COEVOL Coévolution Multi-Echelles

Equipe Le Cocon

Daubin Vincent

Directeur de recherche

CNRS

Adresse : 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Tél : 33 04 26 23 44 74

Courriel

Publications

Affichage des publications 1 à 30 sur 83 au total

Approche globale des éthiques dans les relations sociétés/nature

Rémi Beau, Catherine Aubertin, Annabelle Aish, Anne Atlan, Sébastien Barot, Olivier Barrière...

Rapport

voir la publication

Host-symbiont-gene phylogenetic reconciliation

Hugo Menet, Alexia Nguyen Trung, Vincent Daubin, Eric Tannier

Peer Community Journal . : 1-22

DOI: 10.24072/pcjournal.273

Article dans une revue

voir la publication

The crisis of the scientific mind : an investigation, a tragedy and a collective redistribution of roles

Eric Tannier, Vincent Daubin, Sophie Quinton

Les Cahiers de Framespa : e-Storia . ( 40 )

DOI: 10.4000/framespa.13150

Article dans une revue

voir la publication

Diversity and evolution of pigment types in marine $Synechococcus$ cyanobacteria

Théophile Grébert, Laurence Garczarek, Vincent Daubin, Florian Humily, Dominique Marie, Morgane Ratin...

Genome Biology and Evolution . 14 ( 4 ) : evac035

DOI: 10.1093/gbe/evac035

Article dans une revue

voir la publication

Relative Time Constraints Improve Molecular Dating

Gergely Szöllõsi, Sebastian Höhna, Tom Williams, Dominik Schrempf, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Systematic Biology . 71 ( 4 ) : 797-809

DOI: 10.1093/sysbio/syab084

Article dans une revue

voir la publication

Thirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation

Simon Penel, Hugo Menet, Théo Tricou, Vincent Daubin, Eric Tannier

Bioinformatics . 38 ( 8 ) : 2350–2352

DOI: 10.1093/bioinformatics/btac062

Article dans une revue

voir la publication

Relative time constraints improve molecular dating

Gergely J Szöllősi, Sebastian Höhna, Tom A Williams, Dominik Schrempf, Vincent Daubin, Bastien Boussau

DOI: 10.1101/2020.10.17.343889

Pré-publication

voir la publication

Treerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.

Nicolas Comte, Benoît Morel, Damir Hasic, Laurent Guéguen, Bastien Boussau, Vincent Daubin...

Bioinformatics . 36 ( 18 ) : 4822-4824

DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa615

Article dans une revue

voir la publication

Genome Evolution: Mutation Is the Main Driver of Genome Size in Prokaryotes

Gabriel A.B. Marais, Bérénice Batut, Vincent Daubin

Current Biology - CB . 30 ( 19 ) : R1083-R1085

DOI: 10.1016/j.cub.2020.07.093

Article dans une revue

voir la publication

Quand les branches de l’arbre du vivant s’entremêlent

Eric Tannier, Bastien Boussau, Vincent Daubin

Pour la science .

DOI: 10.3917/pls.506.0056

Article dans une revue

voir la publication

Tracing Human Ancestral Migrations Using Symbiotic Bacteria

Alexia Nguyen Trung, Bastien Boussau, Vincent Daubin

Groupe des Méthodes Pluridisciplinaires Contribuant à l'Archéologie (GMPCA) .

Acte de congrès

voir la publication

Gene transfers can date the tree of life

Adrián Davín, Eric Tannier, Tom A Williams, Bastien Boussau, Vincent Daubin, Gergely Szöllősi

Nature Ecology & Evolution . 2 ( 5 ) : 904-909

DOI: 10.1038/s41559-018-0525-3

Article dans une revue

voir la publication

Gearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs

Kristoffer Forslund, Cécile Pereira, Salvador Capella-Gutiérrez, Alan Sousa da Silva, Adrian M Altenhoff, Jaime Huerta-Cepas...

Bioinformatics . 34 ( 2 ) : 323-329

DOI: 10.1093/bioinformatics/btx542

Article dans une revue

voir la publication

RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees

Wandrille Duchemin, Guillaume Gence, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Lars Arvestad, Mukul Bansal, Vincent Berry...

Bioinformatics . 34 ( 21 ) : 3646-3652

DOI: 10.1093/bioinformatics/bty389

Article dans une revue

voir la publication

Biodiversité, évolution et fonctionnement des écosystèmes

Isabelle Arzul, Salvador Bailon, David Bass, Philippe Béarez, Elodie Blanchard, C. Bochaton...

Les Cahiers des prospectives . hors série : 25-33.

Chapitre d'ouvrage

voir la publication

DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies

Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve...

Genome Biology and Evolution . 9 ( 5 ) : 1312-1319

DOI: 10.1093/gbe/evx069

Article dans une revue

voir la publication

Ecological networks to unravel the routes to horizontal transposon transfers

Samuel Venner, Vincent Miele, Christophe Terzian, Christian Biemont, Vincent Daubin, Cedric Feschotte...

PLoS Biology . 15 ( 2 ) : np

DOI: 10.1371/journal.pbio.2001536

Article dans une revue

voir la publication

Ancestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium

Florent Lassalle, Rémi Planel, Simon Penel, David Chapulliot, Valérie Barbe, Audrey Dubost...

Genome Biology and Evolution . 9 ( 12 ) : 3413 - 3431

DOI: 10.1093/gbe/evx255

Article dans une revue

voir la publication

MaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers

Cédric Chauve, Akbar A Rafiey, Adrian A Davin, Celine Scornavacca, Philippe Veber, Bastien Boussau...

DOI: 10.1101/127548

Autre publication

voir la publication

Horizontal Gene Transfer and the History of Life

Vincent Daubin, Gergely Szöllősi

Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 8 ( 4 ) : 1312 - 1319

DOI: 10.1101/cshperspect.a018036

Article dans une revue

voir la publication

Dating with transfers

Adrián Davín, Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Bastien Boussau, Vincent Daubin

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .

Acte de congrès

voir la publication

Nucleotide, gene and genome evolution : a score to bind them all

Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .

Acte de congrès

voir la publication

Gene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated

Mathieu Groussin, Bastien Boussau, Gergely J Szollosi, Laura Eme, Manolo Gouy, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Biology and Evolution . 33 ( 2 ) : 305 - 310

DOI: 10.1093/molbev/msv249

Article dans une revue

voir la publication

The inference of gene trees with species trees

Gergely Szöllősi, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Systematic Biology . 64 ( 1 ) : e42-e62

DOI: 10.1093/sysbio/syu048

Article dans une revue

voir la publication

Reconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence

Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier

BMC Genomics . 16 ( Suppl 10 ) : S9

DOI: 10.1007/978-3-319-19048-8_16

Article dans une revue

voir la publication

GC-Content evolution in bacterial genomes: The biased gene conversion hypothesis expands

Florent Lassalle, Séverine Périan, Thomas Bataillon, Xavier Nesme, L. Duret, Vincent Daubin

PLoS Genetics . 11 ( 2 ) : 1-20

DOI: 10.1371/journal.pgen.1004941

Article dans une revue

voir la publication

Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi

G.J. Szollosi, Adrián Arellano Davin, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 370 : 20140335 (11 pages)

DOI: 10.1098/rstb.2014.0335

Article dans une revue

voir la publication