Equipe Ecoépidémiologie Evolutionniste
Membres
Assistante ingénieure CDD
UCBL
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 13 37
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Thématiques de recherche
Notre équipe mène des recherches dans plusieurs domaines (démographie, écologie comportementale, génétique, épidémiologie et variabilité biologique, développements méthodologiques).
Dynamique et évolution des maladies infectieuses dans les populations naturelles
L’idée fondatrice de notre groupe de recherche est de combiner différentes approches (suivis de systèmes hôtes-parasites sur le terrain, modélisation mathématique) pour analyser les maladies infectieuses sous de multiples perspectives (écologie, évolution, épidémiologie, microbiologie, santé publique), en intégrant différents niveaux d’organisation (du gène à la communauté d’hôtes) et des aspects complexes (longévité des hôtes, comportements, structures des populations et des communautés, interactions entre agents infectieux) qui sont souvent exclus de la recherche de facteurs explicatifs possibles. Nous cherchons à comprendre la dynamique des agents infectieux, leurs modes de transmission, leur impact sur les populations hôtes, à identifier les hôtes les plus susceptibles d’être affectés et les circonstances dans lesquelles ces agents infectieux sont capables de franchir les barrières d’espèces.
Nous nous intéressons à un large éventail de systèmes hôtes-parasites, comme les rétrovirus chez les mandrills, les maladies hémorragiques des lapins et lièvres, la myxomatose chez le lapin, les principales maladies des chats, la grippe, les maladies infectieuses émergentes (e.g., hantavirus). Plus récemment, nous développons des études sur les interactions entre les chauves-souris et leurs virus.
Les travaux sur le modèle chauves-souris – virus portent sur plusieurs aspects : l’organisation des populations et des communautés en zone tempérée (France métropolitaine) et sous les tropiques (Guyane, Gabon), l’hybridation entre espèces, les déterminants génétiques et moléculaires des interactions chauves-souris – virus, les modalités de franchissement de la barrière d’espèce, les implications pour leur conservation.
Les projets de recherche en métropole sont construits avec les associations de naturalistes. Nous bénéficions d’un réseau de bénévoles à large échelle géographique.
- Film documentaire : "L'écho du Grand Rhinolophe" (produit par P. Cottaz).
https://vimeo.com/435059221/7a3f18d6ba
Développements méthodologiques
Analyse de données temporelles de suivi de maladies infectieuses
L’analyse de données issues du suivi des maladies infectieuses constitue un défi méthodologique pour plusieurs raisons. Tout d’abord, le changement de statut infectieux d’un hôte dépend du statut des autres hôtes (à cause de la contamination, créant ainsi de la dépendance statistique entre les individus d’un même échantillon), celui-ci étant inconnu chez les individus non observés. Ensuite, le changement de statut des individus dans le temps obéit à un processus dynamique dont l’analyse implique l’utilisation de modèles adaptés (par exemple, de type markovien). Notre équipe s’intéresse donc à l’utilisation de ces modèles dynamique-statistiques pour analyser comment certains facteurs (comportementaux, météorologiques, etc.) affectent la diffusion de maladies infectieuses.
Analyse de données complexes en écologie
Les suivis en écologie, bien que standardisés autant que possible, présentent une complexité bien plus grande que les recherches en conditions contrôlées. Ainsi, même si de nombreux outils ont déjà été développés pour répondre aux besoins de l’écologie, il est fréquent de devoir soit ajuster les outils existants au cas par cas, soit d’en développer des nouveaux. Une thématique importante de notre équipe est donc le développement d’outils « sur mesure » s’ajustant au mieux à la spécificité de nos jeux de données.
Une implication forte dans le développement de l’interdisciplinarité à Lyon
Étude des maladies infectieuses à différents niveaux d’organisation : Le LabEx Ecofect
“Eco-evolutionary dynamics of infectious diseases”.
Co-Direction (D Pontier & FL Cosset) du LabEx Ecofect (http://ecofect.universite-lyon.fr/)
Ecofect a comme objectifs (i) de développer des recherches interdisciplinaires innovantes concernant la dynamique écologique et évolutive des maladies infectieuses, en favorisant le rapprochement conceptuel entre la microbiologie et l’immunologie d’un côté, l’écologie et l’évolution de l’autre ; et (ii) de construire de nouveaux ponts entre la recherche fondamentale en éco-infectiologie et la recherche médicale avec l’objectif d’accélérer le processus de transfert de connaissances vers les aspects opérationnels : diagnostic et thérapeutique, prévention (vaccins), gestion du risque infectieux, etc.
Application des sciences de l’évolution à la médecine : DU « Biologie de l’Évolution et Médecine »
Co-direction (D Pontier & L Perino) du DU (http://bem-univ.fr/)
La médecine a enregistré des succès extraordinaires depuis deux siècles (auscultation, vaccination, antibiotiques, anesthésie, chirurgie, etc.) grâce aux avancées de la biologie et à un ensemble de progrès conceptuels et technologiques. Il reste un domaine qui n’a pas encore été intégré à la médecine (humaine et vétérinaire), ce sont les sciences de l’évolution. Pour la première fois, la faculté de médecine de Lyon et le LabEx Ecofect se sont rapprochés pour développer un enseignement de sciences de l’évolution destiné à l’ensemble des spécialités médicales, en créant un diplôme universitaire (DU) intitulé « Biologie de l’Évolution et Médecine », le premier de ce type en France. Notre objectif est de développer une communauté à l’interface entre médecine et sciences de l’évolution.
- Vidéo de présentation : https://vimeo.com/212734930
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 181 au total
Population genetics as a tool for conservation biology: defining management units for the greater horseshoe bat
8. European Congress of Mammalogy .
Acte de congrès
voir la publicationIntegrating population genetics to define conservation units from the core to the edge of Rhinolophus ferrumequinum western range
Ecology and Evolution . 9 : 2272–12290
DOI: 10.1002/ece3.5714
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of Hepatitis B Virus Receptor NTCP Reveals Differential Pathogenicities and Species Specificities of Hepadnaviruses in Primates, Rodents, and Bats
Journal of Virology . 93 ( 5 )
DOI: 10.1128/JVI.01738-18
Article dans une revue
voir la publicationAbsence of paramyxovirus RNA in non-human primate sanctuaries and a primatology center in Gabon
Journal of Epidemiological Research . 5 ( 2 ) : 6
DOI: 10.5430/jer.v5n2p6
Article dans une revue
voir la publicationThe One health concept : 10 years old and a long road ahead
Frontiers in Veterinary Science . 5 : 14
Article dans une revue
voir la publicationCoexistence of two sympatric cryptic bat species in French Guiana: insights from genetic, acoustic and ecological data
BMC Evolutionary Biology . 18 ( 1 ) : 175
Article dans une revue
voir la publicationConservation et écologie du Grand rhinolophe: Que nous apprennent les analyses moléculaires?
17. Rencontre Nationale des Chauves-Souris .
Acte de congrès
voir la publicationCoping with change in predation risk across space and time through complementary behavioral responses
BMC Ecology . 18 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationMetabarcoding for the parallel identification of several hundred predators and their prey: Application to bat species diet analysis
Molecular Ecology Resources . 18 ( 3 ) : 474-489
Article dans une revue
voir la publicationCoexistence of two sympatric cryptic bat species in French Guiana: insights from genetic, acoustic and ecological data
BMC Evolutionary Biology . 18 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationCoexistence de deux espèces cryptiques de chauves-souris en Guyane française : apprentissages à partir de la génétique de l’acoustique et de l’écologie
Plume de Naturalistes . 2 : 169-190
Article dans une revue
voir la publicationSpatio-temporal variation of the greater horseshoe bat (Rhinolophus ferrumequinum) diet in Western France: applications to chirosurveillance and conservation strategies
International Conference on Ecological Sciences (Sfécologie 2018) .
Acte de congrès
voir la publicationThe greater horseshoe bat (Rhinolophus ferrumequinum) diet : Optimisation of arthropods DNA identification in guano samples
International Conference on Ecological Sciences (Sfécologie 2018) .
Acte de congrès
voir la publicationChauves-souris et services écosystémiques : que nous apprend l'ADN contenu dans le guano?
Congrès Ecolo’Tech .
Acte de congrès
voir la publicationA single multiplex of twelve microsatellite markers for the simultaneous study of the brown hare (Lepus europaeus) and the mountain hare (Lepus timidus)
Ecology and Evolution . 7 : 3931-3939
DOI: 10.1002/ece3.2943
Article dans une revue
voir la publicationMetabarcoding for the parallel identification of several hundred bats and their preys
10. Rencontres chiroptères du grand sud .
Acte de congrès
voir la publicationLandscape population genetics of the greater horse-shoe bat (R. ferrumequinum) in West-Eastern France
14. European Bat Research Symposium .
Acte de congrès
voir la publicationPopulation genetics of the greater horseshoe bat (R. ferrumequinum) in Western France
14. European Bat Research Symposium .
Acte de congrès
voir la publicationEcological networks to unravel the routes to horizontal transposon transfers
PLoS Biology . 15 ( 2 ) : np
Article dans une revue
voir la publicationFemale in the inside, male in the outside: insights into the spatial organization of a European wildcat population
Conservation Genetics . 17 : 1405-1415
Article dans une revue
voir la publicationAnalyzing the proximity to cover in a landscape of fear: a new approach applied to fine-scale habitat use by rabbits facing feral cat predation on Kerguelen archipelago
PeerJ . 4 : e1769
DOI: 10.7717/peerj.1769
Article dans une revue
voir la publicationBioecological Drivers of Rabies Virus Circulation in a Neotropical Bat Community
PLoS Neglected Tropical Diseases . 10 ( 1 ) : e0004378
Article dans une revue
voir la publicationAn R package for analyzing survival using continuous-time open capture-recapture models
Methods in Ecology and Evolution . 7 : 518-528
Article dans une revue
voir la publicationThe host specificity of ape malaria parasites can be broken in confined environments
International Journal for Parasitology . 46 ( 11 ) : 737-744
Article dans une revue
voir la publicationQuantifying the role of weather on seasonal influenza
BMC Public Health . 16 : 441
Article dans une revue
voir la publicationLe raisonnement évolutionniste en médecine
Médecine . : 122-127
DOI: 10.1684/med.2016.35
Article dans une revue
voir la publicationComplete Genome and Phylogeny of Puumala Hantavirus Isolates Circulating in France
Viruses . 7 ( 10 ) : 5476-5488
DOI: 10.3390/v7102884
Article dans une revue
voir la publicationParasite-Parasite Interactions in the Wild: How To Detect Them?
Trends in Parasitology .
Article dans une revue
voir la publicationUnknown age in health disorders: A method to account for its cumulative effect and an application to feline viruses interactions.
Epidemics . 11 : 48-55
Article dans une revue
voir la publication