Statistiques et Modélisation pour les Sciences de la Santé
Subtil Fabien
Maître de conférences - praticien hospitalier
UCBL
Tél : 33 04 72 11 52 38
Activité de recherche
Recherche actuelle
Identification de profils de trajectoires typiques dans les études cliniques ou épidémiologiques
Une trajectoire est constituée par les mesures longitudinales d’un biomarqueur chez un individu. L’identification de profils typiques de trajectoire permet de classer les individus, et d’avoir une meilleure connaissance de l’hétérogénéité naturelle entre les patients. Le lien entre les groupes de trajectoire et le pronostique peut ensuite être recherché, ainsi que des facteurs prédisposant à l’appartenance à un groupe donné.
Deux travaux principaux ont été menés dans cette thématique de recherche.
Application à la recherche de facteurs cliniques prédisant la réponse à un traitement antihypertenseur
Recherche des facteurs de réponse au traitement lorsque la réponse est évaluée par des mesures répétées de pression artérielle. Travail réalisé en partenariat avec le Pr Gueyffier de l’équipe EMET.
Adaptation des méthodes à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage
Participation aux tâches 3 (KmlCov) et 5 (KmlVar) de l’ANR IDOL (responsable : C. Genolini, Bordeaux ; financement obtenu en 2012).
Travail fondamental d’adaptation des méthodes usuelles de classification de trajectoires à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage.
Projets de recherche
Utilisation des trajectoires typiques pour établir le diagnostic précoce de maladies
Utilisation de la méthodologie d’identification de trajectoires typiques pour évaluer la capacité d’un biomarqueur longitudinal à établir un diagnostic précoce. L’application portera sur l’analyse des variations de β-HCG suite à un premier curetage de mole hydatiforme pour le diagnostic d’échec du curetage.
Prise en compte des conséquences cliniques dans le choix des tests diagnostiques
Le choix d’un test diagnostique (ou de son seuil) repose très fréquemment sur l’analyse de sa courbe ROC. Le succès de cet outil en a fait oublier la non prise en compte de la prévalence et des conséquences cliniques des erreurs de classement (maladie non détectée ou traitement à tort). Ces paramètres impactent pourtant grandement le bénéfice espéré en population de la stratégie diagnostique.
Le travail de recherche visera à adapter de façon simple les courbes ROC pour prendre en compte ces deux facteurs. L’objectif est que cet outil aussi populaire en recherche clinique soit désormais, par des modifications simples, utilisé de façon rationnelle en termes de prise de décision médicale.
Etablissement de seuils pour la médecine personnalisée
La médecine personnalisée repose sur des biomarqueurs qui orientent le choix de la stratégie de traitement. Aujourd’hui, les seuils de décision associés à ces biomarqueurs tiennent compte du caractère répondeur ou non du patient au traitement, mais rarement de la qualité de vie. La thématique de recherche portera sur les méthodes de prise en compte de l’état de santé futur d’un patient dans le choix du seuil optimal d’un biomarqueur prédictif, et sur l’intérêt de la prise en compte de ce paramètre.
Activités d'enseignement
Enseignements au sein du Master Santé Publique
M2 UE " Modéle linéaire et linéaires généralisé " : TD. M2 UE " Inférence Fréquentiste et Bayésienne, Paramétrique et non Paramétrique " : cours et TD sur les méthodes d’estimations en situation de paramètres multiples. M2 UE " Modélisation diagnostique et pronostique. Propriétés prédictives des modèles " : cours/TD M2 UE " Modèles linéaires et linéaires généralisés à effets mixtes " : cours/TD M2 UE " Méthodes statistiques pour les essais cliniques " : cours/TD
Enseignements au sein de l’INSA de Lyon
4ème année, module " Modèle linéaire généralisé " : cours. 5ème année, module " Statistique bayésienne et applications " : cours et TD/TP.
Enseignements au sein de la Faculté de Médecine Lyon Sud Charles Mérieux
PASS, UE " Evaluation des méthodes d’analyse appliquées aux sciences de la vie et de la santé " : cours et ED.
PASS, UE " Projet d'études " . FGSM 2, UE " Biomédecine quantitative " : cours.
DFGSM1, UE "Formation générale à la recherche" : cours.
Conférences d’internat pour la préparation à l’ECN.
Formation LBBE
Formation continue sur l'inférence bayésienne
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 163 au total
On-Demand Sildenafil as a Treatment for Raynaud Phenomenon
Annals of Internal Medicine . 169 ( 10 ) : 694
DOI: 10.7326/M18-0517
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voir la publicationUnequal intra-group variance in trajectory classification
Statistics in Medicine . 37 ( 28 ) : 4155-4166
DOI: 10.1002/sim.7921
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voir la publicationGeriatric analysis from PRODIGE 20 randomized phase II trial evaluating bevacizumab + chemotherapy versus chemotherapy alone in older patients with untreated metastatic colorectal cancer
European Journal of Cancer . 97 : 16-24
Article dans une revue
voir la publicationAn alternative classification to mixture modeling for longitudinal counts or binary measures
Statistical Methods in Medical Research . 26 ( 1 ) : 453-470
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voir la publicationA sudden death risk score specifically for hypertension
Journal of Hypertension . 35 ( 11 ) : 2178-2184
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voir la publicationDynamics of Ebola RNA Persistence in Semen: A Report From the Postebogui Cohort in Guinea
Clinical Infectious Diseases . 64 ( 12 ) : 1788 - 1790
DOI: 10.1093/cid/cix210
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voir la publicationCementless lateralized stems in primary THA: Mid-term survival and risk factors for failure in 172 stems
Orthopaedics & Traumatology: Surgery & Research . 103 ( 1 ) : pp. 15-19
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voir la publicationVancomycin treatment is a risk factor for vancomycin-nonsusceptible Staphylococcus capitis sepsis in preterm neonates
Clinical Microbiology and Infection . 23 ( 11 ) : 839-844
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voir la publicationIbrutinib in very elderly patients with relapsed/refractory chronic lymphocytic leukemia: A real-world experience of 71 patients treated in France: A study from the French Innovative Leukemia Organization (FILO) group
American Journal of Hematology . 92 ( 6 ) : E105 - E107
DOI: 10.1002/ajh.24715
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voir la publicationCopyMean: A new method to predict monotone missing values in longitudinal studies
Computer Methods and Programs in Biomedicine . 132 : 29-44
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voir la publicationA bench evaluation of fraction of oxygen in air delivery and tidal volume accuracy in home care ventilators available for hospital use
Journal of Thoracic Disease . 8 ( 12 ) : 3639-3647
Article dans une revue
voir la publicationLe médecin généraliste face à la prise en charge de « l’allergie au médicament » : un éclairage sur la pratique actuelle en région Rhône-Alpes, et perspectives d’amélioration
Revue francaise d'allergologie . 56 ( 5 ) : 401-406
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voir la publicationEarly diagnosis of gestational trophoblastic neoplasia based on trajectory classification with compartment modeling
BMC Medical Research Methodology . 16 : 3
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voir la publicationkmlShape: An Efficient Method to Cluster Longitudinal Data (Time-Series) According to Their Shapes
PLoS ONE . 11 ( 6 )
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voir la publicationImpact du retard de croissance intra-utérin sur la concentration sérique maternelle du PlGF (Placental Growth Factor) : une étude cas-témoin
Gynécologie Obstétrique & Fertilité . 44 ( 1 ) : 23-28
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voir la publicationPerformance of the 4-mg intravenous dexamethasone suppression test in differentiating Cushing disease from pseudo-Cushing syndrome
Annales d'Endocrinologie = Annals of Endocrinology . 77 ( 1 ) : 30-6
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voir la publicationThe precision–recall curve overcame the optimism of the receiver operating characteristic curve in rare diseases
Journal of Clinical Epidemiology . 68 ( 8 ) : 855-859
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voir la publicationCan we identify response markers to antihypertensive drugs? First results from the Ideal Trial
Journal of human hypertension . 29 ( 1 ) : 22-27
DOI: 10.1038/jhh.2014.29
Article dans une revue
voir la publicationImpact of variability in adherence to HIV antiretroviral therapy on the immunovirological response and mortality
BMC Medical Research Methodology . 15 : 10
Article dans une revue
voir la publicationAn enhancement of ROC curves made them clinically relevant for diagnostic-test comparison and optimal-threshold determination
Journal of Clinical Epidemiology . 68 : 752-9
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voir la publicationThe precision–recall curve overcame the optimism of the receiver operating characteristic curve in rare diseases
Journal of Clinical Epidemiology . 68 : 855-9
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voir la publicationSpatially regularized mixture model for lesion segmentation with application to stroke patients
Biostatistics . 16 ( 3 ) : 580-595
Article dans une revue
voir la publicationAn 18F-FDG-PET maximum standardized uptake value > 10 represents a novel valid marker for discerning Richter’s Syndrome
Leukemia & lymphoma . 57 ( 6 ) : 1474-1477
Article dans une revue
voir la publicationSequential combination of gemcitabine, vinorelbine, pegylated liposomal doxorubicin and Brentuximab as a bridge regimen to transplant in relapsed or refractory Hodgkin lymphoma
Haematologica . 100 ( 7 ) : e269-e271
Article dans une revue
voir la publicationOxaliplatin, fluorouracil, and leucovorin with or without cetuximab in patients with resected stage III colon cancer (PETACC-8): an open-label, randomised phase 3 trial
Lancet Oncology . 15 ( 8 ) : 862-873
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voir la publicationEstimating the optimal threshold for a diagnostic biomarker in case of complex biomarker distributions
BMC Medical Informatics and Decision Making . 14 : 53
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voir la publicationGemcitabine plus cisplatin versus chemoradiotherapy in locally advanced biliary tract cancer: Federation Francophone de Cancerologie Digestive 9902 phase II randomised study
European Journal of Cancer . 50 : 2975-82
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voir la publicationCan we identify response markers to antihypertensive drugs? First results from the Ideal Trial.
Journal of Human Hypertension . : doi: 10.1038/jhh.2014.29
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voir la publicationOxaliplatin, fluorouracil, and leucovorin with or without cetuximab in patients with resected stage III colon cancer (PETACC-8): an open-label, randomised phase 3 trial
Lancet Oncology . 15 : 862-873
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voir la publicationModeling the seasonality of Anopheles gambiae s.s. biting rates in a South Benin sanitary zone
Transactions of The Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene . 108 : 237-43
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