Equipe Ecoépidémiologie Evolutionniste

Membres

Thématiques de recherche

Notre équipe mène des recherches dans plusieurs domaines (démographie, écologie comportementale, génétique, épidémiologie et variabilité biologique, développements méthodologiques).

Dynamique et évolution des maladies infectieuses dans les populations naturelles

L’idée fondatrice de notre groupe de recherche est de combiner différentes approches (suivis de systèmes hôtes-parasites sur le terrain, modélisation mathématique) pour analyser les maladies infectieuses sous de multiples perspectives (écologie, évolution, épidémiologie, microbiologie, santé publique), en intégrant différents niveaux d’organisation (du gène à la communauté d’hôtes) et des aspects complexes (longévité des hôtes, comportements, structures des populations et des communautés, interactions entre agents infectieux) qui sont souvent exclus de la recherche de facteurs explicatifs possibles. Nous cherchons à comprendre la dynamique des agents infectieux, leurs modes de transmission, leur impact sur les populations hôtes, à identifier les hôtes les plus susceptibles d’être affectés et les circonstances dans lesquelles ces agents infectieux sont capables de franchir les barrières d’espèces.


Nous nous intéressons à un large éventail de systèmes hôtes-parasites, comme les rétrovirus chez les mandrills, les maladies hémorragiques des lapins et lièvres, la myxomatose chez le lapin, les principales maladies des chats, la grippe, les maladies infectieuses émergentes (e.g., hantavirus). Plus récemment, nous développons des études sur les interactions entre les chauves-souris et leurs virus.


Les travaux sur le modèle chauves-souris – virus portent sur plusieurs aspects : l’organisation des populations et des communautés en zone tempérée (France métropolitaine) et sous les tropiques (Guyane, Gabon), l’hybridation entre espèces, les déterminants génétiques et moléculaires des interactions chauves-souris – virus, les modalités de franchissement de la barrière d’espèce, les implications pour leur conservation.

Les projets de recherche en métropole sont construits avec les associations de naturalistes. Nous bénéficions d’un réseau de bénévoles à large échelle géographique.

  • Film documentaire : "L'écho du Grand Rhinolophe" (produit par P. Cottaz).

https://vimeo.com/435059221/7a3f18d6ba

Développements méthodologiques

Analyse de données temporelles de suivi de maladies infectieuses

L’analyse de données issues du suivi des maladies infectieuses constitue un défi méthodologique pour plusieurs raisons. Tout d’abord, le changement de statut infectieux d’un hôte dépend du statut des autres hôtes (à cause de la contamination, créant ainsi de la dépendance statistique entre les individus d’un même échantillon), celui-ci étant inconnu chez les individus non observés. Ensuite, le changement de statut des individus dans le temps obéit à un processus dynamique dont l’analyse implique l’utilisation de modèles adaptés (par exemple, de type markovien). Notre équipe s’intéresse donc à l’utilisation de ces modèles dynamique-statistiques pour analyser comment certains facteurs (comportementaux, météorologiques, etc.) affectent la diffusion de maladies infectieuses.

Analyse de données complexes en écologie

Les suivis en écologie, bien que standardisés autant que possible, présentent une complexité bien plus grande que les recherches en conditions contrôlées. Ainsi, même si de nombreux outils ont déjà été développés pour répondre aux besoins de l’écologie, il est fréquent de devoir soit ajuster les outils existants au cas par cas, soit d’en développer des nouveaux. Une thématique importante de notre équipe est donc le développement d’outils « sur mesure » s’ajustant au mieux à la spécificité de nos jeux de données.

Une implication forte dans le développement de l’interdisciplinarité à Lyon

Étude des maladies infectieuses à différents niveaux d’organisation : Le LabEx Ecofect
“Eco-evolutionary dynamics of infectious diseases”.

Co-Direction (D Pontier & FL Cosset) du LabEx Ecofect (http://ecofect.universite-lyon.fr/)

Ecofect a comme objectifs (i) de développer des recherches interdisciplinaires innovantes concernant la dynamique écologique et évolutive des maladies infectieuses, en favorisant le rapprochement conceptuel entre la microbiologie et l’immunologie d’un côté, l’écologie et l’évolution de l’autre ; et (ii) de construire de nouveaux ponts entre la recherche fondamentale en éco-infectiologie et la recherche médicale avec l’objectif d’accélérer le processus de transfert de connaissances vers les aspects opérationnels : diagnostic et thérapeutique, prévention (vaccins), gestion du risque infectieux, etc.

Application des sciences de l’évolution à la médecine : DU « Biologie de l’Évolution et Médecine »

Co-direction (D Pontier & L Perino) du DU (http://bem-univ.fr/)

La médecine a enregistré des succès extraordinaires depuis deux siècles (auscultation, vaccination, antibiotiques, anesthésie, chirurgie, etc.) grâce aux avancées de la biologie et à un ensemble de progrès conceptuels et technologiques. Il reste un domaine qui n’a pas encore été intégré à la médecine (humaine et vétérinaire), ce sont les sciences de l’évolution. Pour la première fois, la faculté de médecine de Lyon et le LabEx Ecofect se sont rapprochés pour développer un enseignement de sciences de l’évolution destiné à l’ensemble des spécialités médicales, en créant un diplôme universitaire (DU) intitulé « Biologie de l’Évolution et Médecine », le premier de ce type en France. Notre objectif est de développer une communauté à l’interface entre médecine et sciences de l’évolution.

Publications

Affichage des publications 91 à 120 sur 181 au total

Can cat predation help competitors coexist in seabird communities?

D. Pontier, D. Fouchet, J. Bried

Journal of Theoretical Biology . 262(2010) : 90-96

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Putting phylogeny into the analysis of biological traits: A methodological approach

Thibaut Jombart, Sandrine Pavoine, Sébastien Devillard, Dominique Pontier

Journal of Theoretical Biology . 264 ( 3 ) : 693

DOI: 10.1016/j.jtbi.2010.03.038

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Can cat predation help competitors coexist in seabird communities?

Dominique Pontier, David Fouchet, J. Joël Bried

Journal of Theoretical Biology . 262 ( 1 ) : 90

DOI: 10.1016/j.jtbi.2009.09.006

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Evolution of microparasites in spatially and genetically structured host populations: The example of RHDV infecting rabbits

David Fouchet, Jacques Le Pendu, J.-S. Jean-Sébastien Guitton, Micheline Guiserix, S. Stéphane Marchandeau, Dominique Pontier

Journal of Theoretical Biology . 257 ( 2 ) : 212

DOI: 10.1016/j.jtbi.2008.11.021

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When domestic cat (\textitFelis silvestris catus) population structures interact with their viruses

Dominique Pontier, D. Fouchet, N. Bahi-Jaber, H. Poulet, M. Guiserix, E. Natoli...

Comptes Rendus Biologies . 332 ( 2-3 ) : 321-328

DOI: 10.1016/j.crvi.2008.07.012

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Assessing the performance of NDVI as a proxy for plant biomass using non-linear models: a case study on the Kerguelen archipelago

H. Santin-Janin, M. Garel, J.-L. Chapuis, D. Pontier

Polar Biology . -- : 125-132

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Evolution of microparasites in spatially and genetically structured host populations: The example of RHDV infecting rabbits

D. Fouchet, J. Le Pendu, J.-S. Guitton, M. Guiserix, S. Marchandeau, D. Pontier

Journal of Theoretical Biology . 257(2) : 212-227

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Preserving genetic integrity in a hybridising world: are European Wildcats (Felis silvestris silvestris) in eastern France distinct from sympatric feral domestic cats?

J. O'Brien, S. Devillard, L. Say, H. Vanthomme, F. Léger, S. Ruette...

Biodiversity and Conservation . 18 : 2351-2360

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Genetic markers in the playground of multivariate analysis

T. Jombart, D. Pontier, Anne-Béatrice Dufour

Heredity . -- : 1-12

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Revealing cryptic genetic structuring in an urban population of stray cats (textit Felis silvestris catus

S. Devillard, T. Jombart, D. Pontier

Mammalian Biology: Zeitschrift für Säugetierkunde . 74 : 2902-2912

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Using Dynamic Stochastic Modelling to Estimate Population Risk Factors in Infectious Disease: The Example of FIV in 15 Cat Populations

D. Fouchet, G. Leblanc, F. Sauvage, M. Guiserix, H. Poulet, D. Pontier

PLoS ONE . 4(10) : 1-13

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Emergence of infectious diseases: when hidden pathogens break out

D. Pontier, M. Guiserix, D. Fouchet, F. Sauvage

Comptes Rendus Biologies . 332(6) : 539-547

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Testing for phylogenetic signal in phenotypic traits : a new matrix of phylogenetic proximities

S. Pavoine, S. Ollier, D. Pontier, D. Chessel

Theoretical Population Biology . 73 : 79-91

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Local effects of inbreeding on embryo number and consequences for genetic diversity in Kerguelen mouflon

R. Kaeuffer, D. Réale, D. Pontier, J.-L. Chapuis, D.-W. Coltman

Biology Letters . -- : 374-380

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Spatial and temporal patterning of bank vole demography and the epidemiology of the Puumala hantavirus in northeastern France

D. Augot, F. Sauvage, F. Boue, M. Bouloy, Marc Artois, J.-M. Demerson...

Epidemiology and Infection . 136(12) : 1638-1643

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Des souris et des hommes l'étude des systèmes à hantavirus

F. Sauvage, D. Fouchet, D. Pontier

incollection . -- : 413-456

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Limited nest site availability helps seabirds to survive cat predation on islands

D. Pontier, D. Fouchet, J. Bried, N. Bahi-Jaber

Ecological Modelling . 214 : 316-324

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Vaccination of free-living juvenile wild rabbits textit(Oryctolagus cuniculus) against myxomatosis improved their survival

J.-S. Guitton, S. Devillard, M. Guénézan, D. Fouchet, D. Pontier, S. Marchandeau

Preventive Veterinary Medicine . 84 : 1-10

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Stochastic extinction and the selection of the transmission mode in microparasites.

Narges Bahi-Jaber, David Fouchet, Dominique Pontier

Journal of the Royal Society Interface . 5 ( 26 ) : 1031-9

DOI: 10.1098/rsif.2007.1326

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Impact of myxomatosis in relation to local persistence in wild rabbit populations: the role of waning immunity and the reproductive period

David Fouchet, J-S. Guitton, S. Marchandeau, D. Pontier

Journal of Theoretical Biology . 250 ( 4 ) : 593-605

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Visiting Sick People: Is It Really Detrimental to Our Health?

D. Fouchet, J. O'Brien, D. Pontier

PLoS ONE . 3 : 81-89

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Revealing cryptic spatial patterns in genetic variability by a new multivariate method

T. Jombart, S. Devillard, Anne-Béatrice Dufour, D. Pontier

Heredity . 101 : 92-103

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Unexpected heterozygosity in an island mouflon population founded by a single pair of individuals.

Renaud Kaeuffer, David W. Coltman, Jean Louis Chapuis, Dominique Pontier, Denis Reale

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 274 : 527-533

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Predicting the emergence of human hantavirus disease using a combination of viral dynamics and rodent demographic patterns

Frank Sauvage, Michel Langlais, Dominique Pontier

Epidemiology and Infection . 135 : 46--56

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The effects of cyclic dynamics and mating system on the effective size of an island mouflon population

R. Kaeuffer, D.W. Coltman, J.-L. Chapuis, D. Reale, D. Pontier

Molecular Ecology . 16 : 4482-4492

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The Near Eastern Origin of Cat Domestication

Carlos Driscoll, Marilyn Menotti-Raymond, Alfred Roca, Karsten Hupe, Warren E Johnson, Eli Geffen...

Science . 317 : 519-523

DOI: 10.1126/science.1139518

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Detecting population structure using STRUCTURE software: effect of background linkage disequilibrium

R. Kaeuffer, D. Reale, D.W. Coltman, D. Pontier

Heredity . 99 : 374-380

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Feeding-order in an urban feral domestic cat colony: relationship to dominance rank sex and age

R. Bonanni, S. Cafazzo, C. Fantini, D. Pontier, E. Natoli

Animal Behaviour . 74 : 1369-1379

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Male Reproductive Success in a Social Group of Urban Feral Cats (Felis catus L.)

E. Natoli, M. Schmid, L. Say, D. Pontier

Ethology . 113 : 283-289

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The canine distemper epidemic in Serengeti: are lions victims of a new highly virulent canine distemper virus strain or is pathogen circulation stochasticity to blame?

M. Guiserix, N. Bahi-Jaber, David Fouchet, F. Sauvage, D. Pontier

Journal of the Royal Society Interface . 4 : 1127-1134

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