GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Equipe Baobab

Publications

Affichage des publications 991 à 1020 sur 1243 au total

Phylogenetic analysis of proteins homologous to the Salmonella MgtC virulence factor

Anne-Béatrice Blanc-Potard, Bénédicte Lafay

ASM Conference on Salmonella: Pathogenesis, Epidemiology, and Vaccine Development .

Acte de congrès

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A novel method for characterizing the microscale 3D spatial distribution of bacteria in soil

A. Dechesne, C. Pallud, D. Debouzie, J. P. Flandrois, T. M. Vogel, J. P. Gaudet...

Soil Biology and Biochemistry . 35 ( 12 ) : 1537-1546

DOI: 10.1016/S0038-0717(03)00243-8

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Y-chromosomal evidence for a strong reduction in male population size of Yakuts

Brigitte Pakendorf, Bharti Morar, Larissa A Tarskaia, Manfred Kayser, Himla Soodyall, Alexander Rodewald...

Human Genetics . 110 ( 2 ) : 198-200

DOI: 10.1007/s00439-001-0664-4

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Expected Relationship Between the Silent Substitution Rate and the GC Content: Implications for the Evolution of Isochores

G. Piganeau, Dominique Mouchiroud, L. Duret, Christian Gautier

Journal of Molecular Evolution . 54 : 129-133.

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Detecting genomic features under weak selective pressure: the example of codon usage in animals and plants

L. Duret

Bioinformatics . 18 : S91-S91

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Further thoughts on the syntenic distance between genomes

N. Pisanti, M.-F. Sagot

Algorithmica . 34 : 157-180

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Gene finding in eukaryotes

C. Mathé, Thomas Schiex, Pierre Rouzé, Philippe Blayo, Marie-France Sagot

Cloning and expression technologies . : 27-43

Chapitre d'ouvrage

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A phylogenomic approach to bacterial phylogeny: evidence of a core of genes sharing a common history

Vincent Daubin, Manolo Gouy, G. Perrière

Genome Research . 12 : 1080-1090

DOI: 10.1101/gr.187002

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Between-group analysis of microarray data

A.C. Culhane, G. Perrière, E.C. Considine, T.G. Cotter, D.G. Higgins

Bioinformatics . 18 : 1600-1608

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Use and misuse of correspondence analysis in codon usage studies

G. Perrière, J. Thioulouse

Nucleic Acids Research . 30 : 4548-4555

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Recombination rate and the distribution of transposable elements in the Drosophila melanogaster genome

C. Rizzon, Gabriel Marais, Manolo Gouy, C. Biémont

Genome Research . 12 : 400-407

DOI: 10.1101/gr.210802

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What is the relevance of obtaining multiple blood samples for culture? A comprehensive model to optimize the strategy for diagnosing bacteremia

B. Lamy, Pascal Roy, G. Carret, Jean-Pierre Flandrois, Marie Laure Delignette-Muller

Clinical Infectious Diseases . 35 ( 7 ) : 842-850

DOI: 10.1086/342383

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Modelling the competitive growth of Listeria monocytogenes and Listeria innocua in enrichment broths

Marie Cornu, Martin Kalmokoff, Jean-Pierre Flandrois

International Journal of Food Microbiology . 73 ( 2-3 ) : 261-274

DOI: 10.1016/S0168-1605(01)00658-4

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Archaeal phylogeny based on ribosomal proteins

O. Matte-Tailliez, Céline Brochier-Armanet, Patrick Forterre, H. Philippe

Mol Biol Evol . 19 : 631-639

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Eubacterial phylogeny based on translational apparatus proteins

Céline Brochier, Eric Bapteste, David Moreira, Hervé Philippe

Trends in Genetics . 18 ( 1 ) : 1-5

DOI: 10.1016/s0168-9525(01)02522-7

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Conflicting phylogeographic patterns in rRNA and nifD indicate regionally restricted gene transfer in Bradyrhizobium.

Matthew A. Parker, Benedicte Lafay, Jeremy J. Burdon, Peter van Berkum

Microbiology . 148 ( Pt 8 ) : 2557-65

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ROSO: A software to search optimized oligonucleotide probes for microarrays

Hubert Charles, Nancie Reymond, Guillaume Beslon, Laurent Duret, Jean-Michel Fayard

COST853: Agricultural Biomarkers for Array-Technology .

Acte de congrès

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ROSO : A Software to Search Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays

Nancie Reymond, Hubert Charles, Guillaume Beslon, Laurent Duret, Jean-Michel Fayard

10. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) .

Poster

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Comparative sequence analysis of the X-inactivation center region in mouse, human, and bovine.

C. Chureau, M. Prissette, A. Bourdet, Valérie Barbe, L. Cattolico, L. Jones...

Genome Research . 12 : 894-908

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Vanishing GC-Rich Isochores in Mammalian Genomes

L. Duret, M. Sémon, G. Piganeau, Dominique Mouchiroud, N. Galtier

Genetics . 162 : 1837-1848

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Comparative sequence analysis of the X-inactivation center region in mouse human and bovine

C. Chureau, M. Prissette, A. Bourdet, Valérie Barbe, Laurence Cattolico, L. Jones...

Genome Research . 12 : 894-908.

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Evolution of synonymous codon usage in metazoans

L. Duret

Current Opinion in Genetics and Development . 12 : 640-649

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A Basis for Repeated Motifs in Pattern Discovery and Text Mining

Nadia Pisanti, Maxime Crochemore, Roberto Grossi, Marie-France Sagot

Rapport

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Gene finding in eukaryotes

C. Mathé, Thomas Schiex, P. Rouzé, P. Blayo, M.-F. Sagot

incollection . -- : 27-43

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Current methods of gene prediction their strengths and weaknesses

C. Mathé, M.-F. Sagot, Thomas Schiex, P. Rouzé

Nucleic Acids Research . 30 : 4103-4117

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Occurrence probability of structured motifs in random sequences

S. Robin, J.J. Daudin, H. Richard, M.-F. Sagot, S. Schbath

Journal of Computational Biology . 9 ( 6 ) : 761-773

DOI: 10.1089/10665270260518254

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A mathematical method for determining genome divergence and species delineation using AFLP

Christophe Mougel, J. Thioulouse, G. Perrière, X. Nesme

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 : 573-586

DOI: 10.1099/00207713-52-2-573

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A mathematical method for determining genome divergence and species delineation using AFLP

Christophe Mougel, Jean Thioulouse, Guy Perrière, Xavier Nesme

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 : 573-586

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NUREBASE: database of nuclear hormone receptors

J. Duarte, G. Perrière, V. Laudet, M. Robinson-Rechavi

Nucleic Acids Research . 30 : 364-368

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Automatic RNA secondary structure prediction with a comparative approach

F. Tahi, Manolo Gouy, M. Regnier

Journal of Computational Chemistry . 26 ( 5 ) : 521-530

DOI: 10.1016/S0097-8485(02)00012-8

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