Equipe Baobab
Membres
Post-doc
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/CrsiciE.jpg?itok=6TODeH3k)
Doctorante
INRIA
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/DarmonS.jpg?itok=ljjc2l3-)
Doctorant
UCBL
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Ingénieur de recherche
INRIA
Tél : 04 72 44 81 42
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/LacroixV.jpg?itok=BWzG_xg1)
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 15 52
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/MaryA.jpg?itok=f2Qpcw09)
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 15 52
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/PeresS.jpg?itok=fi8Vla5f)
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/RoncerayA_2021.jpg?itok=fGDlKEsJ)
Technicienne
INRIA
Tél : 04 72 44 81 54
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/SagotMF.jpg?itok=CUVOyhcG)
Directrice de recherche
INRIA
Tél : 33 04 72 44 82 38
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/SiharathC.jpg?itok=ZREuT6sq)
Doctorante
UCBL
![baobab team](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__320x240__crop_main/public/media/images/baobab-team3.jpeg?itok=Hi4wVejN)
Baobab est une équipe de recherche française du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, et en même temps représente le noyau d'une équipe de recherche européenne Inria appelée Erable. Outre les membres de Baobab, Erable compte ainsi des membres dans trois institutions en Italie (Université Sapienza et Université Luiss de Rome, et Université de Pise) et deux institutions aux Pays-Bas (CWI et Université Libre d'Amsterdam).
Baobab a deux grands ensembles d'objectifs de recherche qui couvrent actuellement quatre axes:
- Objectifs :
- Le premier est lié aux domaines d'expertise originaux de l'équipe, à savoir la modélisation combinatoire et statistique et les algorithmes, bien que plus récemment l'équipe ait également été rejointe par des membres issus de la biologie, y compris expérimentale.
- Le deuxième ensemble d'objectifs concerne son principal intérêt en Sciences de la Vie qui est de mieux comprendre les interactions entre les systèmes vivants et leur environnement. Cela inclut les interactions étroites et souvent persistantes entre deux systèmes vivants (symbiose), les interactions entre les systèmes vivants et les virus, et les interactions entre les systèmes vivants et les composés chimiques.
- Axes :
- la (pan)génomique et la transcriptomique en général,
- le métabolisme et la régulation (post)transcriptionnelle,
- la (co)evolution,
- la santé, en général, des systèmes vivants et de l'environnement.
Un objectif à plus long terme de l'équipe est de devenir capable dans certains cas de suggérer les moyens de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en interaction en agissant sur son environnement ou sur ses joueurs, comment ils jouent et qui joue.
Deux étapes majeures sont constamment impliquées dans la recherche effectuée par l'équipe: une première de modélisation (c'est-à-dire de traduction) d'un problème des Sciences de la Vie en un problème mathématique, et une seconde d'analyse et de conception d'algorithmes. Les algorithmes développés sont ensuite appliqués aux questions d'intérêt en Sciences de la Vie à partir de données issues de la littérature ou de collaborateurs. Plus récemment, grâce au recrutement de jeunes chercheuses et chercheurs (doctorants et post-doctorants) en biologie, l'équipe a pu commencer à faire des expérimentations et produire des données ou valider par elle-même certains des résultats obtenus.
D'un point de vue méthodologique, la principale caractéristique de l'équipe est de considérer qu'une fois qu'un modèle est sélectionné, les algorithmes pour explorer ce modèle doivent, dans la mesure du possible, être exacts dans la réponse apportée et exhaustifs lorsqu'il en existe plusieurs pour une interprétation plus précise des résultats. Plus récemment, l'équipe s'est intéressée à l'exploration de l'interface entre les algorithmes exacts d'une part et les algorithmes probabilistes ou statistiques d'autre part, tels qu'utilisés dans les approches d'apprentissage automatique. Plus particulièrement, l'équipe s'intéresse à l'étude d'un domaine de recherche appelé « apprentissage automatique interpretable » qui s'est développé plus récemment et à ses relations potentielles avec des approches combinatoires exactes.
En plus d'être au cœur d'une équipe européenne, Baobab possède un certain nombre d'autres collaborations au niveau international.
L’équipe Baobab est également fortement impliquée dans l'enseignement à l'Université de Lyon et à l'Insa-Lyon, ainsi que dans d'autres institutions de recherche en Europe, directement ou à travers les membres d'Erable qui ne sont pas en France.
Pour plus d'informations, vous pouvez également visiter le site de l'équipe Inria Erable ici : http://team.inria.fr/erable/fr/.
Publications
Affichage des publications 151 à 180 sur 293 au total
ACoM: A classification method for elementary flux modes based on motif finding
BioSystems . 103 ( 3 ) : 410-419
Article dans une revue
voir la publication“ArthropodaCyc”: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
5. Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity” . : 33 p.
Poster
voir la publicationRNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
JOBIM .
Acte de congrès
voir la publicationkisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq
: 12
Rapport
voir la publicationMetabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis
Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories
ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA) .
Acte de congrès
voir la publicationWolbachia detection: an assessment of standard PCR protocols.
Molecular Ecology Resources . 11 ( 3 ) : 567-72
Article dans une revue
voir la publicationFinding Long and Multiple Repeats with Edit Distance
The Prague Stringology Conference 2011 .
Acte de congrès
voir la publicationArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
5th Annual Arthropod Genomics Symposium "Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity" .
Acte de congrès
voir la publicationClose 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
BMC Genomics . 12 ( 1 ) : 303
Article dans une revue
voir la publicationInitial metabolic reconstruction of Klebsiella pneumoniae Kp13, a multidrug resistant pathogen involved in nosocomial outbreaks in Brazil
X-meeting .
Acte de congrès
voir la publicationNGS without a reference genome, comparison and visualisation of non assembled data
Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD) .
Acte de congrès
voir la publicationUsing the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”
Rencontres bioinformaticiens et statisticiens de l’INRA . : 1 p.
Poster
voir la publicationAbsence of a core metabolic network common to symbiotic bacteria
6. Meeting GDRE-RA Comparative genomics . : 33 diapositives
Acte de congrès
voir la publicationCycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.
Database - The journal of Biological Databases and Curation . 2011 : bar008
Article dans une revue
voir la publicationBacterial syntenies: an exact approach with gene quorum.
BMC Bioinformatics . 12 : 193
Article dans une revue
voir la publicationTowards a multi-scale and formalized representation of protein sequence-structure-function relationships : the nsLTP family as a case of study
JOBIM2010 .
Acte de congrès
voir la publicationTowards a multi-scale and formalized representation of protein sequence-structure-function relationships : the nsLTP family as a case of study
18. Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) .
Acte de congrès
voir la publicationTowards a multi-scale and formalized representation of protein sequence-structure-function relationships : the nsLTP family as a case of study
Séminaire Génomique Végétale .
Acte de congrès
voir la publicationGéographie des interfaces. Une nouvelle vision du territoire
978-2-7592-0857-9 : 168
Ouvrage
voir la publicationMod/Resc Parsimony Inference
Combinatorial Pattern Matching . 6129 : 202--213
Acte de congrès
voir la publicationA tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources
10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics . : 1 p.
Poster
voir la publicationMetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks
JOBIM 2010 . : 1 p.
Poster
voir la publicationA note on the complexity of finding and enumerating elementary modes.
BioSystems . 99 ( 3 ) : 210-4
Article dans une revue
voir la publicationEnumerating Chemical Organisations in Consistent Metabolic Networks: Complexity and Algorithms
Algorithms in Bioinformatics . 6293 : 226-237
Acte de congrès
voir la publicationUsing the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”
4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes” . : 45 p.
Poster
voir la publicationIdentifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads
String Processing and Information Retrieval . 6393 : 147-158
Acte de congrès
voir la publicationCassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
Bioinformatics . 26 ( 15 ) : 1897-8
Article dans une revue
voir la publicationGenome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
PLoS Biology . 8 ( 2 ) : e1000313
Article dans une revue
voir la publicationRepetition-free longest common subsequence
Discrete Applied Mathematics . 158 ( 12 ) : 1315-1324
Article dans une revue
voir la publication