
Publications
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Host-symbiont-gene phylogenetic reconciliation
Peer Community Journal .
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voir la publicationDiversity and evolution of pigment types in marine $Synechococcus$ cyanobacteria
Genome Biology and Evolution . 14 ( 4 ) : evac035
DOI: 10.1093/gbe/evac035
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voir la publicationRelative Time Constraints Improve Molecular Dating
Systematic Biology . 71 ( 4 ) : 797-809
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voir la publicationThirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation
Bioinformatics . : 1-3
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voir la publicationPhylogenetic reconciliation
PLoS Computational Biology . 18 ( 11 ) : e1010621
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voir la publicationTreerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Bioinformatics . 36 ( 18 ) : 4822-4824
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voir la publicationGenome Evolution: Mutation Is the Main Driver of Genome Size in Prokaryotes
Current Biology - CB . 30 ( 19 ) : R1083-R1085
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voir la publicationQuand les branches de l’arbre du vivant s’entremêlent
Pour la science .
DOI: 10.3917/pls.506.0056
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voir la publicationTracing Human Ancestral Migrations Using Symbiotic Bacteria
Groupe des Méthodes Pluridisciplinaires Contribuant à l'Archéologie (GMPCA) .
Acte de congrès
voir la publicationGene transfers can date the tree of life
Nature Ecology & Evolution . 2 ( 5 ) : 904-909
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voir la publicationGearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs
Bioinformatics . 34 ( 2 ) : 323-329
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voir la publicationRecPhyloXML: a format for reconciled gene trees
Bioinformatics . 34 ( 21 ) : 3646-3652
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voir la publicationBiodiversité, évolution et fonctionnement des écosystèmes
Les Cahiers des prospectives . hors série : 25-33.
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies
Genome Biology and Evolution . 9 ( 5 ) : 1312-1319
DOI: 10.1093/gbe/evx069
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voir la publicationEcological networks to unravel the routes to horizontal transposon transfers
PLoS Biology . 15 ( 2 ) : np
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voir la publicationAncestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium
Genome Biology and Evolution . 9 ( 12 ) : 3413 - 3431
DOI: 10.1093/gbe/evx255
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voir la publicationMaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers
DOI: 10.1101/127548
Autre publication
voir la publicationAncestral Reconstruction: Theory and Practice
Encyclopedia of Evolutionary Biology . : 70–77
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationHorizontal Gene Transfer and the History of Life
Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 8 ( 4 ) : 1312 - 1319
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voir la publicationDating with transfers
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .
Acte de congrès
voir la publicationNucleotide, gene and genome evolution : a score to bind them all
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .
Acte de congrès
voir la publicationGene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 2 ) : 305 - 310
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voir la publicationThe inference of gene trees with species trees
Systematic Biology . 64 ( 1 ) : e42-e62
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voir la publicationReconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence
BMC Genomics . 16 ( Suppl 10 ) : S9
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voir la publicationGC-Content evolution in bacterial genomes: The biased gene conversion hypothesis expands
PLoS Genetics . 11 ( 2 ) : 1-20
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voir la publicationGenome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 370 : 20140335 (11 pages)
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voir la publicationPhylogeny of the class Actinobacteria revisited in the light of complete genomes. The orders 'Frankiales' and Micrococcales should be split into coherent entities: proposal of Frankiales ord. nov., Geodermatophilales ord. nov., Acidothermales ord. nov. an
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 64 ( Pt 11 ) : 3821-32
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voir la publicationReductive genome evolution at both ends of bacterial population size spectrum
Nature Reviews Microbiology . 12 ( 12 ) : 841-850
DOI: 10.1038/nrmicro3331
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voir la publicationRibosomal proteins: Toward a next generation standard for prokaryotic systematics?
Molecular Phylogenetics and Evolution . 75 : 103 - 117
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