Equipe Baobab
Membres
Stagiaire
UCBL
Doctorante
INRIA
Doctorant
UCBL
Doctorant
UCBL
Ingénieur de recherche
INRIA
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 15 52
Stagiaire
UCBL
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 15 52
Technicienne
INRIA
Tél : 04 72 44 81 54
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Directrice de recherche
INRIA
Tél : 33 04 72 44 82 38
Doctorante
UCBL
Baobab est une équipe de recherche française du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, et en même temps représente le noyau d'une équipe de recherche européenne Inria appelée Erable. Outre les membres de Baobab, Erable compte ainsi des membres dans trois institutions en Italie (Université Sapienza et Université Luiss de Rome, et Université de Pise) et deux institutions aux Pays-Bas (CWI et Université Libre d'Amsterdam).
Baobab a deux grands ensembles d'objectifs de recherche qui couvrent actuellement quatre axes:
- Objectifs :
- Le premier est lié aux domaines d'expertise originaux de l'équipe, à savoir la modélisation combinatoire et statistique et les algorithmes, bien que plus récemment l'équipe ait également été rejointe par des membres issus de la biologie, y compris expérimentale.
- Le deuxième ensemble d'objectifs concerne son principal intérêt en Sciences de la Vie qui est de mieux comprendre les interactions entre les systèmes vivants et leur environnement. Cela inclut les interactions étroites et souvent persistantes entre deux systèmes vivants (symbiose), les interactions entre les systèmes vivants et les virus, et les interactions entre les systèmes vivants et les composés chimiques.
- Axes :
- la (pan)génomique et la transcriptomique en général,
- le métabolisme et la régulation (post)transcriptionnelle,
- la (co)evolution,
- la santé, en général, des systèmes vivants et de l'environnement.
Un objectif à plus long terme de l'équipe est de devenir capable dans certains cas de suggérer les moyens de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en interaction en agissant sur son environnement ou sur ses joueurs, comment ils jouent et qui joue.
Deux étapes majeures sont constamment impliquées dans la recherche effectuée par l'équipe: une première de modélisation (c'est-à-dire de traduction) d'un problème des Sciences de la Vie en un problème mathématique, et une seconde d'analyse et de conception d'algorithmes. Les algorithmes développés sont ensuite appliqués aux questions d'intérêt en Sciences de la Vie à partir de données issues de la littérature ou de collaborateurs. Plus récemment, grâce au recrutement de jeunes chercheuses et chercheurs (doctorants et post-doctorants) en biologie, l'équipe a pu commencer à faire des expérimentations et produire des données ou valider par elle-même certains des résultats obtenus.
D'un point de vue méthodologique, la principale caractéristique de l'équipe est de considérer qu'une fois qu'un modèle est sélectionné, les algorithmes pour explorer ce modèle doivent, dans la mesure du possible, être exacts dans la réponse apportée et exhaustifs lorsqu'il en existe plusieurs pour une interprétation plus précise des résultats. Plus récemment, l'équipe s'est intéressée à l'exploration de l'interface entre les algorithmes exacts d'une part et les algorithmes probabilistes ou statistiques d'autre part, tels qu'utilisés dans les approches d'apprentissage automatique. Plus particulièrement, l'équipe s'intéresse à l'étude d'un domaine de recherche appelé « apprentissage automatique interpretable » qui s'est développé plus récemment et à ses relations potentielles avec des approches combinatoires exactes.
En plus d'être au cœur d'une équipe européenne, Baobab possède un certain nombre d'autres collaborations au niveau international.
L’équipe Baobab est également fortement impliquée dans l'enseignement à l'Université de Lyon et à l'Insa-Lyon, ainsi que dans d'autres institutions de recherche en Europe, directement ou à travers les membres d'Erable qui ne sont pas en France.
Pour plus d'informations, vous pouvez également visiter le site de l'équipe Inria Erable ici : http://team.inria.fr/erable/fr/.
Publications
Affichage des publications 211 à 240 sur 308 au total
CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases
1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE .
Acte de congrès
voir la publicationA new method for 2D gel spot alignment: application to the analysis of large sample sets in clinical proteomics
BMC Bioinformatics . 9 ( 1 ) : 460
Article dans une revue
voir la publicationEnumerating precursor sets of target metabolites in a metabolic network
WABI 2008 - 8th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . 5251 : 233-244
Acte de congrès
voir la publicationEvolution des organismes bactériens
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 12 diapos
Acte de congrès
voir la publicationBenchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Actes des Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques . : 67-68
Acte de congrès
voir la publicationA small trip in the untranquil world of genomes a survey on the detection and analysis of genome rearrangement breakpoints
Theoretical Computer Science . 395 : 171-192
Article dans une revue
voir la publicationExploring the Solution Space of Sorting by Reversals, with Experiments and an Application to Evolution
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 5 ( 3 ) : 348-356
DOI: 10.1109/TCBB.2008.16
Article dans une revue
voir la publicationBenchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Proc. JOBIM . : 67-68
Article dans une revue
voir la publicationDevelopment of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses
Integrative Post-Genomics - IPG'08 .
Acte de congrès
voir la publicationLes réseaux métaboliques et génétiques
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationCaractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum
Séminaire INRA AgroBI .
Acte de congrès
voir la publicationAnnotation of metabolism genes : towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses
4. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1" .
Poster
voir la publicationModes and Cuts in Metabolic Networks:Complexity and Algorithms
BioSystems . 95 - n°1 : 51-60
Article dans une revue
voir la publicationPrecise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes
: 26
Rapport
voir la publicationTranscriptomique
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationEfficient representation and P-value computation for high-order Markov motifs
Bioinformatics . 24 : i160-i166
Article dans une revue
voir la publicationIdentification de motifs dans les réseaux métaboliques
incollection . -- : D1-D5
Article dans une revue
voir la publicationAn introduction to metabolic networks and their structural analysis.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 5 ( 4 ) : 594-617
DOI: 10.1109/TCBB.2008.79
Article dans une revue
voir la publicationEvolution des organismes bactériens
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationCaractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum
Séminaire INRA AgroBI . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationA multiple layer model to compare RNA secondary structures
Software: Practice and Experience . 38 ( 8 ) : 775-792
DOI: 10.1002/spe.846
Article dans une revue
voir la publicationIndexing gapped-factors using a tree
International Journal of Foundations of Computer Science . 19 ( 1 ) : 71-87
Article dans une revue
voir la publicationLossless filter for multiple repetitions with Hamming distance
Journal of Discrete Algorithms . 6 ( 3 ) : 497-509
Article dans une revue
voir la publicationPrecise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes
BMC Bioinformatics . 9 ( 1 ) : 286
Article dans une revue
voir la publicationDevelopment of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses
Integrative Post-Genomics - IPG'08 . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationAnnotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses
4th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1" . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationExact Transcriptome Reconstruction from Short Sequence Reads
International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) . 5251 : 50-63
Acte de congrès
voir la publicationIdentification de motifs dans les réseaux métaboliques : définitions algorithmes et application au métabolisme d’Escherichia coli
Edilivre . 978-2-35607-642-7
Ouvrage
voir la publicationStructure et modélisation des réseaux métaboliques
Biofutur . ( 275 ) : 29-33
Article dans une revue
voir la publicationEfficient learning of Bayesian network classifiers:An extension to the TAN classifie
20th Australian Joint Conference on Artificial Intelligence . 4830 : 16-25
Acte de congrès
voir la publication