GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 331 à 360 sur 1403 au total
Geometric medians in reconciliation spaces
Information Processing Letters . 136 : 96 - 101
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voir la publicationReconfiguration of graphs with connectivity constraints
WAOA 2018 - International Workshop on Approximation and Online Algorithms . 11312 : 295-309
Acte de congrès
voir la publicationGenomic study of a novel magnetotactic Alphaproteobacteria uncovers the multiple ancestry of magnetotaxis
Environmental Microbiology .
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voir la publicationExtreme halophilic archaea derive from two distinct methanogen Class II lineages
Molecular Phylogenetics and Evolution . 127 : 46-54
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voir la publicationHighly Reduced Genome of the New Species Mycobacterium uberis, the Causative Agent of Nodular Thelitis and Tuberculoid Scrotitis in Livestock and a Close Relative of the Leprosy Bacilli
MSphere . 3 ( 5 ) : e00405-18
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voir la publicationChanging patterns of human migrations shaped the global population structure of Mycobacterium tuberculosis in France
Scientific Reports . 8 ( 1 ) : 5855
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voir la publicationTsunami sedimentary deposits of Crete records climate during the ‘Minoan Warming Period’ (≈3350 yr BP)
The Holocene .
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voir la publicationHelena and BS: two travellers between the genera Drosophila and Zaprionus
Genome Biology and Evolution .
DOI: 10.1093/gbe/evy184
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voir la publicationMultiple convergent supergene evolution events in mating-type chromosomes
Nature Communications . 9 ( 1 ) : 2000
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voir la publicationThe sunflower genome provides insights into Asterid evolution and relationships between paleoploidization and the genetic architecture of a major breeding trait
Second Joint Congress on Evolutionary Biology .
Acte de congrès
voir la publicationThe Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses
Nature Genetics . 50 ( 6 ) : 772-777
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voir la publicationSex gap in aging and longevity: can sex chromosomes play a role?
Biology of Sex Differences . 9 ( 1 ) : 1-14
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voir la publicationA Survey and a Positive Psychology Intervention on French PhD Student Well-being
International Journal of Doctoral Studies . 13 : 109-138
DOI: 10.28945/3948
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voir la publicationAmphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation
Nature . 564 ( 7734 ) : 64-70
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voir la publicationFast-SG: an alignment-free algorithm for hybrid assembly
GigaScience . 7 ( 5 ) : 1 - 15
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voir la publicationGenomic imprinting mediates dosage compensation in a young plant XY system
Nature Plants . 4 ( 9 ) : 677-680
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voir la publicationIntegrative Mobilizable Element (IMEs): a reservoir of antibiotic resistance genes in the zoonotic pathogen Streptococcus suis
GDR 3546 - Les elements mobiles du mécanisme aux populations, une approche intégrative .
Acte de congrès
voir la publicationL'exploration des génomes par l'outil ICEFinder révèle la forte prévalence et l'extrême diversité des ICE et des IME de streptocoques
Thèse
voir la publicationA Glimpse into the World of Integrative and Mobilizable Elements in Streptococci Reveals an Unexpected Diversity and Novel Families of Mobilization Proteins
Frontiers in Microbiology . 8 : 16
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voir la publicationThe obscure world of integrative and mobilizable elements
Genes . 8 ( 11 ) : 337
DOI: 10.3390/genes8110337
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voir la publicationThe palaeolatitudinal distribution of fossil wood genera as a proxy for European Jurassic terrestrial climate
Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology . 466 ( 373–381 )
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voir la publicationGenomic landscape of human diversity across Madagascar
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 114 ( 32 ) : E6498-E6506
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voir la publicationWhole‐genome patterns of linkage disequilibrium across flycatcher populations clarify the causes and consequences of fine‐scale recombination rate variation in birds
Molecular Ecology . 26 ( 16 ) : 4158-4172
DOI: 10.1111/mec.14197
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voir la publicationCovariation in levels of nucleotide diversity in homologous regions of the avian genome long after completion of lineage sorting
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 284 ( 1849 ) : 20162756
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voir la publicationGenomic distribution and estimation of nucleotide diversity in natural populations: perspectives from the collared flycatcher ( Ficedula albicollis ) genome
Molecular Ecology Resources . 17 ( 4 ) : 586-597
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voir la publicationA dynamic metabolic flux analysis of ABE (acetone-butanol-ethanol) fermentation by Clostridium acetobutylicum ATCC 824, with riboflavin as a by-product
Biotechnology and Bioengineering . 114 ( 12 ) : 2907 - 2919
DOI: 10.1002/bit.26393
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voir la publicationComputing EFMs consistent with equilibrium constants
Metabolic Pathway Analysis MPA 2017 .
Acte de congrès
voir la publicationHSM a reduced model of Central Carbon Metabolism: a dynamical approach
advances in Systems and Synthetic Biology .
Acte de congrès
voir la publicationHow important is thermodynamics for identifying elementary flux modes?
PLoS ONE . 12 ( 2 ) : e0171440
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voir la publicationSimulation-based estimation of branching models for LTR retrotransposons
Bioinformatics . 33 ( 3 ) : 320 - 326
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