Equipe Le Cocon
Membres
Post-doc
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 26 23 44 74
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 26 23 44 74
Technicien CDD
CNRS
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Chargé de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 29 09
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Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 13 44
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Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 18
Post-doc
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/TannierE_2021.jpg?itok=nk4QA8v4)
Directeur de recherche
INRIA
Tél : 33 04 26 23 44 74
Le Cocon is both a research team and a think tank.
Research in “Le Cocon” team focuses on two main topics: multiscale evolution on one hand (i.e., studying the evolution of genetic systems while considering different levels -nucleotides, transposable elements, genes, genomes, microbiomes, organisms, populations, species, geography-), and environmental issues on the other hand. In both cases, we rely on modeling and data analysis, using a combination of statistics and computer science.
Le Cocon is also a place to think about the responsibilities of research and researchers in the anthropocene era, and about the role of non-researcher citizens in orienting and conducting research.
Multiscale evolution
- We have a long history of working on gene transfers. We develop new methods to detect these events in complex systems involving more than two levels (host, symbiont and parasites for example) and
- We use horizontal transfer detection to date species trees and to infer yet unknown biodiversity (extinct and unsampled) (Sthoriz (ANR, 2018)) .
- We have a lasting interest into convergent genomic evolution (Convergenomics - ANR, 2015)
- We question the usual way of testing bioinformatic methods (Evoluthon - ANR, 2019)
- We study the interaction between human populations, their lifestyles, and their gut microbiota (Microregal - ANR, 2015). We are notably interested in identifying cases of host-microbe coevolution and in better understanding transmission dynamics.
Environmental issues
- We develop computational methods to support an agriculture that relies on ecosystemic relationships between crops, the soil, its microbiota, and wild plants and animals (Community Garden Book - Inria, 2019)
- We develop statistical approaches to understand and predict crop yield variability with respect to meteorological conditions
Research in the anthropocene
- We participate to the science shop (UdL), the ethics platform (UdL), Labo1.5, the open science committee, Sciences Citoyennes, the shift project
- We organize a series of seminars to help us think about the position of scientific research in the history of the anthropocene, and about the position of scientists in the future of the anthropocene.
- We assemble committees of citizens to investigate to what extent scientific research can be democratized.
Teaching and outreach
- We teach at University of Lyon, University Lyon 1, INSA, Inria, ENS Lyon, we organize bioinformatics internships
- We regularly participate in the Fête de la Science, have contributed videos in the public transportation system in Lyon, give conferences at Université Populaire and contribute articles in general public journals.
- We develop the software Lifemap to explore the tree of life on computers and smartphones.
Prospective students and postdocs are invited to apply, as we often welcome visitors for internships or research projects.
Publications
Affichage des publications 181 à 210 sur 304 au total
Linearization of ancestral multichromosomal genomes
BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 19 ) : S11
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies
Bioinformatics . 28 ( 18 ) : i382-i388
Article dans une revue
voir la publicationLateral gene transfer as a support for the tree of life.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 13 ) : 4962-4967
Article dans une revue
voir la publicationHigh-quality sequence clustering guided by network topology and multiple alignment likelihood.
Bioinformatics . 28 ( 8 ) : 1078-85
Article dans une revue
voir la publicationGenomic Species Are Ecological Species as Revealed by Comparative Genomics in Agrobacterium tumefaciens
Genome Biology and Evolution . 3 ( 3 ) : 762-781
DOI: 10.1093/gbe/evr070
Article dans une revue
voir la publicationDrift and Genome Complexity Revisited
PLoS Genetics . 7 : 1-5
Article dans une revue
voir la publicationModels, algorithms, and programs for phylogeny reconciliation
Briefings in Bioinformatics . 12 ( 5 ) : 392-400
DOI: 10.1093/bib/bbr045
Article dans une revue
voir la publicationMultiple Nuclear Gene Phylogenetic Analysis of the Evolution of Dioecy and Sex Chromosomes in the Genus Silene
PLoS ONE . 6 : e21915
Article dans une revue
voir la publicationHDR - Evolution combinatoire Algorithmique des chromosomes
incollection . -- : 54-56
Article dans une revue
voir la publicationEuclidean nature of phylogenetic distance matrices
Systematic Biology . 60 ( 6 ) : 826--832
Article dans une revue
voir la publicationTpms: a Tree Pattern-matching Utility for Querying Gene Trees Collections
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) . : 111-112
Acte de congrès
voir la publicationMapping ancestral genomes with massive gene loss: a matrix sandwich problem.
Bioinformatics . 27 ( 13 ) : i257-65
Article dans une revue
voir la publicationL'époque romantique contre la peine de mort
incollection . -- : 54-56
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.
Bioinformatics . 27 ( 19 ) : 2664-2671
Article dans une revue
voir la publicationPreface : Satellite Workshop on Comparative Genomics Research in Computational Molecular Biology (RECOMB-CG 2010)
Journal of Computational Biology . 18(9) : 1-3
Article dans une revue
voir la publicationUna etnografía salesiana 1890-1930
Jornadas Internacionales de Historia del Paraguay . : 291-305
Acte de congrès
voir la publicationLa notion d'espèce en écologie microbienne
1er Colloque National d'Ecologie Scientifique .
Acte de congrès
voir la publicationToward an ecological concept for bacterial species in Agrobacterium
12th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria .
Acte de congrès
voir la publicationIdentification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans l'individualisation en écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens
Journées des Microbiologistes de l'INRA .
Acte de congrès
voir la publicationEvolution Moléculaire
Biologie évolutive . 978-2-8041-0161-9 : 114-173
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDetecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests
BMC Bioinformatics . 11 ( 324 ) : 13
Article dans une revue
voir la publicationBayesian sampling of genomic rearrangement scenarios via double cut and join.
Bioinformatics . 26 ( 24 ) : 3012-9
Article dans une revue
voir la publicationAncestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution.
Genome Research . 20 ( 11 ) : 1545-57
Article dans une revue
voir la publicationYeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.
Journal of Computational Biology . 17 ( 9 ) : 1097-112
Article dans une revue
voir la publicationPalaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.
Trends in Plant Science . 15 ( 9 ) : 479-87
Article dans une revue
voir la publicationComparative genomics : international workshop, RECOMB-CG 2010, Ottawa, Canada, October 9-11, 2010 : proceedings
International Workshop on Comparative Genomics . 978-3-642-16180-3
Le génome aux ordres des mathématiciens
La Recherche . 439 : 54-56
Article dans une revue
voir la publicationAN INTEGRATIVE TEST OF THE DEAD-END HYPOTHESIS OF SELFING EVOLUTION IN TRITICEAE (POACEAE)
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 64 ( 10 ) : no - no
Article dans une revue
voir la publication