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Calculs d’inférence dans les arbres phylogénétiques
Modèles et méthodes pour l’évolution biologique . 9781789480696 : 177-202
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voir la publicationDistinct evolutionary trajectories of SARS-CoV-2-interacting proteins in bats and primates identify important host determinants of COVID-19
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 119 ( 35 )
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voir la publicationExtreme mitochondrial DNA divergence underlies genetic conflict over sex determination
Current Biology - CB . 32 ( 10 ) : 2325-2333.e6
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voir la publicationComparison of developmental genome expression in rodent molars reveals extensive developmental system drift
Pré-publication
voir la publicationA Codon Model for Associating Phenotypic Traits with Altered Selective Patterns of Sequence Evolution
Systematic Biology . 70 ( 3 ) : 608-622
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voir la publicationAncestral Genome Organization as a Diagnosis Tool for Phylogenomics
Phylogenetics in the Genomic Era . : 2.5:1--2.5:19
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voir la publicationTreerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Bioinformatics . 36 ( 18 ) : 4822-4824
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voir la publicationDGINN, an automated and highly-flexible pipeline for the detection of genetic innovations on protein-coding genes
Nucleic Acids Research . 48 ( 18 ) : e103-e103
DOI: 10.1093/nar/gkaa680
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voir la publicationGC-biased gene conversion conceals the prediction of the nearly neutral theory in avian genomes
Genome Biology . 20 ( 1 )
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voir la publicationDetecting adaptive convergent amino acid evolution
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 374 ( 1777 ) : 1-11
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voir la publicationUnbiased Estimate of Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates with Nonstationary Base Composition
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 3 ) : 734-742
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voir la publicationLife History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 12 ) : 2900-2912
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voir la publicationMareyMap online: A user-friendly web application and database service for estimating recombination rates using physical and genetic maps
Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2506-2509
DOI: 10.1093/gbe/evx178
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voir la publicationTranscriptomic signatures shaped by cell proportions shed light on comparative developmental biology
Genome Biology . 18 : 29
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voir la publicationAncestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium
Genome Biology and Evolution . 9 ( 12 ) : 3413 - 3431
DOI: 10.1093/gbe/evx255
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voir la publicationLess effective selection leads to larger genomes
Genome Research . 27 : 1016-1028
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voir la publicationSENCA: A Multilayered Codon Model to Study the Origins and Dynamics of Codon Usage
Genome Biology and Evolution . 8 : 2427-41
DOI: 10.1093/gbe/evw165
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voir la publicationEfficient gene tree correction guided by genome evolution
PLoS ONE . 11 ( 8 ) : e0159559 (22 pages)
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voir la publicationBreaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation
Genome Biology and Evolution . 8 ( 5 ) : 1427-1439
DOI: 10.1093/gbe/evw083
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voir la publicationMoments of genome evolution by Double Cut-and-Join
BMC Bioinformatics . 16 ( Suppl 14 ) : S7
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voir la publicationProbabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies
BMC Bioinformatics . 16 ( Suppl 14 ) : S5
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voir la publicationDuplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later
Models and Algorithms for Genome Evolution . 19 : 47-62
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationBio++ : Efficient Extensible Libraries and Tools for Computational Molecular Evolution
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 8 ) : 1745 - 1750
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voir la publicationAccurate Estimation of Substitution Rates with Neighbor-Dependent Models in a Phylogenetic Context
Systematic Biology . 61 ( 3 ) : 510-521
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voir la publicationGenomic Species Are Ecological Species as Revealed by Comparative Genomics in Agrobacterium tumefaciens
Genome Biology and Evolution . 3 ( 3 ) : 762-781
DOI: 10.1093/gbe/evr070
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voir la publicationLa notion d'espèce en écologie microbienne
1er Colloque National d'Ecologie Scientifique .
Acte de congrès
voir la publicationToward an ecological concept for bacterial species in Agrobacterium
12th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria .
Acte de congrès
voir la publicationIdentification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans l'individualisation en écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens
Journées des Microbiologistes de l'INRA .
Acte de congrès
voir la publicationComputing the likelihood of sequence segmentation under Markov modelling
Pré-publication
voir la publicationA Mixture Model and a Hidden Markov Model to Simultaneously Detect Recombination Breakpoints and Reconstruct Phylogenies
Evolutionary Bioinformatics . 5 : 67-79
DOI: 10.4137/EBO.S2242
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