Equipe Ecoépidémiologie Evolutionniste

Membres

Lecorvaisier Florian

Doctorant

UCBL

Courriel

Tél : 04 72 44 81 42

Pontier Dominique

Professeure des universités

UCBL

Courriel

Tél : 33 04 72 43 13 37

Sauvage Frank

Maître de conférences

UCBL

Courriel

Tél : 04 72 44 81 42

Thématiques de recherche

Notre équipe mène des recherches dans plusieurs domaines (démographie, écologie comportementale, génétique, épidémiologie et variabilité biologique, développements méthodologiques).

Dynamique et évolution des maladies infectieuses dans les populations naturelles

L’idée fondatrice de notre groupe de recherche est de combiner différentes approches (suivis de systèmes hôtes-parasites sur le terrain, modélisation mathématique) pour analyser les maladies infectieuses sous de multiples perspectives (écologie, évolution, épidémiologie, microbiologie, santé publique), en intégrant différents niveaux d’organisation (du gène à la communauté d’hôtes) et des aspects complexes (longévité des hôtes, comportements, structures des populations et des communautés, interactions entre agents infectieux) qui sont souvent exclus de la recherche de facteurs explicatifs possibles. Nous cherchons à comprendre la dynamique des agents infectieux, leurs modes de transmission, leur impact sur les populations hôtes, à identifier les hôtes les plus susceptibles d’être affectés et les circonstances dans lesquelles ces agents infectieux sont capables de franchir les barrières d’espèces.

Nous nous intéressons à un large éventail de systèmes hôtes-parasites, comme les rétrovirus chez les mandrills, les maladies hémorragiques des lapins et lièvres, la myxomatose chez le lapin, les principales maladies des chats, la grippe, les maladies infectieuses émergentes (e.g., hantavirus). Plus récemment, nous développons des études sur les interactions entre les chauves-souris et leurs virus.

Les travaux sur le modèle chauves-souris – virus portent sur plusieurs aspects : l’organisation des populations et des communautés en zone tempérée (France métropolitaine) et sous les tropiques (Guyane, Gabon), l’hybridation entre espèces, les déterminants génétiques et moléculaires des interactions chauves-souris – virus, les modalités de franchissement de la barrière d’espèce, les implications pour leur conservation.

Les projets de recherche en métropole sont construits avec les associations de naturalistes. Nous bénéficions d’un réseau de bénévoles à large échelle géographique.

Film documentaire : "L'écho du Grand Rhinolophe" (produit par P. Cottaz).

https://vimeo.com/435059221/7a3f18d6ba

Développements méthodologiques

Analyse de données temporelles de suivi de maladies infectieuses

L’analyse de données issues du suivi des maladies infectieuses constitue un défi méthodologique pour plusieurs raisons. Tout d’abord, le changement de statut infectieux d’un hôte dépend du statut des autres hôtes (à cause de la contamination, créant ainsi de la dépendance statistique entre les individus d’un même échantillon), celui-ci étant inconnu chez les individus non observés. Ensuite, le changement de statut des individus dans le temps obéit à un processus dynamique dont l’analyse implique l’utilisation de modèles adaptés (par exemple, de type markovien). Notre équipe s’intéresse donc à l’utilisation de ces modèles dynamique-statistiques pour analyser comment certains facteurs (comportementaux, météorologiques, etc.) affectent la diffusion de maladies infectieuses.

Analyse de données complexes en écologie

Les suivis en écologie, bien que standardisés autant que possible, présentent une complexité bien plus grande que les recherches en conditions contrôlées. Ainsi, même si de nombreux outils ont déjà été développés pour répondre aux besoins de l’écologie, il est fréquent de devoir soit ajuster les outils existants au cas par cas, soit d’en développer des nouveaux. Une thématique importante de notre équipe est donc le développement d’outils « sur mesure » s’ajustant au mieux à la spécificité de nos jeux de données.

Une implication forte dans le développement de l’interdisciplinarité à Lyon

Étude des maladies infectieuses à différents niveaux d’organisation : Le LabEx Ecofect
“Eco-evolutionary dynamics of infectious diseases”.

Co-Direction (D Pontier & FL Cosset) du LabEx Ecofect (http://ecofect.universite-lyon.fr/)

Ecofect a comme objectifs (i) de développer des recherches interdisciplinaires innovantes concernant la dynamique écologique et évolutive des maladies infectieuses, en favorisant le rapprochement conceptuel entre la microbiologie et l’immunologie d’un côté, l’écologie et l’évolution de l’autre ; et (ii) de construire de nouveaux ponts entre la recherche fondamentale en éco-infectiologie et la recherche médicale avec l’objectif d’accélérer le processus de transfert de connaissances vers les aspects opérationnels : diagnostic et thérapeutique, prévention (vaccins), gestion du risque infectieux, etc.

Application des sciences de l’évolution à la médecine : DU « Biologie de l’Évolution et Médecine »

Co-direction (D Pontier & L Perino) du DU (http://bem-univ.fr/)

La médecine a enregistré des succès extraordinaires depuis deux siècles (auscultation, vaccination, antibiotiques, anesthésie, chirurgie, etc.) grâce aux avancées de la biologie et à un ensemble de progrès conceptuels et technologiques. Il reste un domaine qui n’a pas encore été intégré à la médecine (humaine et vétérinaire), ce sont les sciences de l’évolution. Pour la première fois, la faculté de médecine de Lyon et le LabEx Ecofect se sont rapprochés pour développer un enseignement de sciences de l’évolution destiné à l’ensemble des spécialités médicales, en créant un diplôme universitaire (DU) intitulé « Biologie de l’Évolution et Médecine », le premier de ce type en France. Notre objectif est de développer une communauté à l’interface entre médecine et sciences de l’évolution.

Vidéo de présentation : https://vimeo.com/212734930

Publications

Affichage des publications 151 à 180 sur 181 au total

Disease propagation in connected host populations with density-dependent dynamics: the case of the Feline Leukemia Virus

Emmanuelle Gilot-Fromont, D. Pontier, M. Langlais

Journal of Theoretical Biology . 223 ( 4 ) : 465-475

DOI: 10.1016/S0022-5193(03)00122-X

2003

Article dans une revue

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Microspatial genetic heterogeneity and gene flow in stray cats (Felis catus L.): a comparison of coat colour and microsatellite loci

L. Say, F. Bonhomme, E. Desmarais, D. Pontier

Molecular Ecology . 12 : 1669-1674

2003

Article dans une revue

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Puumala hantavirus infection in humans and in the reservoir host Ardennes region France

F. Sauvage, C. Penalba, F. Boué, D. Coudrier, D. Pontier, Marc Artois

Emerging Infectious Diseases . 8 : 1509-1511

2002

Article dans une revue

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Geminy: software for testing the effects of genotyping errors and multitubes approach for the individual identification

N. Valière, P. Berthier, Dominique Mouchiroud, D. Pontier

Molecular Ecology Notes . 2 : 83-86

2002

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The mating system of feral cats (Felis catus L.) in a sub-Antarctic environment

L. Say, S. Devillard, E. Natoli, Dominique Pontier

Polar Biology . 25 : 838-842

2002

Article dans une revue

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The diet of feral cats (Felis catus L.) at five sites on the Grande Terre, Kerguelen archipelago

Dominique Pontier, Ludovic Say, Francois Débias, Joël Bried, Jean Thioulouse, Hervé Fritz...

At-risk individuals in Feline Immunodeficiency Virus epidemiology: Evidence from a multivariate approach in a natural population of domestic cats (Felis catus)

F. Courchamp, N.G. Yoccoz, Marc Artois, D. Pontier

J. M. Gaillard, D. Pontier, D. Allaine, A. Loison, J. C. Herve, A. Heizmann

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 264 ( 1383 ) : 859-868

DOI: 10.1098/rspb.1997.0120

1997

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Membres

Belateche Lilia

Lecorvaisier Florian

Pontier Dominique

Sauvage Frank

Thématiques de recherche

Dynamique et évolution des maladies infectieuses dans les populations naturelles

Développements méthodologiques

Analyse de données temporelles de suivi de maladies infectieuses

Analyse de données complexes en écologie

Une implication forte dans le développement de l’interdisciplinarité à Lyon

Étude des maladies infectieuses à différents niveaux d’organisation : Le LabEx Ecofect “Eco-evolutionary dynamics of infectious diseases”.

Application des sciences de l’évolution à la médecine : DU « Biologie de l’Évolution et Médecine »

Publications

Disease propagation in connected host populations with density-dependent dynamics: the case of the Feline Leukemia Virus

Microspatial genetic heterogeneity and gene flow in stray cats (Felis catus L.): a comparison of coat colour and microsatellite loci

Puumala hantavirus infection in humans and in the reservoir host Ardennes region France

Geminy: software for testing the effects of genotyping errors and multitubes approach for the individual identification

The mating system of feral cats (Felis catus L.) in a sub-Antarctic environment

The diet of feral cats (Felis catus L.) at five sites on the Grande Terre, Kerguelen archipelago

Spatio-temporal variation in cat population density in a sub-Antarctic environment

Male and female agonistic and affiliative relationships in a social group of farm cats (Felis catus L.)

Influence of oestrus synchronization on male reproductive success in the domestic cat (Felix catus L.)

Parasite richness and abundance in insular and mainland feral cats: insularity or density?

Comparative analysis of phylogenic and fishing effects in life history patterns of teleos fishes

Autoregressive models for estimating phylogenetic and environmental effects: accounting for within-species variations

A discrete events computer model of the Feline Herpes Virus within domestic cat populations

The impact of behavioural plasticity at individual level on domestic cat population dynamics

Effects of the feline panleukemia virus on feral cat populations on islands

Density spatial organisation and reproductive tactics in the domestic cat and other felids

Role of rabies in recent demographic changes in red fox (Vulpes vulpes) populations in Europe

Mate choice in domestic cat Felis catus

Detection identification and correction of a bias in an epidemiological study

Transmission of feline immunodeficiency virus in a population of domestic cats (Felis catus).

Prevalence and pathogenicity of retroviruses in wilcats in France

High variation in multiple paternity of domestic cats (Felis catus L.) in relation to environmental conditions

Transcriptional Regulation and Function of hsr203J, an Hypersensitivity-Related Gene of Tobacco Activated in Response to Ralstonia solanacearum

At-risk individuals in Feline Immunodeficiency Virus epidemiology: Evidence from a multivariate approach in a natural population of domestic cats (Felis catus)

Dynamics of a feline retrovirus (FeLV) in host populations with variable spatial structure

Epidemiology of feline leukemia virus (FeLV) and structure of domestic cat populations

Retroviruses and sexual size dimorphism in domestic cats (Felis catus L.)

Modelling the feline leukemia virus (FeLV) in natural populations of cats (Felis catus)

Infection strategies of retroviruses and social grouping of domestic cats

Variation in growth form and precocity at birth in eutherian mammals

Étude des maladies infectieuses à différents niveaux d’organisation : Le LabEx Ecofect
“Eco-evolutionary dynamics of infectious diseases”.