bactéries symbiotiques apportent des capacités métaboliques dont l’insecte est dépourvu. Nous analysons ces interactions chez des insectes hématophages (punaise de lits, tiques) et phytophages (l’aleurode Bemisia tabaci) par des approches combinant analyse des phénotypes, génétique, physiologie et métabolomique.
    • Ex2: Les insectes parasitoïdes ont domestiqué des gènes viraux leur permettant de contourner les réponses immunitaire de leurs hôtes. Nous étudions la fréquence et la signification adaptative de ces évènements et, plus généralement, nous recherchons les facteurs structurant les transferts horizontaux dans les communautés hôtes-parasitoïdes.
    • Personnes impliquées : NK, LM, LZ, JMD, JV, FV, SC

 

 

 

 

Publications

Affichage des publications 121 à 150 sur 460 au total

Influence of symbionts on their host niche and partner's choice

Sylvain Benhamou, Emmanuel Desouhant, Fabrice Vavre, Federica Calevro, Laurence Mouton

2nd annual meeting of Japan-France Plant-Insect-Symbiont Interaction network (PISI-net) .

Acte de congrès

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Study of insect-bacteria symbiotic interactions by dual RNAseq

Natacha Kremer, Mariana G. Ferrarini, Hélène Henri, Sandrine Hughes, Benjamin Gillet, Diego Santos-Garcia...

Journée Transcriptomique Complexe des GDR GE et BIM .

Acte de congrès

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Transposable element dynamics in Sitophilus oryzae

Clément Goubert, Mariana G. Ferrarini, Agnès Vallier, Nicolas Parisot, Matthieu Boulesteix, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos...

Auvergne Rhône-Alpes Regional Workshop on Microbiome .

Poster

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Sublethal effects from endosulfan on parasitization by the parasitoid wasp Leptopilina boulardi and specificity of nervous pathways involved

Jean-Marie Delpuech

Pest Management Science . 75 ( 5 ) : 1411-1415

DOI: 10.1002/ps.5261

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Global survey of mobile DNA horizontal transfer in arthropods reveals Lepidoptera as a prime hotspot

Daphné Reiss, Gladys Mialdea, Vincent Miele, Damien M. de Vienne, Jean Peccoud, Clément Gilbert...

PLoS Genetics . 15 ( 2 ) : e1007965

DOI: 10.1371/journal.pgen.1007965

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L'enseignement de l'évolution : redonner une place à l'épistémologie des sciences historiques

Fabienne Paulin, Sylvain Charlat, Eric Triquet

RDST - Recherches en didactique des sciences et des technologies .

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On the Importance to Acknowledge Transposable Elements in Epigenomic Analyses

Emmanuelle Lerat, Josep Casacuberta, Cristian Chaparro, Cristina Vieira

Genes . 10 ( 4 ) : 258

DOI: 10.3390/genes10040258

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Symbiotic organs shaped by distinct modes of genome evolution in cephalopods

Mahdi Belcaid, Giorgio Casaburi, Sarah J Mcanulty, Hannah Schmidbaur, Andrea M Suria, Silvia Moriano-Gutierrez...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America .

DOI: 10.1073/pnas.1817322116

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Dynamic Interactions Between the Genome and an Endogenous Retrovirus: Tirant in Drosophila simulans Wild-Type Strains

Marie Fablet, Angelo Jacquet, Rita Rebollo, Annabelle A. Haudry, Carine Rey, Judit Salces-Ortiz...

G3 . 9 ( 3 ) : 855-865

DOI: 10.1534/g3.118.200789

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(In)exhaustible Suppliers for Evolution? Epistatic Selection Tunes the Adaptive Potential of Nongenetic Inheritance

Etienne Rajon, Sylvain Charlat

The American Naturalist . 194 ( 4 ) : 470-481

DOI: 10.1086/704772

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Caution Does Not Preclude Predictive and Testable Models of Cytoplasmic Incompatibility: A Reply to Shropshire et al.

John F. Beckmann, Manon Bonneau, Hongli Chen, Mark Hochstrasser, Denis Poinsot, Hervé Merçot...

Trends in Genetics . 35 ( 6 ) : 399-400

DOI: 10.1016/j.tig.2019.03.002

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Categorization of species as native or nonnative using DNA sequence signatures without a complete reference library

Jeremy C Andersen, Peter Oboyski, Neil Davies, Sylvain Charlat, Curtis Ewing, Christopher Meyer...

Ecological Applications . 29

DOI: 10.1002/eap.1914

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The Toxin–Antidote Model of Cytoplasmic Incompatibility: Genetics and Evolutionary Implications

John Beckmann, Manon Bonneau, Hongli Chen, Mark Hochstrasser, Denis Poinsot, Mylene Weill...

Trends in Genetics . 35 ( 3 ) : 175-185

DOI: 10.1016/j.tig.2018.12.004

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Widespread Wolbachia infection in an insular radiation of damselflies (odonata, coenagrionidae)

M O Lorenzo-Carballa, Y Torres-Cambas, K Heaton, G D D Hurst, S. Charlat, H Van Gossum...

Scientific Reports .

DOI: 10.1038/s41598-019-47954-3

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Tick-Bacteria Mutualism Depends on B Vitamin Synthesis Pathways

Olivier Duron, Olivier Morel, Valérie Noël, Marie Buysse, Florian Binetruy, Renaud Lancelot...

Current Biology . 28 ( 12 ) : 1896 - 1902.e5

DOI: 10.1016/j.cub.2018.04.038

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Cancer Is Not (Only) a Senescence Problem

Frédéric Thomas, Fabrice Vavre, Tazzio Tissot, Marion Vittecoq, Mathieu Giraudeau, Florence Bernex...

Trends in Cancer . 4 ( 3 ) : 169 - 172

DOI: 10.1016/j.trecan.2018.01.002

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Abundance of Bemisia tabaci Gennadius (Hemiptera: Aleyrodidae) and its parasitoids on vegetables and cassava plants in Burkina Faso (West Africa)

Rahim Romba, Olivier Gnankine, Samuel Fogné Drabo, Fidèle Tiendrébéogo, Hélène Henri, Laurence Mouton...

Ecology and Evolution . 8 ( 12 ) : 6091-6103

DOI: 10.1002/ece3.4078

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Back and forth Wolbachia transfers reveal efficient strains to control spotted wing drosophila populations

Julien Cattel, Katerina Nikolouli, Thibault Andrieux, Julien Martinez, Francis Jiggins, Sylvain Charlat...

Journal of Applied Ecology . 55 ( 5 ) : 2408-2418

DOI: 10.1111/1365-2664.13101

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The somatic piRNA pathway controls germline transposition over generations

Bridlin Barckmann, Marianne El-Barouk, Alain Pélisson, Bruno Mugat, Blaise Maxime Li, Céline Franckhauser...

Nucleic Acids Research . 46 ( 18 ) : 9524 - 9536

DOI: 10.1093/nar/gky761

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Comparing 16S rDNA amplicon sequencing and hybridization capture for pea aphid microbiota diversity analysis

Marie Cariou, Céline Ribière, Stéphanie Morliere, Jean-Pierre Gauthier, Jean-Christophe Simon, Pierre Peyret...

BMC Research Notes . 11 ( 1 ) : 461

DOI: 10.1186/s13104-018-3559-3

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Flower flies (Diptera, Syrphidae) of French Polynesia, with the description of two new species

Thibault Ramage, Sylvain Charlat, Ximo Mengual

European Journal of Taxonomy . ( 448 ) : 1-37

DOI: 10.5852/ejt.2018.448

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Population specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations

Emmanuelle Lerat, Clément Goubert, Sara Guirao-Rico, Miriam Merenciano, Anne-Béatrice Dufour, Cristina Vieira...

Molecular Ecology . : 1-17

DOI: 10.1111/mec.14963

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Stress affects the epigenetic marks added by natural transposable element insertions in Drosophila melanogaster

Lain Guio, Cristina Vieira, Josefa González

Scientific Reports . 8 ( 1 ) : 1-10

DOI: 10.1038/s41598-018-30491-w

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Involvement of a host Cathepsin L in symbiont-induced cell death

Suzanne Peyer, Natacha Kremer, Margaret Mcfall-Ngai

MicrobiologyOpen . 7 ( 5 )

DOI: 10.1002/mbo3.632

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A behavior-manipulating virus relative as a source of adaptive genes for parasitoid wasps

Deborah Di Giovanni, D. Lepetit, Matthieu Boulesteix, Marc Ravallec, Julien Varaldi

Pré-publication

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Deciphering the behaviour manipulation imposed by a virus on its parasitoid host: insights from a dual transcriptomic approach

Julien Varaldi, David Lepetit

Parasitology . 145 ( 14 ) : 1979-1989

DOI: 10.1017/S0031182018000835

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Impact of pest management practices on the frequency of insecticide resistance alleles in Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) populations in three countries of West Africa

Olivier Gnankine, Omer Hema, Moussa Namountougou, Laurence Mouton, Fabrice Vavre

Crop Protection . 104 : 86 - 91

DOI: 10.1016/j.cropro.2017.10.020

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Modeling trophic dependencies and exchanges among insects’ bacterial symbionts in a host-simulated environment

Itai Opatovsky, Diego Santos-Garcia, Zhepu Ruan, Tamar Lahav, Shany Ofaim, Laurence Mouton...

BMC Genomics . 19 : 402

DOI: 10.1186/s12864-018-4786-7

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Sterile insect technique and Wolbachia symbiosis as potential tools for the control of the invasive species Drosophila suzukii

Katerina Nikolouli, Hervé Colinet, D Renault, Thomas Enriquez, Laurence Mouton, Patricia Gibert...

Journal of Pest Science . 91 ( 2 ) : 489-503

DOI: 10.1007/s10340-017-0944-y

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An attempt to select non-genetic variation in resistance to starvation and reduced chill coma recovery time in Drosophila melanogaster

Bianca Menezes, Judit Salces-Ortiz, Héloise Muller, Nelly Burlet, Sonia Martinez, Marie Fablet...

Journal of Experimental Biology . 221 ( 23 ) : jeb186254

DOI: 10.1242/jeb.186254

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