Equipe Baobab
Membres
Post-doc
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/CrsiciE.jpg?itok=6TODeH3k)
Doctorante
INRIA
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/DarmonS.jpg?itok=ljjc2l3-)
Doctorant
UCBL
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/GindraudF.jpg?itok=aWKiUyWc)
Ingénieur de recherche
INRIA
Tél : 04 72 44 81 42
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/LacroixV.jpg?itok=BWzG_xg1)
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 15 52
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/MaryA.jpg?itok=f2Qpcw09)
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 15 52
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/PeresS.jpg?itok=fi8Vla5f)
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/RoncerayA_2021.jpg?itok=fGDlKEsJ)
Technicienne
INRIA
Tél : 04 72 44 81 54
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/SagotMF.jpg?itok=CUVOyhcG)
Directrice de recherche
INRIA
Tél : 33 04 72 44 82 38
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/SiharathC.jpg?itok=ZREuT6sq)
Doctorante
UCBL
![baobab team](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__320x240__crop_main/public/media/images/baobab-team3.jpeg?itok=Hi4wVejN)
Baobab est une équipe de recherche française du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, et en même temps représente le noyau d'une équipe de recherche européenne Inria appelée Erable. Outre les membres de Baobab, Erable compte ainsi des membres dans trois institutions en Italie (Université Sapienza et Université Luiss de Rome, et Université de Pise) et deux institutions aux Pays-Bas (CWI et Université Libre d'Amsterdam).
Baobab a deux grands ensembles d'objectifs de recherche qui couvrent actuellement quatre axes:
- Objectifs :
- Le premier est lié aux domaines d'expertise originaux de l'équipe, à savoir la modélisation combinatoire et statistique et les algorithmes, bien que plus récemment l'équipe ait également été rejointe par des membres issus de la biologie, y compris expérimentale.
- Le deuxième ensemble d'objectifs concerne son principal intérêt en Sciences de la Vie qui est de mieux comprendre les interactions entre les systèmes vivants et leur environnement. Cela inclut les interactions étroites et souvent persistantes entre deux systèmes vivants (symbiose), les interactions entre les systèmes vivants et les virus, et les interactions entre les systèmes vivants et les composés chimiques.
- Axes :
- la (pan)génomique et la transcriptomique en général,
- le métabolisme et la régulation (post)transcriptionnelle,
- la (co)evolution,
- la santé, en général, des systèmes vivants et de l'environnement.
Un objectif à plus long terme de l'équipe est de devenir capable dans certains cas de suggérer les moyens de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en interaction en agissant sur son environnement ou sur ses joueurs, comment ils jouent et qui joue.
Deux étapes majeures sont constamment impliquées dans la recherche effectuée par l'équipe: une première de modélisation (c'est-à-dire de traduction) d'un problème des Sciences de la Vie en un problème mathématique, et une seconde d'analyse et de conception d'algorithmes. Les algorithmes développés sont ensuite appliqués aux questions d'intérêt en Sciences de la Vie à partir de données issues de la littérature ou de collaborateurs. Plus récemment, grâce au recrutement de jeunes chercheuses et chercheurs (doctorants et post-doctorants) en biologie, l'équipe a pu commencer à faire des expérimentations et produire des données ou valider par elle-même certains des résultats obtenus.
D'un point de vue méthodologique, la principale caractéristique de l'équipe est de considérer qu'une fois qu'un modèle est sélectionné, les algorithmes pour explorer ce modèle doivent, dans la mesure du possible, être exacts dans la réponse apportée et exhaustifs lorsqu'il en existe plusieurs pour une interprétation plus précise des résultats. Plus récemment, l'équipe s'est intéressée à l'exploration de l'interface entre les algorithmes exacts d'une part et les algorithmes probabilistes ou statistiques d'autre part, tels qu'utilisés dans les approches d'apprentissage automatique. Plus particulièrement, l'équipe s'intéresse à l'étude d'un domaine de recherche appelé « apprentissage automatique interpretable » qui s'est développé plus récemment et à ses relations potentielles avec des approches combinatoires exactes.
En plus d'être au cœur d'une équipe européenne, Baobab possède un certain nombre d'autres collaborations au niveau international.
L’équipe Baobab est également fortement impliquée dans l'enseignement à l'Université de Lyon et à l'Insa-Lyon, ainsi que dans d'autres institutions de recherche en Europe, directement ou à travers les membres d'Erable qui ne sont pas en France.
Pour plus d'informations, vous pouvez également visiter le site de l'équipe Inria Erable ici : http://team.inria.fr/erable/fr/.
Publications
Affichage des publications 271 à 293 sur 293 au total
A basis of tiling motifs for generating repeated patterns and its complexity for higher quorum
International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science 2003 . 2747 : 622-632
Acte de congrès
voir la publicationOrphan gene finding - An exon assembly approach
Theoretical Computer Science . 290 ( 1 ) : 1407-1431
Article dans une revue
voir la publicationPattern inference under many guises
incollection . -- : 245-288
Article dans une revue
voir la publicationFurther thoughts on the syntenic distance between genomes
Algorithmica . 34 : 157-180
Article dans une revue
voir la publicationGene finding in eukaryotes
Cloning and expression technologies . : 27-43
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationCurrent methods of gene prediction their strengths and weaknesses
Nucleic Acids Research . 30 : 4103-4117
Article dans une revue
voir la publicationOccurrence probability of structured motifs in random sequences
Journal of Computational Biology . 9 ( 6 ) : 761-773
Article dans une revue
voir la publicationAlgorithms for extracting structured motifs using a suffix tree with application to promoter and regulatory site consensus identification
Journal of Computational Biology . 7 ( 1 ) : 345-360
Article dans une revue
voir la publicationSome approximation results for the maximum agreement forest problem
Approximation, Randomization and Combinatorial Optimization: Algorithms and Techniques (APPROX RANDOM 2001) . 2129 : 159-169
Acte de congrès
voir la publicationInfering regulatory elements from a whole genome. An application to the analysis of genome of $\itemize{Helicobacter Pylori}$ $\sigma_{80}$ family of promoter signals
Journal of Molecular Biology . 297 ( 1 ) : 335-353
Article dans une revue
voir la publicationInferring regulatory elements from a whole genome. An application to the analysis of the genome of Helicobacter pylori sigma 80 family of promoter signals
Journal of Molecular Biology . 297 : 335-353
Article dans une revue
voir la publicationAlgorithms for extracting structured motifs using a suffix tree with application to promoter and regulatory site consensus identification
Journal of Computational Biology . 7 : 345-360
Article dans une revue
voir la publicationPromoter sequences and algorithmical methods for identifying them
Research in Microbiology . 150 : 779-799
Article dans une revue
voir la publicationIdentifying satellites and periodic repetitions in biological sequences
Journal of Computational Biology . 5 : 539-554
Article dans une revue
voir la publicationSpelling Approximate Repeated or Common Motifs Using a Suffix Tree
incollection . 1380 : 374-390
Article dans une revue
voir la publicationFlexible Identification of Structural Objects in Nucleic Acid Sequences: Palindromes Mirror Repeats Pseudoknots and Triple Helices
Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM) . 1264 : 224-246
Acte de congrès
voir la publicationMultiple sequence comparison - A peptide matching approach
Theoretical Computer Science . 180 ( 1-2 ) : 115--137
Article dans une revue
voir la publicationA Double Combinatorial Approach to Discovering Patterns in Biological Sequences
incollection . 1075 : 186-208
Article dans une revue
voir la publicationSearching for repeated words in a text allowing for mismatches and gaps
incollection . -- : 87-100
Article dans une revue
voir la publicationFinding flexible patterns in a text - An application to 3D matching
Computer Applications in the Biosciences . 11 : 59-70
Article dans une revue
voir la publicationMultiple Sequence Comparison:A Peptide Matching Approach
incollection . 937 : 366-385
Article dans une revue
voir la publication