GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Equipe Baobab

Publications

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Object-oriented knowledge bases for the analysis of prokaryotic and eukaryotic genomes

G. Perrière, F. Dorkeld, F. Rechenmann, Christian Gautier

In Proceedings of the 1st International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology . 1 : 319-327

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An unexpected correlation between cardinal temperatures of microbial growth highlighted by a new model

L. Rosso, J.R. Lobry, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Theoretical Biology . 162 : 447-463

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Actinomyces pyogenes: susceptibility of 103 clinical animal isolates to 22 antimicrobial agents

V Guérin-Faublée, Jp Flandrois, E Broye, F Tupin, Y Richard

Veterinary Research . 24 ( 3 ) : 251-259

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Mathematical model for comparison of time-killing curves.

F Guerillot, G. Carret, Jean-Pierre Flandrois

Antimicrobial Agents and Chemotherapy . 37 ( 8 ) : 1685-1689

DOI: 10.1128/AAC.37.8.1685

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Antimicrobial susceptibility testing of actinomyces pyogenes: Comparison of disk diffusion test and Api ATB Strep system with the Agar dilution method

Véronique Guérin-Faublée, Jean-Pierre Flandrois, Yves Richard

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 279 ( 3 ) : 377-386

DOI: 10.1016/S0934-8840(11)80370-1

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A statistical evaluation of the bactericidal effects of ceftibuten in combination with aminoglycosides and ciprofloxacin

F. Guérillot, G. Carret, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 32 ( 5 ) : 685-694

DOI: 10.1093/jac/32.5.685

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Molecular phylogeny of the symbiotic actinomycetes of the genus Frankia matches host-plant infection processes.

Benoit Cournoyer, Manolo Gouy, Philippe Normand

Molecular Biology and Evolution .

DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040077

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[Comparative study of two systems for the determination of the sensitivity of yeasts to antifungal agents].

M de Montclos, H. de Montclos, Jean-Pierre Flandrois

Pathologie Biologie . 40 ( 5 ) : 495-9

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Gram-positive infections in neutropenic patients: glycopeptide antibiotic choice

Monique Chomarat, Daniel Espinouse, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 29 ( 4 ) : 462-463

DOI: 10.1093/jac/29.4.462

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Comparative variation of morphological and molecular evolution through geologic time: 28S ribosomal RNA versus morphology in echinoids.

Andrew B. Smith, Bénédicte Lafay, Richard Christen

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 338 ( 1286 ) : 365-82

DOI: 10.1098/rstb.1992.0155

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Phylogenetic analysis of the pathogenic anaerobe Clostridium perfringens using the 16S rRNA nucleotide sequence.

Bruno Canard, Thierry Garnier, Bénédicte Lafay, Richard Christen, Stewart T. Cole

International Journal of Systematic Bacteriology . 42 ( 2 ) : 312-4

DOI: 10.1099/00207713-42-2-312

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Insect muscle actins differ distinctly from invertebrate and vertebrate cytoplasmic actins

N. Mounier, Manolo Gouy, Dominique Mouchiroud, J.C. Prudhomme

Journal of Molecular Evolution . 34 : 406-415

DOI: 10.1007/BF00162997

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Evolution of the primate beta-globin gene region: nucleotide sequence of the delta-beta-globin intergenic region of gorilla and phylogenetic relationships between African apes and man

P. Perrin-Pecontal, Manolo Gouy, V.M. Nigon, G. Trabuchet

Journal of Molecular Evolution . 34 : 17-30

DOI: 10.1007/BF00163849

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Monod's bacterial growth model revisited

J.R. Lobry, Jean-Pierre Flandrois, G. Carret, A. Pavé

Bulletin of Mathematical Biology . 54(1) : 117-122

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Maintenance requirements of Escherichia coli ATCC 25922 in the presence of sub-inhibitory concentrations of various antibiotics

J.R. Lobry, G. Carret, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 29 : 121-127

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Marinobacter hydrocarbonoclasticus gen. nov., sp. nov., a new, extremely halotolerant, hydrocarbon-degrading marine bacterium.

Michel J. Gauthier, Bénédicte Lafay, Richard Christen, Luis Fernandez, M. Acquaviva, Patricia Bonin...

International Journal of Systematic Bacteriology . 42 ( 4 ) : 568-76

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An analysis of partial 28S ribosomal RNA sequence suggests early radiations of sponges

Bénédicte Lafay, Nicole Boury-Esnault, Jean Vacelet, Richard Christen

BioSystems . 28 : 139-151

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A FORTRAN subroutine for the determination of parameter confidence limits in non-linear Models

J.R. Lobry, L. Rosso, Jean-Pierre Flandrois

Binary . 3 : 86-93

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Susceptibility to Aminoglycosides of 63 Strains of Stomatococcus mucilaginosus Isolated from Sputum

Monique Chomarat, Marie-Gabrielle Vital, Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 276 ( 1 ) : 63-67

DOI: 10.1016/S0934-8840(11)80219-7

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[Expert systems and antibiotic sensitivity test].

Jean-Pierre Flandrois, G. Carret

Annales de Biologie Clinique . 49 ( 3 ) : 166-71

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Coagulase-negative staphylococci emerging during teicoplanin therapy and problems in the determination of their sensitivity

Monique Chomarat, Daniel Espinouse, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 27 ( 4 ) : 475-480

DOI: 10.1093/jac/27.4.475

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Identification des organismes et construction de phylogénies moléculaires par comparaison de séquences d'acides nucléiques

Richard Christen, Bénédicte Lafay, Philippe Elbaze, Valérie Boivin, Valérie O. Cilia

Océanis : Série de documents océanographiques . 17 ( 3 ) : 239-256

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Regulation of the acetate operon in Escherichia coli: purification and functional characterization of the IclR repressor.

Jc Cortay, D. Negre, A. Galinier, B. Duclos, G. Perriere, Aj Cozzone

EMBO Journal . 10 : 675-679

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Primary structure of the intergenic region between aceK and iclR in the Escherichia coli chromosome.

A. Galinier, F. Bleicher, D. Negre, G. Perriere, B. Duclos, Aj Cozzone...

Gene . 97 : 149-150

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Comparison of estimates of Monod's growth model from the same data set

J.R. Lobry, Jean-Pierre Flandrois

Binary . 3 : 20-23

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Time-killing curves of Pseudomonas aeruginosa strains exposed to polymyxin B

M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois, G. Fardel

Pathologie Biologie . 39 : 446-450

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Etude sur quatre ans des cas de yersiniose dans un service d'hépato-gastro-entérologie de la région lyonnaise

Jean-Pierre Flandrois, F. Bailly, M. Peyret, L. Descos

Médecine et Maladies Infectieuses . 21 : 371-375

DOI: 10.1016/S0399-077X(05)81308-3

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[Influence of the culture medium (Isosensitest or Mueller-Hinton) on the results of antibiotics susceptibility testing and its interpretation].

Jean-Pierre Flandrois, M. Peyret, J Zindel

Pathologie Biologie . 39 ( 5 ) : 455-60

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