GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Equipe Baobab

Publications

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A model describing the relationship between regrowth lag time and mild temperature increase for Listeria monocytogenes

S. Breand, G. Fardel, Jean-Pierre Flandrois, L. Rosso, R. Tomassone

International Journal of Food Microbiology . 46 : 251-261

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Synonymous codon usage variation among Giardia lamblia genes and isolates.

Bénédicte Lafay, Paul M. Sharp

Molecular Biology and Evolution . 16 ( 11 ) : 1484-95

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Retrotransposons and retroviruses: analysis of the envelope gene

E. Lerat, P. Capy

Molecular Biology and Evolution . 16 : 1198-1207

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Regulation of dauer larva development in Caenorhabditis elegans by daf-18, a homologue of the tumour suppressor PTEN

Jean-Pierre Rouault, Patricia Kuwabara, Olga Sinilnikova, Laurent Duret, Danielle Thierry-Mieg, Marc Billaud

Current Biology - CB . 9 ( 6 ) : 329-334

DOI: 10.1016/S0960-9822(99)80143-2

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Human and nematode orthologs--lessons from the analysis of 1800 human genes and the proteome of Caenorhabditis elegans

S.J. Wheelan, M.S. Boguski, L. Duret, W. Makalowski

Gene . 238 : 163-170

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Molecular characterization and placental expression of HERV-W a new human endogenous retrovirus family

J.L. Blond, F. Beseme, L. Duret, O. Bouton, F. Bedin, H. Perron...

Journal of Virology . 73 : 1175-1185

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HOVERGEN: comparative analysis of homologous vertebrate genes

L. Duret, G. Perrière, Manolo Gouy

incollection . 978-0-7923-8573-8 : 21-35

DOI: 10.1007/0-306-46903-0_3

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Expression pattern and surprisingly gene length shape codon usage in Caenorhabditis Drosophila and Arabidopsis

L. Duret, Dominique Mouchiroud

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 96 : 4482-4487

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Promoter sequences and algorithmical methods for identifying them

A. Vanet, L. Marsan, M.-F. Sagot

Research in Microbiology . 150 : 779-799

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JaDis: computing distances between nucleic acid sequences

I. Goncalves, M. Robinson, G. Perrière, Dominique Mouchiroud

Bioinformatics . 15 : 424-425

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Is the evolution of transposable elements modular?

E. Lerat, F. Brunet, C. Bazin, P. Capy

Genetica . 107 : 15-25

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Proteome composition and codon usage in spirochaetes: species-specific and DNA strand-specific mutational biases.

Bénédicte Lafay, Andrew T. Lloyd, Michael J. Mclean, Kevin M. Devine, Paul M. Sharp, Kenneth H. Wolfe

Nucleic Acids Research . 27 ( 7 ) : 1642-9

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New insulin-like proteins with atypical disulfide bond pattern characterized in Caenorhabditis elegans by comparative sequence analysis and homology modeling

L. Duret, N. Guex, M.C. Peitsch, A. Bairoch

Genome Research . 8 : 348-353

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Highly conserved RNA sequences that are sensors of environmental stress

A. Spicher, O.M. Guicherit, L. Duret, A. Aslanian, E.M. Sanjines, N.C. Denko...

Molecular and Cellular Biology . 18 : 7371-7382

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Microsporidia amitochondrial protists possess a 70-kDa heat shock protein gene of mitochondrial evolutionary origin

E. Peyretaillade, V. Broussolle, P. Peyret, G. Metenier, Manolo Gouy, Christian Vivarès

Molecular Biology and Evolution . 15 : 683-689

DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025971

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Saccharomyces boulardii Fungemia in a Patient Receiving Ultra‐levure Therapy

Jean-Pierre Flandrois, I. Fredenucci, M. Chomarat, C. Boucaud

Clinical Infectious Diseases . 27 ( 1 ) : 222-223

DOI: 10.1086/517685

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Molecular diversity of rhizobia occurring on native shrubby legumes in southeastern Australia

Bénédicte Lafay, Jeremy J. Burdon

Applied and Environmental Microbiology . 64 ( 10 ) : 3989-97

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What is the state of the art in molecular systematics of marine Porifera ?

Nicole Boury-Esnault, Carole Borchiellini, Catherine Chombard, Bénédicte Lafay

Hydrobiologia .

Acte de congrès

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Identifying satellites and periodic repetitions in biological sequences

M.-F. Sagot, E.W. Myers

Journal of Computational Biology . 5 : 539-554

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Spelling Approximate Repeated or Common Motifs Using a Suffix Tree

M.-F. Sagot

incollection . 1380 : 374-390

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The non-redundant Bacillus subtilis (NRSub) database: update 1998

G. Perrière, Manolo Gouy, T. Gojobori

Nucleic Acids Research . 26 ( 1 ) : 60-62

DOI: 10.1093/nar/26.1.60

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Multiple sequence alignment with Clustal X

F. Jeanmougin, J.D. Thompson, Manolo Gouy, D.G. Higgins, T.J. Gibson

Trends in Biochemical Sciences . 23 ( 10 ) : 403-405

DOI: 10.1016/S0968-0004(98)01285-7

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Inferring pattern and process: maximum-likelihood implementation of a nonhomogeneous model of DNA sequence evolution for phylogenetic analysis

N. Galtier, Manolo Gouy

Molecular Biology and Evolution . 15 ( 7 ) : 871-879

DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025991

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Microsporidian Encephalitozoon cuniculi a unicellular eukaryote with an unusual chromosomal dispersion of ribosomal genes and a LSU rRNA reduced to the universal core

E. Peyretaillade, C. Biderre, P. Peyret, F. Duffieux, G. Metenier, Manolo Gouy...

Nucleic Acids Research . 26 : 3513-3520

DOI: 10.1093/nar/26.15.3513

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Phylogenetic analysis and genome size of Ostreococcus tauri (Chlorophyta Prasinophyceae)

C. Courties, R. Perasso, M.-J. Chrétiennot-Dinet, Manolo Gouy, Laure Guillou, M. Troussellier

Journal of Phycology . 34 : 844-849

DOI: 10.1046/j.1529-8817.1998.340844.x

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Model of the influence of time and mild temperature on Listeria monocytogenes nonlinear survival curves

S. Breand, G. Fardel, Jean-Pierre Flandrois, L. Rosso, R. Tomassone

International Journal of Food Microbiology . 40 : 185-195

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NEURAL NETWORKS AS AN ALTERNATIVE METHOD FOR PREDICTING BACTERIAL GROWTH RATE FROM THE BEGINNING OF A GROWTH CURVE

M. Delignette-Muller, Jean-Pierre Flandrois

Industrial Applications of Neural Networks . : 451-457

DOI: 10.1142/9789812816955_0053

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Searching for regulatory elements in human noncoding sequences

L. Duret, P. Bucher

Current Opinion in Structural Biology . 7 : 399-406

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The NRSub database: update 1997

G. Perrière, I. Moszer, T. Gojobori

Nucleic Acids Research . 25 : 53-56

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