Equipe Génomique Evolutive et Fonctionnelle

Membres

Au sein de l'équipe « Génomique évolutive fonctionnelle », l'un de nos principaux objectifs est de comprendre la base génomique de l'évolution phénotypique. Nous sommes particulièrement intéressés par les événements convergents d'évolution phénotypique. Nous étudions un large éventail de traits phénotypiques, y compris les traits morphologiques, sensoriels et physiologiques. Notre objectif est d'identifier les changements génomiques qui accompagnent l'évolution phénotypique. Nous cherchons également à caractériser les processus évolutifs qui sous-tendent les changements phénotypiques, en recherchant des exemples de sélection positive spécifique à une lignée ou de relâchement de la sélection purificatrice.

Nous étudions à la fois l'évolution des gènes codant pour les protéines et l'évolution de l'ADN non codant, en particulier les éléments régulateurs qui contrôlent l'expression des gènes. Nous visons à développer de nouvelles méthodes à cette fin et nous nous appuyons sur l'inférence statistique, y compris l'apprentissage profond.

Publications

Affichage des publications 121 à 136 sur 136 au total

Démasquage des gènes spécifiques d'une espèce génomique du complexeAgrobacterium tumefaciens par AFLP et multicapteur à ADN

Perrine Portier, Denis Costechareyre, Daniel Muller, David Chapulliot, Christine Oger, Guy Perrière...

7. Colloque national du Bureau des Ressources Génétiques . 7

Acte de congrès

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Parallel Adaptations to High Temperatures in the Archean Eon

Bastien Boussau, Samuel Blanquart, Anamaria Necsulea, Nicolas Lartillot, Manolo Gouy

Nature . 456 ( 7224 ) : 942-945

DOI: 10.1038/nature07393

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A New Method for Assessing the Effect of Replication on DNA Base Composition Asymmetry

A. Necşulea, J.R. Lobry

Molecular Biology and Evolution . 24 : 2169-2179

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Horizontal Gene Transfer Regulation in Bacteria as a ‘‘Spandrel'' of DNA Repair Mechanisms

Saliou Fall, Anne Mercier, Franck Bertolla, Alexandra Calteau, Laurent Gueguen, Guy Perrière...

PLoS ONE . 2 ( 10 ) : e1055-e1066

DOI: 10.1371/journal.pone.0001055

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MareyMap: an R-based tool with graphical interface for estimating recombination rates

C. Rezvoy, D. Charif, Laurent Guéguen, Gabriel Marais

Bioinformatics . 23 : 2188-2189

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A New Method for Assessing the Effect of Replication on DNA Base Composition Asymmetry

A. Necşulea, J.R. Lobry

incollection . 7 : 379-381

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A Markovian Approach for the Analysis of the Gene Structure

C. Melodelima, Laurent Guéguen, Christian Gautier, D. Piau

Prague stringology conference . 19 ( 1 ) : 19-35

Acte de congrès

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A computational prediction of isochores based on hidden Markov models

C. Melodelima, Laurent Guéguen, D. Piau, Christian Gautier

Gene . 385 : 41-49

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Efficient Likelihood Computations with Nonreversible Models of Evolution

Bastien Boussau, Manolo Gouy

Systematic Biology . 55 ( 5 ) : 756-768

DOI: 10.1080/10635150600975218

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UV-Targeted Dinucleotides Are Not Depleted in Light-Exposed Prokaryotic Genomes

L. Palmeira, Laurent Guéguen, J.R. Lobry

Molecular Biology and Evolution . 23 : 2214-2219

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Synonymous codon usage and its potential link with optimal growth temperature in prokaryotes.

J.R. Lobry, A. Necşulea

Gene . 385 : 128-136

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Revisiting the directionnal mutation pressure theory : The analysis of a particular genomic structure in Leishmania major

A. Necşulea, J.R. Lobry

Gene . 385 : 28-40

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Sarment: Python modules for HMM analysis and partitioning of sequences

Laurent Guéguen

Bioinformatics . 21 : 3427-3428

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Phylogenetic dating and characterization of gene duplications in vertebrates: the cartilaginous fish reference

M. Robinson-Rechavi, Bastien Boussau, V. Laudet

Molecular Biology and Evolution . 21 : 580-586

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Phylogenetic dating and characterization of gene duplications in vertebrates: the cartilaginous fish reference

M. Robinson-Rechavi, B. Boussau, V. Laudet

Molecular Biology and Evolution . 21 ( 3 ) : 580-586

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Computational inference of scenarios for alpha-proteobacterial genome evolution

Bastien Boussau, E.O. Karlberg, A.C. Frank, B.A. Legault, S.G. Andersson

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 101 : 9722-9727

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